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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8c4h | ||||||
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タイトル | CryoEM structure of the Hendra henipavirus nucleocapsid sauronoid assembly multimer | ||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN / Nucleoprotein / RNA-binding protein / Sauronoid | ||||||
機能・相同性 | ![]() helical viral capsid / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / structural molecule activity / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.485 Å | ||||||
![]() | Passchier, T.C. / Maskell, D.P. / Edwards, T.A. / Barr, J.N. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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![]() | ![]() タイトル: The cryoEM structure of the Hendra henipavirus nucleoprotein reveals insights into paramyxoviral nucleocapsid architectures. 著者: Tim C Passchier / Joshua B R White / Daniel P Maskell / Matthew J Byrne / Neil A Ranson / Thomas A Edwards / John N Barr / ![]() ![]() 要旨: We report the first cryoEM structure of the Hendra henipavirus nucleoprotein in complex with RNA, at 3.5 Å resolution, derived from single particle analysis of a double homotetradecameric RNA-bound ...We report the first cryoEM structure of the Hendra henipavirus nucleoprotein in complex with RNA, at 3.5 Å resolution, derived from single particle analysis of a double homotetradecameric RNA-bound N protein ring assembly exhibiting D14 symmetry. The structure of the HeV N protein adopts the common bi-lobed paramyxoviral N protein fold; the N-terminal and C-terminal globular domains are bisected by an RNA binding cleft containing six RNA nucleotides and are flanked by the N-terminal and C-terminal arms, respectively. In common with other paramyxoviral nucleocapsids, the lateral interface between adjacent N and N protomers involves electrostatic and hydrophobic interactions mediated primarily through the N-terminal arm and globular domains with minor contribution from the C-terminal arm. However, the HeV N multimeric assembly uniquely identifies an additional protomer-protomer contact between the N N-terminus and N C-terminal arm linker. The model presented here broadens the understanding of RNA-bound paramyxoviral nucleocapsid architectures and provides a platform for further insight into the molecular biology of HeV, as well as the development of antiviral interventions. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 2 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 241.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 388.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 16426MC ![]() 8cbwC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 58541.320 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: RNA鎖 | 分子量: 25672.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: Rosetta 2 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Sauronoid assembly of Hendra henipavirus nucleoprotein タイプ: COMPLEX 詳細: Recombinantly expressed Hendra henipavirus nucleoprotein forming sauronoid complexes. Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 1.691779 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
ウイルスについての詳細 | 単離: SPECIES / タイプ: VIRION |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER グリッドのタイプ: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 281 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 75000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 700 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1.5 sec. / 電子線照射量: 59.7 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3548 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: D14 (2回x14回 2面回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.485 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 5683 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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