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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8dlf | ||||||||||||||||||
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タイトル | EBNA1 DNA binding domain (DBD) (458-617)+2 repeats of family repeat (FR) region | ||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/DNA / EBNA1 / OriP / EBV / family repeats (FR) / VIRAL PROTEIN-DNA complex | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell PML body / viral latency / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / enzyme-substrate adaptor activity / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / regulation of DNA replication / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / endonuclease activity / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Human herpesvirus 4 strain B95-8 (ヘルペスウイルス) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.23 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Mei, Y. / Lieberman, P.M. / Murakami, K. | ||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 5件
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引用 | ジャーナル: J Virol / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM Structure and Functional Studies of EBNA1 Binding to the Family of Repeats and Dyad Symmetry Elements of Epstein-Barr Virus . 著者: Yang Mei / Troy E Messick / Jayaraju Dheekollu / Hee Jong Kim / Sudheer Molugu / Leonardo Josué Castro Muñoz / Vera Moiskeenkova-Bell / Kenji Murakami / Paul M Lieberman / 要旨: Epstein-Barr nuclear antigen 1 (EBNA1) is a multifunctional viral-encoded DNA-binding protein essential for Epstein-Barr virus (EBV) DNA replication and episome maintenance. EBNA1 binds to two ...Epstein-Barr nuclear antigen 1 (EBNA1) is a multifunctional viral-encoded DNA-binding protein essential for Epstein-Barr virus (EBV) DNA replication and episome maintenance. EBNA1 binds to two functionally distinct elements at the viral origin of plasmid replication (), termed the dyad symmetry (DS) element, required for replication initiation and the family of repeats (FR) required for episome maintenance. Here, we determined the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the EBNA1 DNA binding domain (DBD) from amino acids (aa) 459 to 614 and its interaction with two tandem sites at the DS and FR. We found that EBNA1 induces a strong DNA bending angle in the DS, while the FR is more linear. The N-terminal arm of the DBD (aa 444 to 468) makes extensive contact with DNA as it wraps around the minor groove, with some conformational variation among EBNA1 monomers. Mutation of variable-contact residues K460 and K461 had only minor effects on DNA binding but had abrogated -dependent DNA replication. We also observed that the AT-rich intervening DNA between EBNA1 binding sites in the FR can be occupied by the EBNA1 AT hook, N-terminal domain (NTD) aa 1 to 90 to form a Zn-dependent stable complex with EBNA1 DBD on a 2×FR DNA template. We propose a model showing EBNA1 DBD and NTD cobinding at the FR and suggest that this may contribute to the oligomerization of viral episomes important for maintenance during latent infection. EBV latent infection is causally linked to diverse cancers and autoimmune disorders. EBNA1 is the viral-encoded DNA binding protein required for episomal maintenance during latent infection and is consistently expressed in all EBV tumors. The interaction of EBNA1 with different genetic elements confers different viral functions, such as replication initiation at DS and chromosome tethering at FR. Here, we used cryo-EM to determine the structure of the EBNA1 DNA-binding domain (DBD) bound to two tandem sites at the DS and at the FR. We also show that the NTD of EBNA1 can interact with the AT-rich DNA sequence between tandem EBNA1 DBD binding sites in the FR. These results provide new information on the mechanism of EBNA1 DNA binding at DS and FR and suggest a higher-order oligomeric structure of EBNA1 bound to FR. Our findings have implications for targeting EBNA1 in EBV-associated disease. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8dlf.cif.gz | 295 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8dlf.ent.gz | 234.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8dlf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8dlf_validation.pdf.gz | 917.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8dlf_full_validation.pdf.gz | 957.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8dlf_validation.xml.gz | 35.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8dlf_validation.cif.gz | 51.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/8dlf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/8dlf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 27500MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17564.369 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human herpesvirus 4 strain B95-8 (ヘルペスウイルス) 株: B95-8 / 遺伝子: EBNA1, BKRF1 / プラスミド: pET-mod / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03211 #2: DNA鎖 | | 分子量: 17241.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human herpesvirus 4 strain B95-8 (ヘルペスウイルス) 発現宿主: chemical production metagenome (メタゲノム) #3: DNA鎖 | | 分子量: 17264.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human herpesvirus 4 strain B95-8 (ヘルペスウイルス) 発現宿主: chemical production metagenome (メタゲノム) #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: EBNA1 DBD+2XFR complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: MULTIPLE SOURCES | ||||||||||||||||||||
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由来(天然) | 生物種: Human herpesvirus 4 strain B95-8 (ヘルペスウイルス) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 22 % / 凍結前の試料温度: 293 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 倍率(補正後): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Calibrated defocus min: 10000 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 3000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 4 sec. / 電子線照射量: 1.25 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5300 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20_4444: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.23 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1242375 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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