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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8cxp | ||||||
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タイトル | Characterisation of a Seneca Valley Virus Thermostable Mutant | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS / Picornavirus / SVV / Seneca Valley Virus / Oncolytic virus | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA-protein covalent cross-linking / : / : / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / channel activity / protein complex oligomerization / cytoplasmic vesicle membrane / monoatomic ion channel activity / monoatomic ion transmembrane transport ...RNA-protein covalent cross-linking / : / : / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / channel activity / protein complex oligomerization / cytoplasmic vesicle membrane / monoatomic ion channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / symbiont entry into host cell / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Senecavirus A (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.47 Å | ||||||
データ登録者 | Jayawardena, N. / Bostina, M. / Strauss, M. | ||||||
資金援助 | ニュージーランド, 1件
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引用 | ジャーナル: Virology / 年: 2022 タイトル: Characterisation of a Seneca Valley virus thermostable mutant. 著者: Nadishka Jayawardena / Cormac McCarthy / Ivy Wang / Shakeel Waqqar / Laura N Burga / Mike Strauss / Mihnea Bostina / 要旨: Seneca Valley virus (SVV) is a newly discovered picornavirus in the Senecavirus genus. SVV-001 strain has shown promise as an oncolytic virus against tumors with neuroendocrine features. There is a ...Seneca Valley virus (SVV) is a newly discovered picornavirus in the Senecavirus genus. SVV-001 strain has shown promise as an oncolytic virus against tumors with neuroendocrine features. There is a need to use a structure-based approach to develop virus-like particles capable to mimicking the architecture of naturally occurring empty capsids that can be used as vaccines or as carriers for targeted cancer treatment. However, these empty capsids are inherently less stable, and tedious to purify. This warrants investigation into factors which confer the SVV capsid stability and into combining this knowledge to recombinantly express stable SVV VLPs. In this study, we isolated a thermostable mutant of SVV by thermal selection assays and we characterized a single mutation located in a capsid protein. The cryo-EM map of this mutant showed conformational shifts that facilitated the formation of additional hydrogen bonds and aromatic interactions, which could serve as capsid stabilizing factors. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8cxp.cif.gz | 151.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8cxp.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8cxp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8cxp_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8cxp_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8cxp_validation.xml.gz | 42.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8cxp_validation.cif.gz | 58.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cx/8cxp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cx/8cxp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 27066MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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| x 60
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| x 5
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| x 6
5 |
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29092.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Senecavirus A (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A649YC68 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 26492.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Senecavirus A (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A649YC94 |
#3: タンパク質 | 分子量: 31718.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Senecavirus A (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A1U9IRU2 |
#4: タンパク質 | 分子量: 7393.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Senecavirus A (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A649YCC5 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Senecavirus A / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Senecavirus A (ウイルス) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION |
天然宿主 | 生物種: Sus scrofa |
ウイルス殻 | 名称: Capsid / 直径: 150 nm |
緩衝液 | pH: 7.3 |
試料 | 濃度: 0.34 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Calibrated defocus min: 1000 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 3000 nm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 68 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.12_2829: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 211958 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.47 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 113052 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 3CJI Accession code: 3CJI / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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