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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8daq | ||||||
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タイトル | CryoEM structure of Western equine encephalitis virus VLP | ||||||
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![]() | VIRUS LIKE PARTICLE / WEEV / Alphavirus / VLP / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
機能・相同性 | ![]() T=4 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis ...T=4 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.35 Å | ||||||
![]() | Zimmerman, M.I. / Fremont, D.H. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID) | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Alternate repeat domain usage in an alphavirus entry receptor enables host species expansion 著者: Zimmerman, O. / Zimmerman, M.I. / Nelson, C.A. / Raju, S. / Errico, J.M. / Madden, E.A. / Hassan, A.O. / VanBlargan, L.A. / Kim, A.S. / Adams, L.J. / Basore, K. / Whitener, B.M. / Earnest, J. ...著者: Zimmerman, O. / Zimmerman, M.I. / Nelson, C.A. / Raju, S. / Errico, J.M. / Madden, E.A. / Hassan, A.O. / VanBlargan, L.A. / Kim, A.S. / Adams, L.J. / Basore, K. / Whitener, B.M. / Earnest, J.T. / Holmes, A.C. / Ebel, G.D. / Zmasek, C. / Scheuermann, R.H. / Fremont, D.H. / Diamond, M.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 865.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 101.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 148.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 27272MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47188.562 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 46171.617 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() #3: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Western equine encephalitis virus / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
ウイルスについての詳細 | 中空か: YES / エンベロープを持つか: YES / 単離: SPECIES / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: TFS GLACIOS |
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電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 1.03 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY |
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3次元再構成 | 解像度: 4.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 440062 / 対称性のタイプ: POINT |