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万見
- PDB-8c4t: Hantaan virus polymerase bound to its 5' viral RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8c4t
タイトルHantaan virus polymerase bound to its 5' viral RNA
要素
  • RNA (5'-R(P*UP*AP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*GP*AP*CP*A)-3')
  • RNA-directed RNA polymerase L
キーワードVIRAL PROTEIN / Polymerase / replication / bunyavirus
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA-templated viral transcription / negative stranded viral RNA replication / cap snatching / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell perinuclear region of cytoplasm / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RNA-directed RNA polymerase, hantavirus / RNA-directed RNA polymerase, hantavirus, N-terminal / RNA dependent RNA polymerase / : / RNA-dependent RNA polymerase, bunyaviral / Bunyavirus RNA dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種Hantaan virus 76-118 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.23 Å
データ登録者Durieux trouilleton, Q. / Arragain, B. / Malet, H.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-19-CE11-0024 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structures of active Hantaan virus polymerase uncover the mechanisms of Hantaviridae genome replication.
著者: Quentin Durieux Trouilleton / Sergio Barata-García / Benoît Arragain / Juan Reguera / Hélène Malet /
要旨: Hantaviruses are causing life-threatening zoonotic infections in humans. Their tripartite negative-stranded RNA genome is replicated by the multi-functional viral RNA-dependent RNA-polymerase. Here ...Hantaviruses are causing life-threatening zoonotic infections in humans. Their tripartite negative-stranded RNA genome is replicated by the multi-functional viral RNA-dependent RNA-polymerase. Here we describe the structure of the Hantaan virus polymerase core and establish conditions for in vitro replication activity. The apo structure adopts an inactive conformation that involves substantial folding rearrangement of polymerase motifs. Binding of the 5' viral RNA promoter triggers Hantaan virus polymerase reorganization and activation. It induces the recruitment of the 3' viral RNA towards the polymerase active site for prime-and-realign initiation. The elongation structure reveals the formation of a template/product duplex in the active site cavity concomitant with polymerase core widening and the opening of a 3' viral RNA secondary binding site. Altogether, these elements reveal the molecular specificities of Hantaviridae polymerase structure and uncover the mechanisms underlying replication. They provide a solid framework for future development of antivirals against this group of emerging pathogens.
履歴
登録2023年1月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-directed RNA polymerase L
C: RNA (5'-R(P*UP*AP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*GP*AP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)255,9113
ポリマ－255,8862
非ポリマー241
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area3220 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area52430 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase L / Protein L / Large structural protein / RdRp / Replicase / Transcriptase


分子量: 249432.484 Da / 分子数: 1 / 変異: D97A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hantaan virus 76-118 (ウイルス) / 株: 76-118 / 細胞株 (発現宿主): Hi 5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: P23456, RNA-directed RNA polymerase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*AP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*GP*AP*CP*A)-3')


分子量: 6453.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Hantaan virus 76-118 (ウイルス)
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Hantaan virus polymerase bound to the 5' viral RNA promoter
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.246 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Hantaan virus 76-118 (ウイルス) / 株: 76-118
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株: Hi 5
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
130 mMHEPESC8H18N2O4S1
2250 mMSodium ChlorideNaCl1
35 mMTCEPC9H15O6P1
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 25 mA / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 276 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 36000 X / 倍率（補正後）: 45454 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Calibrated defocus min: 2200 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 77 K / 最低温度: 77 K
撮影平均露光時間: 5.5 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2547
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3840 / 縦: 3712 / 動画フレーム数/画像: 50 / 利用したフレーム数/画像: 1-50

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC3.3.2粒子像選択BlobPicker
2SerialEM画像取得
4cryoSPARC3.3.2CTF補正Patch CTF estimation
5RELION4CTF補正CTF refinement
8Coot0.9.2モデルフィッティング
10cryoSPARC3.3.2初期オイラー角割当Non homogeneous refinement
11RELION4最終オイラー角割当3D auto-refine
12RELION4分類3D classification
13RELION4３次元再構成
14PHENIX1.20.1モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 533848
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.23 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 174977 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 50.53 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00310710
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.66314524
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.8911509
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0471633
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041780

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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