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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8c9m | ||||||
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タイトル | HERV-K Gag immature lattice | ||||||
要素 | Gag protein | ||||||
キーワード | VIRUS LIKE PARTICLE / C6 symmetry / endogenous retrovirus | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Human endogenous retrovirus K (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Krebs, A.-S. / Liu, H.-F. / Zhou, Y. / Rey, J.S. / Levintov, L. / Perilla, J.R. / Bartesaghi, A. / Zhang, P. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: bioRxiv / 年: 2023 タイトル: Molecular architecture and conservation of an immature human endogenous retrovirus. 著者: Anna-Sophia Krebs / Hsuan-Fu Liu / Ye Zhou / Juan S Rey / Lev Levintov / Juan Shen / Andrew Howe / Juan R Perilla / Alberto Bartesaghi / Peijun Zhang / 要旨: A significant part of the human genome consists of endogenous retroviruses sequences. Human endogenous retrovirus K (HERV-K) is the most recently acquired endogenous retrovirus, is activated and ...A significant part of the human genome consists of endogenous retroviruses sequences. Human endogenous retrovirus K (HERV-K) is the most recently acquired endogenous retrovirus, is activated and expressed in many cancers and amyotrophic lateral sclerosis and possibly contributes to the aging process. To understand the molecular architecture of endogenous retroviruses, we determined the structure of immature HERV-K from native virus-like particles (VLPs) using cryo-electron tomography and subtomogram averaging (cryoET STA). The HERV-K VLPs show a greater distance between the viral membrane and immature capsid lattice, correlating with the presence of additional peptides, SP1 and p15, between the capsid (CA) and matrix (MA) proteins compared to the other retroviruses. The resulting cryoET STA map of the immature HERV-K capsid at 3.2 Å resolution shows a hexamer unit oligomerized through a 6-helix bundle which is further stabilized by a small molecule in the same way as the IP6 in immature HIV-1 capsid. The HERV-K immature CA hexamer assembles into the immature lattice via highly conserved dimmer and trimer interfaces, whose interactions were further detailed through all-atom molecular dynamics simulations and supported by mutational studies. A large conformational change mediated by the flexible linker between the N-terminal and the C-terminal domains of CA occurs between the immature and the mature HERV-K capsid protein, analogous to HIV-1. Comparison between HERV-K and other retroviral immature capsid structures reveals a highly conserved mechanism for the assembly and maturation of retroviruses across genera and evolutionary time. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8c9m.cif.gz | 474.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8c9m.ent.gz | 367.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8c9m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8c9m_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8c9m_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8c9m_validation.xml.gz | 43.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8c9m_validation.cif.gz | 61.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/8c9m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/8c9m | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 16511MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 74069.219 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human endogenous retrovirus K (ウイルス) 遺伝子: gag / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96897 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: サブトモグラム平均法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human endogenous retrovirus K / タイプ: VIRUS / 詳細: Gag protein, not cleaved / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Human endogenous retrovirus K (ウイルス) / 株: HERV-K con |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293T |
ウイルスについての詳細 | 中空か: YES / エンベロープを持つか: YES / 単離: OTHER / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE |
天然宿主 | 生物種: Homo sapiens |
ウイルス殻 | 名称: CA-NC |
緩衝液 | pH: 8 / 詳細: OptiPrep in STE buffer |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: EMS Lacey Carbon |
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 5000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 2000 nm |
撮影 | 平均露光時間: 1.17 sec. / 電子線照射量: 3.1 e/Å2 / Avg electron dose per subtomogram: 127.5 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: TFS Selectris / エネルギーフィルタースリット幅: 5 eV |
-解析
ソフトウェア | 名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 1.5/v9 / 分類: モデル構築 / URL: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ / Os: Linux / タイプ: package |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
対称性 | 点対称性: C6 (6回回転対称) |
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 188111 / 対称性のタイプ: POINT |
EM volume selection | Num. of tomograms: 124 / Num. of volumes extracted: 274994 |