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- PDB-8dgt: Cryo-EM structure of a RAS/RAF complex (state 2) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dgt
タイトルCryo-EM structure of a RAS/RAF complex (state 2)
要素
  • 14-3-3 protein zeta
  • Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
  • GTPase KRas isoform X2
  • Serine/threonine-protein kinase B-raf
キーワードTRANSFERASE / kinase complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of homotypic cell-cell adhesion / epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / positive regulation of endodermal cell differentiation / negative regulation of hypoxia-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of vascular associated smooth muscle contraction / CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of axon regeneration / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / mitogen-activated protein kinase kinase ...negative regulation of homotypic cell-cell adhesion / epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / positive regulation of endodermal cell differentiation / negative regulation of hypoxia-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of vascular associated smooth muscle contraction / CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of axon regeneration / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / mitogen-activated protein kinase kinase / positive regulation of muscle contraction / Golgi inheritance / placenta blood vessel development / Signalling to p38 via RIT and RIN / MAP kinase scaffold activity / regulation of axon regeneration / cerebellar cortex formation / labyrinthine layer development / head morphogenesis / ARMS-mediated activation / myeloid progenitor cell differentiation / melanosome transport / endothelial cell apoptotic process / Signaling by MAP2K mutants / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / negative regulation of fibroblast migration / positive regulation of D-glucose transmembrane transport / establishment of protein localization to membrane / type B pancreatic cell proliferation / central nervous system neuron differentiation / vesicle transport along microtubule / positive regulation of Ras protein signal transduction / regulation of Golgi inheritance / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / regulation of T cell differentiation / positive regulation of axonogenesis / trachea formation / triglyceride homeostasis / regulation of early endosome to late endosome transport / Negative feedback regulation of MAPK pathway / regulation of stress-activated MAPK cascade / Frs2-mediated activation / stress fiber assembly / MAPK3 (ERK1) activation / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / face development / endodermal cell differentiation / MAP kinase kinase activity / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / Bergmann glial cell differentiation / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / thyroid gland development / positive regulation of ATP biosynthetic process / Uptake and function of anthrax toxins / somatic stem cell population maintenance / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / synaptic vesicle exocytosis / MAP kinase kinase kinase activity / protein kinase activator activity / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / Schwann cell development / response to axon injury / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / keratinocyte differentiation / neuron projection morphogenesis / ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of stress fiber assembly / myelination / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / substrate adhesion-dependent cell spreading / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of autophagy / cellular response to calcium ion / response to glucocorticoid / dendrite cytoplasm / thymus development / animal organ morphogenesis / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / Signal transduction by L1 / small monomeric GTPase / protein serine/threonine kinase activator activity / sperm end piece / cell motility / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / RAF activation / Spry regulation of FGF signaling / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / visual learning / cellular response to xenobiotic stimulus / small GTPase binding / epidermal growth factor receptor signaling pathway / centriolar satellite / chemotaxis / neuron differentiation / Signaling by RAF1 mutants / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants
類似検索 - 分子機能
: / Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Small GTPase Rab domain profile. / 14-3-3 domain / Small GTPase Rho domain profile. / Delta-Endotoxin; domain 1 ...: / Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Small GTPase Rab domain profile. / 14-3-3 domain / Small GTPase Rho domain profile. / Delta-Endotoxin; domain 1 / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / : / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Small GTPase, Ras-type / Small GTPase Ras domain profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Chem-LCJ / small monomeric GTPase / Serine/threonine-protein kinase B-raf / Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1 / 14-3-3 protein zeta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Spodoptera exigua (シロイチモジヨトウ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Eck, M.J. / Jeon, H. / Park, E. / Rawson, S.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P50CA165962 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R35CA242461 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R50CA220830 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure of a RAS/RAF recruitment complex.
著者: Eunyoung Park / Shaun Rawson / Anna Schmoker / Byeong-Won Kim / Sehee Oh / Kangkang Song / Hyesung Jeon / Michael J Eck /
要旨: RAF-family kinases are activated by recruitment to the plasma membrane by GTP-bound RAS, whereupon they initiate signaling through the MAP kinase cascade. Prior structural studies of KRAS with RAF ...RAF-family kinases are activated by recruitment to the plasma membrane by GTP-bound RAS, whereupon they initiate signaling through the MAP kinase cascade. Prior structural studies of KRAS with RAF have focused on the isolated RAS-binding and cysteine-rich domains of RAF (RBD and CRD, respectively), which interact directly with RAS. Here we describe cryo-EM structures of a KRAS bound to intact BRAF in an autoinhibited state with MEK1 and a 14-3-3 dimer. Analysis of this KRAS/BRAF/MEK1/14-3-3 complex reveals KRAS bound to the RAS-binding domain of BRAF, captured in two orientations. Core autoinhibitory interactions in the complex are unperturbed by binding of KRAS and in vitro activation studies confirm that KRAS binding is insufficient to activate BRAF, absent membrane recruitment. These structures illustrate the separability of binding and activation of BRAF by RAS and suggest stabilization of this pre-activation intermediate as an alternative therapeutic strategy to blocking binding of KRAS.
履歴
登録2022年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年7月5日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年7月5日Data content type: Additional map / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年7月5日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年7月5日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年7月5日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02023年7月5日Data content type: Additional map / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年7月5日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年7月5日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年7月5日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年7月5日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年7月5日Data content type: Additional map / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年7月5日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年7月5日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年7月5日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年7月5日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年12月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.32025年5月14日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年5月14日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase B-raf
B: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
C: 14-3-3 protein zeta
D: 14-3-3 protein zeta
F: GTPase KRas isoform X2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,52813
ポリマ－213,3245
非ポリマー2,2048
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 4種, 5分子 ABCDF

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase B-raf / Proto-oncogene B-Raf / p94 / v-Raf murine sarcoma viral oncogene homolog B1


分子量: 89402.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRAF, BRAF1, RAFB1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P15056, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1 / MKK1 / ERK activator kinase 1 / MAPK/ERK kinase 1 / MEK 1


分子量: 45835.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP2K1, MEK1, PRKMK1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q02750, mitogen-activated protein kinase kinase
#3: タンパク質 14-3-3 protein zeta


分子量: 28108.514 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Spodoptera exigua (シロイチモジヨトウ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: V9P4T4
#4: タンパク質 GTPase KRas isoform X2


分子量: 21868.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRAS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6P5IP77

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非ポリマー , 5種, 8分子

#5: 化合物 ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE


分子量: 523.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物 ChemComp-LCJ / 5-[(2-fluoro-4-iodophenyl)amino]-N-(2-hydroxyethoxy)imidazo[1,5-a]pyridine-6-carboxamide


分子量: 456.210 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H14FIN4O3
#9: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Kinase Complex state-1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 0.225 MDa / 実験値: YES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
31Spodoptera exigua (シロイチモジヨトウ)7107
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
31Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1800 nm
撮影電子線照射量: 45.6 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 190489 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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