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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8dnv | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the human Sec61 complex in a partially-open apo state (Class 1) | |||||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN TRANSPORT/INHIBITOR / translocon / inhibitor / protein translocation / PROTEIN TRANSPORT / PROTEIN TRANSPORT-INHIBITOR complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 endoplasmic reticulum Sec complex / pronephric nephron development / endoplasmic reticulum quality control compartment / cotranslational protein targeting to membrane / Ssh1 translocon complex / Sec61 translocon complex / protein targeting to ER / protein insertion into ER membrane / post-translational protein targeting to endoplasmic reticulum membrane / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation ...endoplasmic reticulum Sec complex / pronephric nephron development / endoplasmic reticulum quality control compartment / cotranslational protein targeting to membrane / Ssh1 translocon complex / Sec61 translocon complex / protein targeting to ER / protein insertion into ER membrane / post-translational protein targeting to endoplasmic reticulum membrane / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / signal sequence binding / post-translational protein targeting to membrane, translocation / endoplasmic reticulum organization / retrograde protein transport, ER to cytosol / epidermal growth factor binding / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / protein transmembrane transporter activity / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / ERAD pathway / guanyl-nucleotide exchange factor activity / calcium channel activity / ribosome binding / ER-Phagosome pathway / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / RNA binding / membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.03 Å | |||||||||
データ登録者 | Park, E. / Itskanov, S. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2023 タイトル: A common mechanism of Sec61 translocon inhibition by small molecules. 著者: Samuel Itskanov / Laurie Wang / Tina Junne / Rumi Sherriff / Li Xiao / Nicolas Blanchard / Wei Q Shi / Craig Forsyth / Dominic Hoepfner / Martin Spiess / Eunyong Park / 要旨: The Sec61 complex forms a protein-conducting channel in the endoplasmic reticulum membrane that is required for secretion of soluble proteins and production of many membrane proteins. Several natural ...The Sec61 complex forms a protein-conducting channel in the endoplasmic reticulum membrane that is required for secretion of soluble proteins and production of many membrane proteins. Several natural and synthetic small molecules specifically inhibit Sec61, generating cellular effects that are useful for therapeutic purposes, but their inhibitory mechanisms remain unclear. Here we present near-atomic-resolution structures of human Sec61 inhibited by a comprehensive panel of structurally distinct small molecules-cotransin, decatransin, apratoxin, ipomoeassin, mycolactone, cyclotriazadisulfonamide and eeyarestatin. All inhibitors bind to a common lipid-exposed pocket formed by the partially open lateral gate and plug domain of Sec61. Mutations conferring resistance to the inhibitors are clustered at this binding pocket. The structures indicate that Sec61 inhibitors stabilize the plug domain in a closed state, thereby preventing the protein-translocation pore from opening. Our study provides the atomic details of Sec61-inhibitor interactions and the structural framework for further pharmacological studies and drug design. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8dnv.cif.gz | 108.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8dnv.ent.gz | 78.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8dnv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8dnv_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8dnv_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8dnv_validation.xml.gz | 31 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8dnv_validation.cif.gz | 43.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/8dnv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/8dnv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 27581MC 8dnwC 8dnxC 8dnyC 8dnzC 8do0C 8do1C 8do2C 8do3C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7752.325 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEC61G / プラスミド: pFastBac / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P60059 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 9987.456 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEC61B / プラスミド: pFastBac / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P60468 |
#3: タンパク質 | 分子量: 52202.438 Da / 分子数: 1 Mutation: V263L, D264E, K268R, A270T, R271K, Y272V, Y276I, N277G, T278I, L394F, E346D, Q348G, M401I, R402N, H404K, M409I, V410Y, H411R 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEC61A1, SEC61A / プラスミド: pFastBac / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P61619 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: A human-yeast chimeric Sec complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / Organelle: endoplasmic reticulum | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株: Sf9 / プラスミド: pFastBac | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Reconsitituted into a peptidisc. Monodisperse peak from a Superose 6 column. | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: blot for 4 seconds before plunging |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 616121 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.03 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 188637 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 76.57 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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