[日本語] English
万見
- PDB-8cww: Structure of S. cerevisiae Hop1 CBR bound to a nucleosome -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cww
タイトルStructure of S. cerevisiae Hop1 CBR bound to a nucleosome
要素
  • (Widom 601 DNA (146- ...) x 2
  • Histone H2A
  • Histone H2B
  • Histone H3
  • Histone H4
  • Meiosis-specific protein HOP1
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / meiosis / recombination / chromosome axis / nucleosome / PHD / winged helix / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Gu, Y. / Ur, S.N. / Milano, C.R. / Tromer, E.C. / Vale-Silva, L.A. / Hochwagen, A. / Corbett, K.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM144121 米国
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2024
タイトル: Chromatin binding by HORMAD proteins regulates meiotic recombination initiation.
著者: Carolyn R Milano / Sarah N Ur / Yajie Gu / Jessie Zhang / Rachal Allison / George Brown / Matthew J Neale / Eelco C Tromer / Kevin D Corbett / Andreas Hochwagen /
要旨: The meiotic chromosome axis coordinates chromosome organization and interhomolog recombination in meiotic prophase and is essential for fertility. In S. cerevisiae, the HORMAD protein Hop1 mediates ...The meiotic chromosome axis coordinates chromosome organization and interhomolog recombination in meiotic prophase and is essential for fertility. In S. cerevisiae, the HORMAD protein Hop1 mediates the enrichment of axis proteins at nucleosome-rich islands through a central chromatin-binding region (CBR). Here, we use cryoelectron microscopy to show that the Hop1 CBR directly recognizes bent nucleosomal DNA through a composite interface in its PHD and winged helix-turn-helix domains. Targeted disruption of the Hop1 CBR-nucleosome interface causes a localized reduction of axis protein binding and meiotic DNA double-strand breaks (DSBs) in axis islands and leads to defects in chromosome synapsis. Synthetic effects with mutants of the Hop1 regulator Pch2 suggest that nucleosome binding delays a conformational switch in Hop1 from a DSB-promoting, Pch2-inaccessible state to a DSB-inactive, Pch2-accessible state to regulate the extent of meiotic DSB formation. Phylogenetic analyses of meiotic HORMADs reveal an ancient origin of the CBR, suggesting that the mechanisms we uncover are broadly conserved.
履歴
登録2022年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月10日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
P: Meiosis-specific protein HOP1
A: Histone H3
B: Histone H4
C: Histone H2A
D: Histone H2B
E: Histone H3
F: Histone H4
G: Histone H2A
H: Histone H2B
I: Widom 601 DNA (146-MER)
J: Widom 601 DNA (146-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)222,64213
ポリマ－222,51211
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
タンパク質 , 5種, 9分子 PAEBFCGDH

#1: タンパク質 Meiosis-specific protein HOP1


分子量: 24239.928 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GenBank:DAA08478.1
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: HOP1, YIL072W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 Histone H3


分子量: 15303.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GenBank:CAD89679.1
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質 Histone H4


分子量: 11263.231 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GenBank:NP_001087926.1
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: タンパク質 Histone H2A


分子量: 13978.241 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GenBank:CAD89676.1
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#5: タンパク質 Histone H2B


分子量: 13524.752 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GenBank:CAD89678.1
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
Widom 601 DNA (146- ... , 2種, 2分子 IJ

#6: DNA鎖 Widom 601 DNA (146-MER)


分子量: 45274.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#7: DNA鎖 Widom 601 DNA (146-MER)


分子量: 44856.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 1種, 2分子

#8: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Complex of Hop1 CBR domain bound to nucleosome / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#7 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 0.223 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
31Xenopus laevis (アフリカツメガエル)8335
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20mM Tris 7.5, 50mM NaCl, 1mM DTT, 1mM EDTA
試料濃度: 0.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4cryoSPARC3.2.0CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
8Cootモデルフィッティング
10cryoSPARC3.2.0初期オイラー角割当
12cryoSPARC3.2.0分類
13cryoSPARC3.2.0３次元再構成
14PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.74 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 139629 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 110.4 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002914466
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.472720793
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03222371
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00351616
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d24.41755885

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る