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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8de8 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the zebrafish two pore domain K+ channel TREK1 (K2P2.1) in DDM/POPA mixed micelles | |||||||||
![]() | Potassium channel, subfamily K, member 2a | |||||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / ion channel / K2P / K2P2.1 / TREK1 / TREK-1 / POPA | |||||||||
機能・相同性 | Chem-D21 / : / : ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.82 Å | |||||||||
![]() | Schmidpeter, P.A.M. / Nimigean, C.M. / Riegelhaupt, P.M. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Membrane phospholipids control gating of the mechanosensitive potassium leak channel TREK1. 著者: Philipp A M Schmidpeter / John T Petroff / Leila Khajoueinejad / Aboubacar Wague / Cheryl Frankfater / Wayland W L Cheng / Crina M Nimigean / Paul M Riegelhaupt / ![]() 要旨: Tandem pore domain (K2P) potassium channels modulate resting membrane potentials and shape cellular excitability. For the mechanosensitive subfamily of K2Ps, the composition of phospholipids within ...Tandem pore domain (K2P) potassium channels modulate resting membrane potentials and shape cellular excitability. For the mechanosensitive subfamily of K2Ps, the composition of phospholipids within the bilayer strongly influences channel activity. To examine the molecular details of K2P lipid modulation, we solved cryo-EM structures of the TREK1 K2P channel bound to either the anionic lipid phosphatidic acid (PA) or the zwitterionic lipid phosphatidylethanolamine (PE). At the extracellular face of TREK1, a PA lipid inserts its hydrocarbon tail into a pocket behind the selectivity filter, causing a structural rearrangement that recapitulates mutations and pharmacology known to activate TREK1. At the cytoplasmic face, PA and PE lipids compete to modulate the conformation of the TREK1 TM4 gating helix. Our findings demonstrate two distinct pathways by which anionic lipids enhance TREK1 activity and provide a framework for a model that integrates lipid gating with the effects of other mechanosensitive K2P modulators. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 106.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 84.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 982.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 996.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 30.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 42.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 27387MC ![]() 8de7C ![]() 8de9C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35559.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: kcnk2a / 発現宿主: ![]() #2: 化合物 | ChemComp-D21 / ( #3: 化合物 | ChemComp-K / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Potassium channel subfamily K member 2 / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 150mM KCl, 20mM TRIS, 0.25mM DDM, 0.1mg/ml POPA |
試料 | 濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 294 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1300 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 63.32 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 492284 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.82 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 303950 / 対称性のタイプ: POINT |