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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8dl8 | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human ferroportin/slc40 bound to Co2+ in nanodisc | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / SLC40 / Fpn / ferroportin / iron / transporter / cobalt / human / nanodisc | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 spleen trabecula formation / iron ion export across plasma membrane / Defective SLC40A1 causes hemochromatosis 4 (HFE4) (duodenum) / Defective SLC40A1 causes hemochromatosis 4 (HFE4) (macrophages) / Defective CP causes aceruloplasminemia (ACERULOP) / Metal ion SLC transporters / lymphocyte homeostasis / iron ion transmembrane transporter activity / iron ion transmembrane transport / ferrous iron transmembrane transporter activity ...spleen trabecula formation / iron ion export across plasma membrane / Defective SLC40A1 causes hemochromatosis 4 (HFE4) (duodenum) / Defective SLC40A1 causes hemochromatosis 4 (HFE4) (macrophages) / Defective CP causes aceruloplasminemia (ACERULOP) / Metal ion SLC transporters / lymphocyte homeostasis / iron ion transmembrane transporter activity / iron ion transmembrane transport / ferrous iron transmembrane transporter activity / endothelium development / peptide hormone binding / establishment of localization in cell / Iron uptake and transport / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / synaptic vesicle / basolateral plasma membrane / intracellular iron ion homeostasis / transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / apoptotic process / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Shen, J. / Wilbon, A.S. / Pan, Y. / Zhou, M. | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2023 タイトル: Structural basis of ferroportin inhibition by minihepcidin PR73. 著者: Azaan Saalim Wilbon / Jiemin Shen / Piotr Ruchala / Ming Zhou / Yaping Pan / 要旨: Ferroportin (Fpn) is the only known iron exporter in humans and is essential for maintaining iron homeostasis. Fpn activity is suppressed by hepcidin, an endogenous peptide hormone, which inhibits ...Ferroportin (Fpn) is the only known iron exporter in humans and is essential for maintaining iron homeostasis. Fpn activity is suppressed by hepcidin, an endogenous peptide hormone, which inhibits iron export and promotes endocytosis of Fpn. Hepcidin deficiency leads to hemochromatosis and iron-loading anemia. Previous studies have shown that small peptides that mimic the first few residues of hepcidin, i.e., minihepcidins, are more potent than hepcidin. However, the mechanism of enhanced inhibition by minihepcidins remains unclear. Here, we report the structure of human ferroportin in complex with a minihepcidin, PR73 that mimics the first 9 residues of hepcidin, at 2.7 Å overall resolution. The structure reveals novel interactions that were not present between Fpn and hepcidin. We validate PR73-Fpn interactions through binding and transport assays. These results provide insights into how minihepcidins increase inhibition potency and will guide future development of Fpn inhibitors. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8dl8.cif.gz | 170.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8dl8.ent.gz | 129.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8dl8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8dl8_validation.pdf.gz | 971.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8dl8_full_validation.pdf.gz | 979.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8dl8_validation.xml.gz | 32.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8dl8_validation.cif.gz | 48.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/8dl8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/8dl8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 27499MC 8dl7C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 63386.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC40A1, FPN1, IREG1, SLC11A3, MSTP079 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9NP59 | ||||
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#2: 抗体 | 分子量: 23493.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||
#3: 抗体 | 分子量: 25815.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Cryo-EM structure of human ferroportin/slc40 bound to Co2+ in nanodisc タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 305 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2250 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 215164 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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