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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8cad | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the Ceres homohexamer from Galleria mellonella saliva | ||||||||||||||||||||||||
要素 | acidic juvenile hormone-suppressible protein 1 | ||||||||||||||||||||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / Galleria mellonella / Wax worm saliva / Plastic degradation / Polyethylene degradation / PEases / Hexamerin / Hemocyanin/phenoloxidase superfamily / Metal binding | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Arthropod hemocyanins / insect LSPs signature 2. / Hemocyanin, N-terminal / Hemocyanin, N-terminal domain superfamily / Hemocyanin, all-alpha domain / Hemocyanin, C-terminal domain superfamily / Hemocyanin/hexamerin middle domain / Hemocyanin, C-terminal / Hemocyanin, copper containing domain / Hemocyanin, ig-like domain / Hemocyanin/hexamerin ...Arthropod hemocyanins / insect LSPs signature 2. / Hemocyanin, N-terminal / Hemocyanin, N-terminal domain superfamily / Hemocyanin, all-alpha domain / Hemocyanin, C-terminal domain superfamily / Hemocyanin/hexamerin middle domain / Hemocyanin, C-terminal / Hemocyanin, copper containing domain / Hemocyanin, ig-like domain / Hemocyanin/hexamerin / Di-copper centre-containing domain superfamily / Immunoglobulin E-set 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Galleria mellonella (ハチノスツヅリガ) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.85 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Spinola-Amilibia, M. / Arias-Palomo, E. | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ドイツ, ベルギー, スペイン, 7件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023 タイトル: Plastic degradation by insect hexamerins: Near-atomic resolution structures of the polyethylene-degrading proteins from the wax worm saliva. 著者: Mercedes Spínola-Amilibia / Ramiro Illanes-Vicioso / Elena Ruiz-López / Pere Colomer-Vidal / Francisco Rodriguez-Ventura / Rosa Peces Pérez / Clemente F Arias / Tomas Torroba / Maria Solà ...著者: Mercedes Spínola-Amilibia / Ramiro Illanes-Vicioso / Elena Ruiz-López / Pere Colomer-Vidal / Francisco Rodriguez-Ventura / Rosa Peces Pérez / Clemente F Arias / Tomas Torroba / Maria Solà / Ernesto Arias-Palomo / Federica Bertocchini / 要旨: Plastic waste management is a pressing ecological, social, and economic challenge. The saliva of the lepidopteran larvae is capable of oxidizing and depolymerizing polyethylene in hours at room ...Plastic waste management is a pressing ecological, social, and economic challenge. The saliva of the lepidopteran larvae is capable of oxidizing and depolymerizing polyethylene in hours at room temperature. Here, we analyze by cryo-electron microscopy (cryo-EM) 's saliva directly from the native source. The three-dimensional reconstructions reveal that the buccal secretion is mainly composed of four hexamerins belonging to the hemocyanin/phenoloxidase family, renamed Demetra, Cibeles, Ceres, and a previously unidentified factor termed Cora. Functional assays show that this factor, as its counterparts Demetra and Ceres, is also able to oxidize and degrade polyethylene. The cryo-EM data and the x-ray analysis from purified fractions show that they self-assemble primarily into three macromolecular complexes with striking structural differences that likely modulate their activity. Overall, these results establish the ground to further explore the hexamerins' functionalities, their role in vivo, and their eventual biotechnological application. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8cad.cif.gz | 1.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8cad.ent.gz | 1.1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8cad.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/8cad ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/8cad | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 81674.148 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Galleria mellonella (ハチノスツヅリガ) 参照: UniProt: A0A6J1WN20 #2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #3: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #4: 化合物 | ChemComp-CU / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Ceres homocomplex / タイプ: COMPLEX / 詳細: Homohexamer / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Galleria mellonella (ハチノスツヅリガ) | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: C41(DE3) / プラスミド: 2-Cc-T vector (pET derived vector) | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: 25 mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1100 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 5.5 sec. / 電子線照射量: 58.3 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 実像数: 6386 詳細: Images were collected in super-resolution mode (pixel size of 0.543 angstrom) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: Super-resolution counting mode | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1826686 / 詳細: Autopicking from relion_3.1 with two templates | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: D3 (2回x3回 2面回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 18461 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 59.283 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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