+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8dfa | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | type I-C Cascade bound to ssDNA target | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN/DNA/RNA / CRISPR / type I-C / Cascade / ssDNA target / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA-RNA complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
![]() | O'Brien, R.E. / Bravo, J.P.K. / Ramos, D. / Hibshman, G.N. / Wright, J.T. / Taylor, D.W. | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural snapshots of R-loop formation by a type I-C CRISPR Cascade. 著者: Roisin E O'Brien / Jack P K Bravo / Delisa Ramos / Grace N Hibshman / Jacquelyn T Wright / David W Taylor / ![]() 要旨: Type I CRISPR-Cas systems employ multi-subunit Cascade effector complexes to target foreign nucleic acids for destruction. Here, we present structures of D. vulgaris type I-C Cascade at various ...Type I CRISPR-Cas systems employ multi-subunit Cascade effector complexes to target foreign nucleic acids for destruction. Here, we present structures of D. vulgaris type I-C Cascade at various stages of double-stranded (ds)DNA target capture, revealing mechanisms that underpin PAM recognition and Cascade allosteric activation. We uncover an interesting mechanism of non-target strand (NTS) DNA stabilization via stacking interactions with the "belly" subunits, securing the NTS in place. This "molecular seatbelt" mechanism facilitates efficient R-loop formation and prevents dsDNA reannealing. Additionally, we provide structural insights into how two anti-CRISPR (Acr) proteins utilize distinct strategies to achieve a shared mechanism of type I-C Cascade inhibition by blocking PAM scanning. These observations form a structural basis for directional R-loop formation and reveal how different Acr proteins have converged upon common molecular mechanisms to efficiently shut down CRISPR immunity. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 921.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 91.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 139.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 27403MC ![]() 8dejC ![]() 8dexC ![]() 8dfoC ![]() 8dfsC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
-タンパク質 , 2種, 8分子 ABCDEFGH
#1: タンパク質 | 分子量: 25977.857 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303 / VKM B-1760 / Hildenborough 遺伝子: DVUA0130 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q72WF9, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 32358.912 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303 / VKM B-1760 / Hildenborough 遺伝子: DVUA0132 / 発現宿主: ![]() ![]() |
-CRISPR-associated protein, CT1133 ... , 2種, 3分子 IJK
#3: タンパク質 | 分子量: 68123.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303 / VKM B-1760 / Hildenborough 遺伝子: DVUA0131 / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|---|
#4: タンパク質 | 分子量: 14017.981 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303 / VKM B-1760 / Hildenborough 遺伝子: DVUA0131 / 発現宿主: ![]() ![]() |
-RNA鎖 / DNA/RNAハイブリッド , 2種, 2分子 LN
#5: RNA鎖 | 分子量: 14817.853 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
---|---|
#6: DNA/RNAハイブリッド | 分子量: 5517.567 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-
試料調製
構成要素 | 名称: type I-C Cascade bound to ssDNA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: TFS GLACIOS |
---|---|
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40.5 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
-
解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 174004 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|