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万見
- PDB-8ci5: Structure of the SNV L protein bound to 5' RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ci5
タイトルStructure of the SNV L protein bound to 5' RNA
要素
  • RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*GP*AP*CP*U)-3')
  • RNA-directed RNA polymerase L
キーワードVIRAL PROTEIN / Negative-strand viruses / Bunyaviruses / Hantaviruses / RNA-dependent RNA polymerase / viral genome replication and transcription / VIRUS PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cap snatching / endonuclease activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
RNA-directed RNA polymerase, hantavirus / RNA-directed RNA polymerase, hantavirus, N-terminal / RNA dependent RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase, bunyaviral / Bunyavirus RNA dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種Sin Nombre orthohantavirus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Meier, K. / Thorkelsson, S.R. / Durieux Trouilleton, Q. / Vogel, D. / Yu, D. / Kosinski, J. / Cusack, S. / Malet, H. / Grunewald, K. / Quemin, E.R.J. / Rosenthal, M.
資金援助 ドイツ, フランス, 5件
組織認可番号国
Leibniz AssociationK72/2017) ドイツ
German Research Foundation (DFG)5979/2-1, INST 152/772-1, 774-1, 775-1, 776-1 ドイツ
Alexander von Humboldt Foundation ドイツ
German Federal Ministry for Education and Research01KI2019 ドイツ
French Infrastructure for Integrated Structural Biology (FRISBI)ANR-10-INBS-05-02 フランス
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2023
タイトル: Structural and functional characterization of the Sin Nombre virus L protein.
著者: Kristina Meier / Sigurdur R Thorkelsson / Quentin Durieux Trouilleton / Dominik Vogel / Dingquan Yu / Jan Kosinski / Stephen Cusack / Hélène Malet / Kay Grünewald / Emmanuelle R J Quemin / Maria Rosenthal /
要旨: The Bunyavirales order is a large and diverse group of segmented negative-strand RNA viruses. Several virus families within this order contain important human pathogens, including Sin Nombre virus ...The Bunyavirales order is a large and diverse group of segmented negative-strand RNA viruses. Several virus families within this order contain important human pathogens, including Sin Nombre virus (SNV) of the Hantaviridae. Despite the high epidemic potential of bunyaviruses, specific medical countermeasures such as vaccines or antivirals are missing. The multifunctional ~250 kDa L protein of hantaviruses, amongst other functional domains, harbors the RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) and an endonuclease and catalyzes transcription as well as replication of the viral RNA genome, making it a promising therapeutic target. The development of inhibitors targeting these key processes requires a profound understanding of the catalytic mechanisms. Here, we established expression and purification protocols of the full-length SNV L protein bearing the endonuclease mutation K124A. We applied different biochemical in vitro assays to provide an extensive characterization of the different enzymatic functions as well as the capacity of the hantavirus L protein to interact with the viral RNA. By using single-particle cryo-EM, we obtained a 3D model including the L protein core region containing the RdRp, in complex with the 5' promoter RNA. This first high-resolution model of a New World hantavirus L protein shows striking similarity to related bunyavirus L proteins. The interaction of the L protein with the 5' RNA observed in the structural model confirms our hypothesis of protein-RNA binding based on our biochemical data. Taken together, this study provides an excellent basis for future structural and functional studies on the hantavirus L protein and for the development of antiviral compounds.
履歴
登録2023年2月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月23日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-directed RNA polymerase L
C: RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*GP*AP*CP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)252,6432
ポリマ－252,6432
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis, Conducted native gel electrophoresis confirms complex formation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area2820 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area54070 Å2

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要素

#1: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase L


分子量: 246846.797 Da / 分子数: 1 / 変異: K124A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sin Nombre orthohantavirus (ウイルス)
発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A0P0ALW1
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*GP*AP*CP*U)-3')


分子量: 5796.515 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Sin Nombre orthohantavirus (ウイルス)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Structure of Sin nombre virus L protein bound to 5' RNA
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.254 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Sin Nombre orthohantavirus (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 514913 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 46.26 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01410613
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.127414389
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.06711611
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00771772
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.51631488

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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