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万見
- PDB-8c8q: Cytochrome c oxidase from Schizosaccharomyces pombe -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8c8q
タイトルCytochrome c oxidase from Schizosaccharomyces pombe
要素
  • (Cytochrome c oxidase polypeptide ...) x 2
  • (Cytochrome c oxidase subunit ...) x 9
  • Respiratory supercomplex factor 2 homolog C1565.01
  • Unknown polypeptide
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Electron transfer / proton transfer / respiration
機能・相同性
機能・相同性情報


Mitochondrial protein degradation / mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / : / cytochrome-c oxidase / : / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / enzyme regulator activity ...Mitochondrial protein degradation / mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / : / cytochrome-c oxidase / : / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / enzyme regulator activity / proton transmembrane transport / mitochondrial membrane / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / copper ion binding / heme binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Predicted cytochrome c oxidase subunit VII / Respiratory supercomplex factor 2, mitochondrial / Hypoxia induced protein, domain / Hypoxia induced protein conserved region / HIG1 domain profile. / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa, fungal / : / Cytochrome c oxidase, subunit VIa, conserved site / Cytochrome c oxidase subunit VIa signature. / Cytochrome c oxidase subunit VIIc ...Predicted cytochrome c oxidase subunit VII / Respiratory supercomplex factor 2, mitochondrial / Hypoxia induced protein, domain / Hypoxia induced protein conserved region / HIG1 domain profile. / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa, fungal / : / Cytochrome c oxidase, subunit VIa, conserved site / Cytochrome c oxidase subunit VIa signature. / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV family / Cytochrome c oxidase subunit VIIc superfamily / Cytochrome c oxidase subunit IV superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI / Cytochrome c oxidase, subunit VIa superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIa / Cytochrome c oxidase subunit Va / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / Cytochrome c oxidase, subunit VIb superfamily / Cytochrome oxidase c subunit VIb / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit 2, C-terminal / Cytochrome c oxidase subunit III domain / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding region signature. / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase, subunit Vb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding domain profile. / Cytochrome c oxidase subunit I domain / Cytochrome c oxidase, subunit II / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile. / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / HEME-A / DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Cytochrome c oxidase subunit 7 / Cytochrome c oxidase subunit 13, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide 5, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 12, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 9, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 1 ...COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / HEME-A / DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Cytochrome c oxidase subunit 7 / Cytochrome c oxidase subunit 13, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide 5, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 12, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 9, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c oxidase subunit 4, mitochondrial / Respiratory supercomplex factor 2 homolog C1565.01 / Cytochrome c oxidase polypeptide VIII, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.36 Å
データ登録者Moe, A. / Adelroth, P. / Brzezinski, P. / Nasvik Ojemyr, L.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Swedish Research Council スウェーデン
引用ジャーナル: Commun Chem / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure and function of S. pombe complex IV with bound respiratory supercomplex factor.
著者: Agnes Moe / Pia Ädelroth / Peter Brzezinski / Linda Näsvik Öjemyr /
要旨: Fission yeast Schizosaccharomyces pombe serves as model organism for studying higher eukaryotes. We combined the use of cryo-EM and spectroscopy to investigate the structure and function of affinity ...Fission yeast Schizosaccharomyces pombe serves as model organism for studying higher eukaryotes. We combined the use of cryo-EM and spectroscopy to investigate the structure and function of affinity purified respiratory complex IV (CIV) from S. pombe. The reaction sequence of the reduced enzyme with O proceeds over a time scale of µs-ms, similar to that of the mammalian CIV. The cryo-EM structure of CIV revealed eleven subunits as well as a bound hypoxia-induced gene 1 (Hig1) domain of respiratory supercomplex factor 2 (Rcf2). These results suggest that binding of Rcf2 does not require the presence of a CIII-CIV supercomplex, i.e. Rcf2 is a component of CIV. An AlphaFold-Multimer model suggests that the Hig1 domains of both Rcf1 and Rcf2 bind at the same site of CIV suggesting that their binding is mutually exclusive. Furthermore, the differential functional effect of Rcf1 or Rcf2 is presumably caused by interactions of CIV with their different non-Hig1 domain parts.
履歴
登録2023年1月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c oxidase subunit 1
B: Cytochrome c oxidase subunit 2
C: Cytochrome c oxidase subunit 3
D: Cytochrome c oxidase subunit 4, mitochondrial
E: Cytochrome c oxidase polypeptide 5, mitochondrial
F: Cytochrome c oxidase subunit 6, mitochondrial
G: Cytochrome c oxidase subunit 7
H: Cytochrome c oxidase polypeptide VIII, mitochondrial
I: Cytochrome c oxidase subunit 9, mitochondrial
J: Cytochrome c oxidase subunit 12, mitochondrial
K: Cytochrome c oxidase subunit 13, mitochondrial
L: Respiratory supercomplex factor 2 homolog C1565.01
M: Unknown polypeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)257,21124
ポリマ－252,41713
非ポリマー4,79411
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area58020 Å2
ΔGint-526 kcal/mol
Surface area72770 Å2

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要素

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Cytochrome c oxidase subunit ... , 9種, 9分子 ABCDFGIJK

#1: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase polypeptide I


分子量: 59607.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P07657, cytochrome-c oxidase
#2: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c oxidase polypeptide II


分子量: 28139.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P21534, cytochrome-c oxidase
#3: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase polypeptide III


分子量: 30432.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P14575, cytochrome-c oxidase
#4: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 4, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide IV


分子量: 17624.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P79010
#6: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide VI


分子量: 15958.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q9UTF6
#7: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 7


分子量: 6741.878 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: G2TRP5
#9: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 9, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide VIIA


分子量: 6652.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O94705
#10: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 12, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide VIb


分子量: 10275.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O94581
#11: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 13, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide VIa


分子量: 15224.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O74471

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Cytochrome c oxidase polypeptide ... , 2種, 2分子 EH

#5: タンパク質 Cytochrome c oxidase polypeptide 5, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide V


分子量: 24933.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: cox5, SPCC338.10c / 発現宿主: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O74988
#8: タンパク質 Cytochrome c oxidase polypeptide VIII, mitochondrial


分子量: 7512.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q9P4W1

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 LM

#12: タンパク質 Respiratory supercomplex factor 2 homolog C1565.01


分子量: 27084.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q9P3B2
#13: タンパク質・ペプチド Unknown polypeptide


分子量: 2230.741 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)

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非ポリマー , 7種, 11分子

#14: 化合物 ChemComp-HEA / HEME-A


分子量: 852.837 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H56FeN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#15: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#16: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#17: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#18: 化合物
ChemComp-PEF / DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 3-[AMINOETHYLPHOSPHORYL]-[1,2-DI-PALMITOYL]-SN-GLYCEROL / DPPE


分子量: 691.959 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H74NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#19: 化合物 ChemComp-CUA / DINUCLEAR COPPER ION


分子量: 127.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#20: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cytochrome c oxidase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#13 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.246 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影電子線照射量: 49 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.36 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 127659 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 76.41 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00315226
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.80120703
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.4932181
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0522235
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0042567

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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