+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8dfq | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Ectodomain of full-length KIT(T417I,delta418-419)-SCF dimers | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | TRANSFERASE / receptor tyrosine kinase / cell signaling / cancer / cryo-EM / KIT / stem cell factor / oncogenic mutant / extracellular domain / asymmetric interface / structural plasticity | ||||||
機能・相同性 | : / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.96 Å | ||||||
データ登録者 | Krimmer, S.G. / Bertoletti, N. / Mi, W. / Schlessinger, J. | ||||||
資金援助 | 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023 タイトル: Cryo-EM analyses of KIT and oncogenic mutants reveal structural oncogenic plasticity and a target for therapeutic intervention. 著者: Stefan G Krimmer / Nicole Bertoletti / Yoshihisa Suzuki / Luka Katic / Jyotidarsini Mohanty / Sheng Shu / Sangwon Lee / Irit Lax / Wei Mi / Joseph Schlessinger / 要旨: The receptor tyrosine kinase KIT and its ligand stem cell factor (SCF) are required for the development of hematopoietic stem cells, germ cells, and other cells. A variety of human cancers, such as ...The receptor tyrosine kinase KIT and its ligand stem cell factor (SCF) are required for the development of hematopoietic stem cells, germ cells, and other cells. A variety of human cancers, such as acute myeloid leukemia, gastrointestinal stromal tumor, and mast cell leukemia, are driven by somatic gain-of-function KIT mutations. Here, we report cryo electron microscopy (cryo-EM) structural analyses of full-length wild-type and two oncogenic KIT mutants, which show that the overall symmetric arrangement of the extracellular domain of ligand-occupied KIT dimers contains asymmetric D5 homotypic contacts juxtaposing the plasma membrane. Mutational analysis of KIT reveals in D5 region an "Achilles heel" for therapeutic intervention. A ligand-sensitized oncogenic KIT mutant exhibits a more comprehensive and stable D5 asymmetric conformation. A constitutively active ligand-independent oncogenic KIT mutant adopts a V-shaped conformation solely held by D5-mediated contacts. Binding of SCF to this mutant fully restores the conformation of wild-type KIT dimers, including the formation of salt bridges responsible for D4 homotypic contacts and other hallmarks of SCF-induced KIT dimerization. These experiments reveal an unexpected structural plasticity of oncogenic KIT mutants and a therapeutic target in D5. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8dfq.cif.gz | 337 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8dfq.ent.gz | 261 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8dfq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8dfq_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8dfq_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8dfq_validation.xml.gz | 50.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8dfq_validation.cif.gz | 75.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/df/8dfq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/df/8dfq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 27411MC 8dfmC 8dfpC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 110390.805 Da / 分子数: 2 / 変異: T417I, K619A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIT, SCFR 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P10721, receptor protein-tyrosine kinase #2: タンパク質 | 分子量: 16007.306 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KITLG, MGF, SCF / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): CodonPlus RIPL / 参照: UniProt: P21583 #3: 多糖 | #4: 糖 | ChemComp-NAG / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Full-length KIT(T417I,delta418-419)-SCF dimers reconstituted in amphipol タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 値: 0.25 MDa / 実験値: YES | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
| ||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 5.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse. | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 293 K / 詳細: Blotting time 3 sec, blotting force 0. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1.52 sec. / 電子線照射量: 49.31 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 16476 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2650475 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 337995 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 145 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 8DFM | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|