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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8dh6 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Saccharomyces cerevisiae cytochrome c oxidase (Complex IV) extracted in lipid nanodiscs | ||||||
![]() | (Cytochrome c oxidase subunit ...) x 9 | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / cytochrome c oxidase / Complex IV | ||||||
機能・相同性 | ![]() mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / Mitochondrial protein degradation / : / cytochrome-c oxidase / cellular respiration / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / proton transmembrane transport ...mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / Mitochondrial protein degradation / : / cytochrome-c oxidase / cellular respiration / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / proton transmembrane transport / aerobic respiration / mitochondrial membrane / mitochondrial intermembrane space / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / copper ion binding / heme binding / mitochondrion / zinc ion binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.94 Å | ||||||
![]() | Godoy, A.S. / Song, Y. / Cheruvara, H. / Quigley, A. / Oliva, G. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of Saccharomyces cerevisiae cytochrome c oxidase (Complex IV) extracted in lipid nanodiscs 著者: Godoy, A.S. / Song, Y. / Cheruvara, H. / Quigley, A. / Oliva, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 296 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 236.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 66 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 92.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 27430MC ![]() 8dh7C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Cytochrome c oxidase subunit ... , 9種, 9分子 abcdefghi
#1: タンパク質 | 分子量: 58832.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 26779.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 30383.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 14188.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#5: タンパク質 | 分子量: 14891.784 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#6: タンパク質 | 分子量: 12641.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#7: タンパク質 | 分子量: 6811.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#8: タンパク質 | 分子量: 5737.735 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#9: タンパク質 | 分子量: 6471.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-非ポリマー , 6種, 17分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CU.gif)
![](data/chem/img/HEA.gif)
![](data/chem/img/PEF.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CU.gif)
![](data/chem/img/HEA.gif)
![](data/chem/img/PEF.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
#10: 化合物 | ChemComp-CA / | ||||||
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#11: 化合物 | ChemComp-MG / | ||||||
#12: 化合物 | #13: 化合物 | #14: 化合物 | ChemComp-PEF / #15: 化合物 | ChemComp-ZN / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Complex IV / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#9 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 1.011775103 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 247631 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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