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- PDB-8ceo: Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 8ceo
タイトルYeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with core Mediator and the +1 nucleosome
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase II subunit ...) x 7
  • (DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ...) x 5
  • (General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit ...) x 2
  • (General transcription and DNA repair factor IIH subunit ...) x 2
  • (Mediator of RNA polymerase II transcription subunit ...) x 16
  • (RNA polymerase II transcription factor B subunit ...) x 2
  • (Transcription initiation factor ...) x 6
  • General transcription and DNA repair factor IIH
  • Histone H2A
  • Histone H2B
  • Histone H3.2
  • Histone H4
  • Nontemplate DNA (209-MER)
  • TATA-binding protein
  • TFB1 isoform 1
  • TOA1 isoform 1
  • Template DNA (209-MER)
キーワードTRANSCRIPTION / PIC / Mediator / nucleosome / TF
機能・相同性
機能・相同性情報


: / regulation of mitotic recombination / RNA polymerase II promoter clearance / RNA polymerase II complex recruiting activity / positive regulation of mitotic recombination / core mediator complex / nucleotide-excision repair factor 3 complex / transcription factor TFIIE complex / DNA translocase activity / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II ...: / regulation of mitotic recombination / RNA polymerase II promoter clearance / RNA polymerase II complex recruiting activity / positive regulation of mitotic recombination / core mediator complex / nucleotide-excision repair factor 3 complex / transcription factor TFIIE complex / DNA translocase activity / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter / transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / RPB4-RPB7 complex / transcription factor TFIIF complex / DNA 5'-3' helicase / mediator complex / transcription factor TFIIA complex / transcription factor TFIIH holo complex / transcription factor TFIIH core complex / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / DNA 3'-5' helicase / transcription preinitiation complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / poly(A)+ mRNA export from nucleus / RNA Polymerase I Transcription Initiation / DNA duplex unwinding / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / 3'-5' DNA helicase activity / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / termination of RNA polymerase II transcription / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / RNA-templated transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / termination of RNA polymerase III transcription / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / termination of RNA polymerase I transcription / RNA Polymerase I Promoter Escape / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / RNA polymerase II complex binding / transcription by RNA polymerase I / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / Estrogen-dependent gene expression / ATPase activator activity / TFIID-class transcription factor complex binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / transcription by RNA polymerase III / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / RNA polymerase II activity / Dual incision in TC-NER / transcription elongation by RNA polymerase I / transcription-coupled nucleotide-excision repair / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / positive regulation of translational initiation / ATP-dependent activity, acting on DNA / translesion synthesis / cellular response to nutrient levels / RNA polymerase II, core complex / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / translation initiation factor binding / DNA helicase activity / TBP-class protein binding / isomerase activity / DNA-templated transcription initiation / nucleotide-excision repair / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / P-body / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / cytoplasmic stress granule / mRNA processing / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / peroxisome / ribosome biogenesis / single-stranded DNA binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / 5'-3' DNA helicase activity / double-stranded DNA binding / transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
Mediator complex, subunit Med19, fungi / Rox3 mediator complex subunit / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22, Saccharomycetes / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20 / Mediator complex, subunit Med6, fungi / Mediator complex, subunit Med10 / Transcription factor subunit Med10 of Mediator complex / Tfa2 E-tether / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 9 / RNA polymerase II transcription mediator complex subunit 9 ...Mediator complex, subunit Med19, fungi / Rox3 mediator complex subunit / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22, Saccharomycetes / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20 / Mediator complex, subunit Med6, fungi / Mediator complex, subunit Med10 / Transcription factor subunit Med10 of Mediator complex / Tfa2 E-tether / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 9 / RNA polymerase II transcription mediator complex subunit 9 / Mediator complex, subunit Med4 / Vitamin-D-receptor interacting Mediator subunit 4 / Mediator complex, subunit Med31 / Mediator complex, subunit Med21 / Mediator of RNA polymerase II, subunit Med31 superfamily / Bacterial type XPD DNA helicase, FeS cluster domain / SOH1 / Subunit 21 of Mediator complex / Mediator complex, subunit Med7 / Mediator complex, subunit Med7/Med21-like / Mediator complex, subunit Med7 superfmaily / MED7 protein / Mediator complex, subunit Med20 / Mediator complex, subunit Med14 / TATA-binding related factor (TRF) of subunit 20 of Mediator complex / Mediator complex subunit MED14 / Mediator complex, subunit Med6 / Mediator complex, subunit Med17 / Mediator complex, subunit Med6 superfamily / MED6 mediator sub complex component / Subunit 17 of Mediator complex / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22 / Mediator complex, subunit Med8, fungi/metazoa / Mediator complex, subunit Med11 / Surfeit locus protein 5 subunit 22 of Mediator complex / Mediator of RNA polymerase II transcription complex subunit 8 / Mediator complex protein / Mediator complex, subunit Med18 / Med18 protein / Mediator complex, subunit Med1 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1 / TFIIH subunit Tfb4/GTF2H3 / Transcription factor Tfb4 / TFIIH C1-like domain / Ssl1-like / TFIIH subunit Ssl1/p44 / Ssl1-like / TFIIH C1-like domain / TFIIH C1-like domain / TFIIH p62 subunit, N-terminal / TFIIH subunit Tfb1/GTF2H1 / TFIIH p62 subunit, N-terminal domain / BSD domain / BSD domain superfamily / BSD domain / BSD domain profile. / domain in transcription factors and synapse-associated proteins / RAD3/XPD family / Helicase XPB/Ssl2 / ERCC3/RAD25/XPB helicase, C-terminal domain / Helicase XPB/Ssl2, N-terminal domain / Helicase conserved C-terminal domain / ERCC3/RAD25/XPB C-terminal helicase / Helical and beta-bridge domain / Helical and beta-bridge domain / Transcription factor TFIIH subunit p52/Tfb2 / Transcription factor Tfb2, C-terminal domain / Transcription factor Tfb2 / Transcription factor Tfb2 (p52) C-terminal domain / Transcription factor TFIIE beta subunit, DNA-binding domain / TFIIH subunit TTDA/Tfb5 / Transcription initiation factor TFIIE, beta subunit / TFB5-like superfamily / TFA2, Winged helix domain 2 / TFIIE beta subunit core domain / Transcription factor TFIIH complex subunit Tfb5 / TFA2 Winged helix domain 2 / TFIIE beta central core DNA-binding domain profile. / Transcription factor TFIIH complex subunit Tfb5 / ATP-dependent helicase Rad3/Chl1-like / : / Cdk-activating kinase assembly factor MAT1/Tfb3 / Cdk-activating kinase assembly factor MAT1, centre / CDK-activating kinase assembly factor MAT1 / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Helicase-like, DEXD box c2 type / ATP-dependent helicase, C-terminal / DEAD2 / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain, DinG/Rad3-type / Helicase superfamily 1/2, DinG/Rad3-like / DEAD_2 / Helicase C-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-2 domain profile. / DEXDc2 / HELICc2 / Transcription initiation factor IIE subunit alpha, N-terminal / Transcription factor TFE/TFIIEalpha HTH domain / TFIIEalpha/SarR/Rpc3 HTH domain / Transcription factor E / TFIIE alpha subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11 / Transcription initiation factor IIA subunit 2 / TFB1 isoform 1 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 4 / TOA1 isoform 1 ...IRON/SULFUR CLUSTER / DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11 / Transcription initiation factor IIA subunit 2 / TFB1 isoform 1 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 4 / TOA1 isoform 1 / RNA polymerase II transcription factor B subunit 2 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 19 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 21 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 10 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 9 / General transcription and DNA repair factor IIH / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 7 / RNA polymerase II transcription factor B subunit 3 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1 / General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 31 / Transcription initiation factor IIF subunit alpha / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 14 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17 / General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB5 / TATA-binding protein / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD/RAD3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / Transcription initiation factor IIB / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20 / Transcription initiation factor IIE subunit alpha / Transcription initiation factor IIE subunit beta / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / Transcription initiation factor IIF subunit beta / Histone H4 / Histone H3.2 / General transcription and DNA repair factor IIH helicase/translocase subunit XPB/SSL2 / Histone H2A
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Wang, H. / Cramer, P.
資金援助European Union, ドイツ, 2件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)882357European Union
German Research Foundation (DFG)SFB860, EXC 2067/1-3907 ドイツ
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023
タイトル: Yeast PIC-Mediator structure with RNA polymerase II C-terminal domain.
著者: Sandra Schilbach / Haibo Wang / Christian Dienemann / Patrick Cramer /
要旨: For transcription initiation, RNA polymerase II (Pol II) forms a preinitiation complex (PIC) that associates with the general coactivator Mediator. Whereas atomic models of the human PIC-Mediator ...For transcription initiation, RNA polymerase II (Pol II) forms a preinitiation complex (PIC) that associates with the general coactivator Mediator. Whereas atomic models of the human PIC-Mediator structure have been reported, structures for its yeast counterpart remain incomplete. Here, we present an atomic model for the yeast PIC with core Mediator, including the Mediator middle module that was previously poorly resolved and including subunit Med1 that was previously lacking. We observe three peptide regions containing eleven of the 26 heptapeptide repeats of the flexible C-terminal repeat domain (CTD) of Pol II. Two of these CTD regions bind between the Mediator head and middle modules and form defined CTD-Mediator interactions. CTD peptide 1 binds between the Med6 shoulder and Med31 knob domains, whereas CTD peptide 2 forms additional contacts with Med4. The third CTD region (peptide 3) binds in the Mediator cradle and associates with the Mediator hook. Comparisons with the human PIC-Mediator structure show that the central region in peptide 1 is similar and forms conserved contacts with Mediator, whereas peptides 2 and 3 exhibit distinct structures and Mediator interactions.
履歴
登録2023年2月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD
1: TFB1 isoform 1
2: RNA polymerase II transcription factor B subunit 2
3: RNA polymerase II transcription factor B subunit 3
4: General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4
5: General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB5
6: General transcription and DNA repair factor IIH
7: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB
A: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1
B: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2
C: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3
D: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4
E: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
F: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
G: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7
H: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
I: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
J: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
K: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11
L: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4
M: Transcription initiation factor IIB
N: Nontemplate DNA (209-MER)
O: TATA-binding protein
Q: Transcription initiation factor IIF subunit alpha
R: Transcription initiation factor IIF subunit beta
T: Template DNA (209-MER)
U: TOA1 isoform 1
V: Transcription initiation factor IIA subunit 2
W: Transcription initiation factor IIE subunit alpha
X: Transcription initiation factor IIE subunit beta
a: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6
b: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8
c: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11
d: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17
e: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18
f: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20
g: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22
h: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 4
i: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 7
j: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 9
k: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 10
l: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 14
m: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 19
n: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 21
o: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 31
p: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1
r: Histone H3.2
s: Histone H4
t: Histone H2A
u: Histone H2B
v: Histone H3.2
w: Histone H4
x: Histone H2A
y: Histone H2B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,102,67273
ポリマ－2,101,18454
非ポリマー1,48819
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area346150 Å2
ΔGint-2031 kcal/mol
Surface area579850 Å2

-
要素

+
General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit ... , 2種, 2分子 07

#1: タンパク質 General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD / TFIIH subunit XPD / DNA repair helicase RAD3 / RNA polymerase II transcription factor B subunit ...TFIIH subunit XPD / DNA repair helicase RAD3 / RNA polymerase II transcription factor B subunit RAD3 / TFB subunit RAD3


分子量: 89899.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: RAD3, REM1, YER171W / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P06839, DNA helicase
#8: タンパク質 General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB / TFIIH subunit XPB / DNA repair helicase RAD25 / RNA polymerase II transcription factor B subunit ...TFIIH subunit XPB / DNA repair helicase RAD25 / RNA polymerase II transcription factor B subunit SSL2 / TFB subunit SSL2 / Suppressor of stem-loop mutation 2


分子量: 95461.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SSL2, LOM3, RAD25, UVS112, YIL143C / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q00578, DNA helicase

+
タンパク質 , 8種, 12分子 16OUrvswtxuy

#2: タンパク質 TFB1 isoform 1


分子量: 72993.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TFB1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A6A5Q1T4
#7: タンパク質 General transcription and DNA repair factor IIH


分子量: 52370.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SSL1, GI527_G0003820 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A6L0ZMK2
#23: タンパク質 TATA-binding protein


分子量: 27042.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SPT15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G4XSG8
#27: タンパク質 TOA1 isoform 1


分子量: 32230.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TOA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6A5Q2T8
#47: タンパク質 Histone H3.2


分子量: 15271.863 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84233
#48: タンパク質 Histone H4


分子量: 11263.231 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62799
#49: タンパク質 Histone H2A


分子量: 13978.241 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: hist1h2aj, LOC494591 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6AZJ8
#50: タンパク質 Histone H2B


分子量: 13848.097 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

+
RNA polymerase II transcription factor B subunit ... , 2種, 2分子 23

#3: タンパク質 RNA polymerase II transcription factor B subunit 2


分子量: 58602.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TFB2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A6A5Q2X3
#4: タンパク質 RNA polymerase II transcription factor B subunit 3


分子量: 38188.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TFB3 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A7I9BTI9

+
General transcription and DNA repair factor IIH subunit ... , 2種, 2分子 45

#5: タンパク質 General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4


分子量: 37506.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TFB4 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A8H4BW51
#6: タンパク質 General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB5


分子量: 8243.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TFB5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A8H8UMZ6

+
DNA-directed RNA polymerase II subunit ... , 7種, 7分子 ABCDGIK

#9: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / RNA polymerase II subunit B1 / DNA-directed RNA polymerase III largest subunit / RNA polymerase II ...RNA polymerase II subunit B1 / DNA-directed RNA polymerase III largest subunit / RNA polymerase II subunit B220


分子量: 191821.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P04050, DNA-directed RNA polymerase
#10: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / RNA polymerase II subunit 2 / B150 / DNA-directed RNA polymerase II 140 kDa polypeptide


分子量: 138937.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P08518, DNA-directed RNA polymerase
#11: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / RNA polymerase II subunit 3 / RNA polymerase II subunit B3 / B44.5 / DNA-directed RNA polymerase II ...RNA polymerase II subunit 3 / RNA polymerase II subunit B3 / B44.5 / DNA-directed RNA polymerase II 45 kDa polypeptide


分子量: 38635.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: RPB3, YIL021W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P16370
#12: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / RNA polymerase II subunit B4 / B32 / DNA-directed RNA polymerase II 32 kDa polypeptide


分子量: 25451.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P20433
#15: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 / RNA polymerase II subunit B7 / B16


分子量: 19909.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: RPB7, YDR404C, D9509.22 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P34087
#17: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / RNA polymerase II subunit B9 / B12.6 / DNA-directed RNA polymerase II 14.2 kDa polypeptide / DNA- ...RNA polymerase II subunit B9 / B12.6 / DNA-directed RNA polymerase II 14.2 kDa polypeptide / DNA-directed RNA polymerase II subunit 9


分子量: 14308.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P27999
#19: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 / RNA polymerase II subunit B11 / B13.6 / DNA-directed RNA polymerase II 13.6 kDa polypeptide


分子量: 13633.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38902

+
DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 5種, 5分子 EFHJL

#13: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC1 / ABC27 / DNA-directed RNA polymerases I / and III 27 ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC1 / ABC27 / DNA-directed RNA polymerases I / and III 27 kDa polypeptide


分子量: 25117.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P20434
#14: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC2 / ABC23 / DNA-directed RNA polymerases I / and III 23 ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC2 / ABC23 / DNA-directed RNA polymerases I / and III 23 kDa polypeptide


分子量: 17931.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P20435
#16: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC3 / ABC14.4 / ABC14.5 / DNA-directed RNA polymerases I ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC3 / ABC14.4 / ABC14.5 / DNA-directed RNA polymerases I / and III 14.5 kDa polypeptide


分子量: 16525.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P20436
#18: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC5 / ABC10-beta / ABC8 / DNA-directed RNA polymerases I ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC5 / ABC10-beta / ABC8 / DNA-directed RNA polymerases I / and III 8.3 kDa polypeptide


分子量: 8290.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P22139
#20: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC4 / ABC10-alpha


分子量: 7729.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40422

+
Transcription initiation factor ... , 6種, 6分子 MQRVWX

#21: タンパク質 Transcription initiation factor IIB / General transcription factor TFIIB / Transcription factor E


分子量: 39215.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SUA7, YPR086W, P9513.4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29055
#24: タンパク質 Transcription initiation factor IIF subunit alpha


分子量: 82320.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TFG1, GI527_G0002622 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8H4C1U9
#25: タンパク質 Transcription initiation factor IIF subunit beta / TFIIF medium subunit / TFIIF-beta / Transcription factor G 54 kDa subunit


分子量: 46684.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TFG2, YGR005C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P41896
#28: タンパク質 Transcription initiation factor IIA subunit 2


分子量: 13473.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PACBIOSEQ_LOCUS3356, PACBIOSEQ_LOCUS3547, PACBIOSEQ_LOCUS3591, PACBIOSEQ_LOCUS3602, PACBIOSEQ_LOCUS3607, PACBIOSEQ_LOCUS3639, PACBIOSEQ_LOCUS3680, PACBIOSEQ_LOCUS3892, PACBIOSEQ_LOCUS3963
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6A5PRZ0
#29: タンパク質 Transcription initiation factor IIE subunit alpha / TFIIE-alpha / Factor A 66 kDa subunit / Transcription factor A large subunit


分子量: 55951.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TFA1, YKL028W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P36100
#30: タンパク質 Transcription initiation factor IIE subunit beta / TFIIE-beta / Factor A 43 kDa subunit / Transcription factor A small subunit


分子量: 37050.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TFA2, YKR062W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P36145

+
DNA鎖 , 2種, 2分子 NT

#22: DNA鎖 Nontemplate DNA (209-MER)


分子量: 64290.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#26: DNA鎖 Template DNA (209-MER)


分子量: 64754.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

+
Mediator of RNA polymerase II transcription subunit ... , 16種, 16分子 abcdefghijklmnop

#31: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6


分子量: 32844.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MED6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8H4C0R2
#32: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8 / Mediator complex subunit 8


分子量: 25297.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MED8, GI527_G0000399 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6A5Q217
#33: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11


分子量: 13324.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MED11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6A5PPQ0
#34: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17


分子量: 78582.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SRB4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8H8ULN4
#35: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18 / Mediator complex subunit 18


分子量: 34316.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SRB5, MED18, GI527_G0002529 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8H4C0I9
#36: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20 / Hyper-recombination suppressor protein 2 / Mediator complex subunit 20 / Suppressor of RNA polymerase B 2


分子量: 22918.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SRB2, HRS2, MED20, YHR041C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P34162
#37: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22 / Mediator complex subunit 22 / Suppressor of RNA polymerase B 6


分子量: 13875.731 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SRB6, MED22, YBR253W, YBR1721 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32570
#38: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 4


分子量: 32244.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MED4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6A5Q2S0
#39: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 7


分子量: 25616.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MED7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6V8RKA4
#40: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 9


分子量: 17400.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CSE2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6A5Q7U4
#41: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 10


分子量: 17927.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: NUT2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6A5Q608
#42: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 14 / Mediator complex subunit 14


分子量: 123500.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: RGR1, GI527_G0003888 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8H4F9X3
#43: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 19


分子量: 24885.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: ROX3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6A5Q3S8
#44: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 21


分子量: 16093.368 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SRB7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6A5Q418
#45: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 31


分子量: 14747.739 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SOH1, GI527_G0002290 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8H4C1B0
#46: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1


分子量: 64314.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MED1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8H4BU46

+
非ポリマー , 3種, 19分子

#51: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#52: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#53: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

+
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with core Mediator and the +1 nucleosome
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#50 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 2.2 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 42 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 50715 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.004116469
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.747159067
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d16.74918350
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04818053
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00618896

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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