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万見
- PDB-8dej: D. vulgaris type I-C Cascade bound to dsDNA target -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dej
タイトルD. vulgaris type I-C Cascade bound to dsDNA target
要素
  • (CRISPR-associated protein, CT1133 ...) x 2
  • CRISPR-associated protein, TM1801 family
  • DNA (40-MER)
  • DNA (48-MER)
  • RNA (47-MER)
  • pre-crRNA processing endonuclease
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA/RNA / type I-C Cascade / dsDNA bound / CRISPR / Cascade / type I-C / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated protein Csd2 / CRISPR-associated protein Cas7, subtype I-B/I-C / CRISPR-associated protein Cas7 / CRISPR-associated protein, Csd1-type / CRISPR-associated protein (Cas_Csd1) / CRISPR pre-crRNA endoribonuclease Cas5d / CRISPR-associated protein, Cas5 / CRISPR-associated protein (Cas_Cas5) / CRISPR-associated protein Cas5, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10) / RNA / RNA (> 10) / CRISPR-associated protein, TM1801 family / CRISPR-associated protein, CT1133 family / pre-crRNA processing endonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.86 Å
データ登録者O'Brien, R.E. / Bravo, J.P.K. / Ramos, D. / Hibshman, G.N. / Wright, J.T. / Taylor, D.W.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)R35GM138348 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RR160088 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023
タイトル: Structural snapshots of R-loop formation by a type I-C CRISPR Cascade.
著者: Roisin E O'Brien / Jack P K Bravo / Delisa Ramos / Grace N Hibshman / Jacquelyn T Wright / David W Taylor /
要旨: Type I CRISPR-Cas systems employ multi-subunit Cascade effector complexes to target foreign nucleic acids for destruction. Here, we present structures of D. vulgaris type I-C Cascade at various ...Type I CRISPR-Cas systems employ multi-subunit Cascade effector complexes to target foreign nucleic acids for destruction. Here, we present structures of D. vulgaris type I-C Cascade at various stages of double-stranded (ds)DNA target capture, revealing mechanisms that underpin PAM recognition and Cascade allosteric activation. We uncover an interesting mechanism of non-target strand (NTS) DNA stabilization via stacking interactions with the "belly" subunits, securing the NTS in place. This "molecular seatbelt" mechanism facilitates efficient R-loop formation and prevents dsDNA reannealing. Additionally, we provide structural insights into how two anti-CRISPR (Acr) proteins utilize distinct strategies to achieve a shared mechanism of type I-C Cascade inhibition by blocking PAM scanning. These observations form a structural basis for directional R-loop formation and reveal how different Acr proteins have converged upon common molecular mechanisms to efficiently shut down CRISPR immunity.
履歴
登録2022年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年3月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32023年3月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.42024年6月12日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: pre-crRNA processing endonuclease
B: CRISPR-associated protein, TM1801 family
C: CRISPR-associated protein, TM1801 family
D: CRISPR-associated protein, TM1801 family
E: CRISPR-associated protein, TM1801 family
F: CRISPR-associated protein, TM1801 family
G: CRISPR-associated protein, TM1801 family
H: CRISPR-associated protein, TM1801 family
I: CRISPR-associated protein, CT1133 family
J: CRISPR-associated protein, CT1133 family
K: CRISPR-associated protein, CT1133 family
L: RNA (47-MER)
M: DNA (40-MER)
N: DNA (48-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)391,03814
ポリマ－391,03814
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 2種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質 pre-crRNA processing endonuclease / Cas5c


分子量: 26035.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)
株: ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303 / VKM B-1760 / Hildenborough
遺伝子: DVUA0130 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q72WF9, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: タンパク質
CRISPR-associated protein, TM1801 family / Cas7


分子量: 32358.912 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)
株: ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303 / VKM B-1760 / Hildenborough
遺伝子: DVUA0132 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q72WF7

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CRISPR-associated protein, CT1133 ... , 2種, 3分子 IJK

#3: タンパク質 CRISPR-associated protein, CT1133 family / Cas8c


分子量: 68123.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)
株: ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303 / VKM B-1760 / Hildenborough
遺伝子: DVUA0131 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q72WF8
#4: タンパク質 CRISPR-associated protein, CT1133 family / Cas11c


分子量: 14017.981 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)
株: ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303 / VKM B-1760 / Hildenborough
遺伝子: DVUA0131 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q72WF8

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RNA鎖 / DNA鎖 / DNA/RNAハイブリッド , 3種, 3分子 LMN

#5: RNA鎖 RNA (47-MER)


分子量: 15147.058 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)
株: Hildenborough / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#6: DNA鎖 DNA (40-MER)


分子量: 12376.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#7: DNA/RNAハイブリッド DNA (48-MER)


分子量: 14806.468 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Residues 26 and 29 are ribonucleotides / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: type I-C Cascade bound to dsDNA target / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量実験値: NO
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 80 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.86 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 96964 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00427022
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.57437121
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d17.5884696
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0444101
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0044395

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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