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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8d3r | ||||||
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タイトル | Human mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex with GT basepair in intermediate conformer | ||||||
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![]() | TRANSFERASE/DNA / DNA-binding protein / DNA polymerase / TRANSFERASE-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() gamma DNA polymerase complex / mitochondrial DNA replication / positive regulation of DNA-directed DNA polymerase activity / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA metabolic process / DNA replication proofreading / DNA polymerase processivity factor activity / mitochondrial nucleoid / 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ ...gamma DNA polymerase complex / mitochondrial DNA replication / positive regulation of DNA-directed DNA polymerase activity / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA metabolic process / DNA replication proofreading / DNA polymerase processivity factor activity / mitochondrial nucleoid / 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / DNA polymerase binding / 3'-5' exonuclease activity / base-excision repair, gap-filling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / base-excision repair / DNA-templated DNA replication / double-stranded DNA binding / protease binding / in utero embryonic development / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / mitochondrial matrix / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin binding / protein-containing complex / mitochondrion / DNA binding / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.04 Å | ||||||
![]() | Park, J. / Yin, Y.W. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Polγ coordinates DNA synthesis and proofreading to ensure mitochondrial genome integrity. 著者: Joon Park / Geoffrey K Herrmann / Patrick G Mitchell / Michael B Sherman / Y Whitney Yin / ![]() 要旨: Accurate replication of mitochondrial DNA (mtDNA) by DNA polymerase γ (Polγ) is essential for maintaining cellular energy supplies, metabolism, and cell cycle control. To illustrate the structural ...Accurate replication of mitochondrial DNA (mtDNA) by DNA polymerase γ (Polγ) is essential for maintaining cellular energy supplies, metabolism, and cell cycle control. To illustrate the structural mechanism for Polγ coordinating polymerase (pol) and exonuclease (exo) activities to ensure rapid and accurate DNA synthesis, we determined four cryo-EM structures of Polγ captured after accurate or erroneous incorporation to a resolution of 2.4-3.0 Å. The structures show that Polγ employs a dual-checkpoint mechanism to sense nucleotide misincorporation and initiate proofreading. The transition from replication to error editing is accompanied by increased dynamics in both DNA and enzyme, in which the polymerase relaxes its processivity and the primer-template DNA unwinds, rotates, and backtracks to shuttle the mismatch-containing primer terminus 32 Å to the exo site for editing. Our structural and functional studies also provide a foundation for analyses of Polγ mutation-induced human diseases and aging. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 384.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 305.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 64.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 94.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-DNA polymerase subunit gamma- ... , 2種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 139730.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他) 参照: UniProt: P54098, DNA-directed DNA polymerase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 54991.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他) 参照: UniProt: Q9UHN1, DNA-directed DNA polymerase |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 PT
#3: DNA鎖 | 分子量: 7372.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#4: DNA鎖 | 分子量: 8644.536 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 2種, 2分子 ![](data/chem/img/DCP.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-DCP / |
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#6: 化合物 | ChemComp-CA / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Human mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex with GT basepair タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他) |
緩衝液 | pH: 7.2 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 電子線照射量: 44 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 357312 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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