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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8de4 | |||||||||
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タイトル | Native serotonin transporter in complex with 15B8 Fab in the presence of methamphetamine | |||||||||
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![]() | MEMBRANE PROTEIN / methamphetamine / SERT / native protein / pig brain | |||||||||
機能・相同性 | ![]() serotonin:sodium:chloride symporter activity / presynapse / endosome membrane / focal adhesion / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
![]() | Yang, D. / Gouaux, E. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Native serotonin transporter in complex with 15B8 Fab in the presence of methamphetamine 著者: Yang, D. / Gouaux, E. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 163 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 127.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 38.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 53.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 27384MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 60778.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-抗体 , 2種, 2分子 BC
#2: 抗体 | 分子量: 12980.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() |
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#3: 抗体 | 分子量: 11776.065 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() |
-糖 , 2種, 2分子 ![](data/chem/img/LMT.gif)
#4: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#9: 糖 | ChemComp-LMT / |
-非ポリマー , 4種, 6分子 ![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/B40.gif)
![](data/chem/img/Y01.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/B40.gif)
![](data/chem/img/Y01.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-CL / | ||||
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#6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-B40 / ( | #8: 化合物 | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: native serotonin transporter in complex with 15B8 Fab in the presence of methamphetamine タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: MULTIPLE SOURCES | ||||||||||||
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由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: ![]() | ||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 271242 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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