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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8c29 | ||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of photosystem II C2S2 supercomplex from Norway spruce (Picea abies) at 2.8 Angstrom resolution | ||||||||||||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Membrane protein complex / Photosynthesis / Photosystem / Gymnosperm | ||||||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 photosynthesis, light harvesting / photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosystem I / photosynthetic electron transport chain ...photosynthesis, light harvesting / photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosystem I / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / chlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Picea abies (ドイツトウヒ) | ||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.785 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Kopecny, D. / Semchonok, D.A. / Kouril, R. | ||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | チェコ, ドイツ, 9件
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引用 | ジャーナル: Nat Plants / 年: 2023 タイトル: Cryo-EM structure of a plant photosystem II supercomplex with light-harvesting protein Lhcb8 and α-tocopherol. 著者: Monika Opatíková / Dmitry A Semchonok / David Kopečný / Petr Ilík / Pavel Pospíšil / Iva Ilíková / Pavel Roudnický / Sanja Ćavar Zeljković / Petr Tarkowski / Fotis L Kyrilis / ...著者: Monika Opatíková / Dmitry A Semchonok / David Kopečný / Petr Ilík / Pavel Pospíšil / Iva Ilíková / Pavel Roudnický / Sanja Ćavar Zeljković / Petr Tarkowski / Fotis L Kyrilis / Farzad Hamdi / Panagiotis L Kastritis / Roman Kouřil / 要旨: The heart of oxygenic photosynthesis is the water-splitting photosystem II (PSII), which forms supercomplexes with a variable amount of peripheral trimeric light-harvesting complexes (LHCII). Our ...The heart of oxygenic photosynthesis is the water-splitting photosystem II (PSII), which forms supercomplexes with a variable amount of peripheral trimeric light-harvesting complexes (LHCII). Our knowledge of the structure of green plant PSII supercomplex is based on findings obtained from several representatives of green algae and flowering plants; however, data from a non-flowering plant are currently missing. Here we report a cryo-electron microscopy structure of PSII supercomplex from spruce, a representative of non-flowering land plants, at 2.8 Å resolution. Compared with flowering plants, PSII supercomplex in spruce contains an additional Ycf12 subunit, Lhcb4 protein is replaced by Lhcb8, and trimeric LHCII is present as a homotrimer of Lhcb1. Unexpectedly, we have found α-tocopherol (α-Toc)/α-tocopherolquinone (α-TQ) at the boundary between the LHCII trimer and the inner antenna CP43. The molecule of α-Toc/α-TQ is located close to chlorophyll a614 of one of the Lhcb1 proteins and its chromanol/quinone head is exposed to the thylakoid lumen. The position of α-Toc in PSII supercomplex makes it an ideal candidate for the sensor of excessive light, as α-Toc can be oxidized to α-TQ by high-light-induced singlet oxygen at low lumenal pH. The molecule of α-TQ appears to shift slightly into the PSII supercomplex, which could trigger important structure-functional modifications in PSII supercomplex. Inspection of the previously reported cryo-electron microscopy maps of PSII supercomplexes indicates that α-Toc/α-TQ can be present at the same site also in PSII supercomplexes from flowering plants, but its identification in the previous studies has been hindered by insufficient resolution. | ||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | 8c29.cif.gz | 1.7 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8c29.ent.gz | 1.5 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8c29.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8c29_validation.pdf.gz | 14.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8c29_full_validation.pdf.gz | 15.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8c29_validation.xml.gz | 328.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8c29_validation.cif.gz | 408 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/8c29 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/8c29 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 16389MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Photosystem II ... , 14種, 28分子 AaBbCcDdHhIiKkLlMmTtUuVvXxZz
#1: タンパク質 | 分子量: 38803.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PsbA / 由来: (天然) Picea abies (ドイツトウヒ) / 参照: UniProt: P50155, photosystem II #2: タンパク質 | 分子量: 56375.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PsbB / 由来: (天然) Picea abies (ドイツトウヒ) / 参照: UniProt: R4ZGX1 #3: タンパク質 | 分子量: 51785.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PsbC / 由来: (天然) Picea abies (ドイツトウヒ) / 参照: UniProt: R4ZGZ0 #4: タンパク質 | 分子量: 39483.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PsbD / 由来: (天然) Picea abies (ドイツトウヒ) / 参照: UniProt: R4ZGX6, photosystem II #8: タンパク質 | 分子量: 7941.112 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PsbH / 由来: (天然) Picea abies (ドイツトウヒ) / 参照: UniProt: R4ZGS7 #9: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4184.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PsbI / 由来: (天然) Picea abies (ドイツトウヒ) / 参照: UniProt: R4ZGS4 #10: タンパク質 | 分子量: 6804.083 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PsbK / 由来: (天然) Picea abies (ドイツトウヒ) / 参照: UniProt: R4ZGX8 #11: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4475.153 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PsbL / 由来: (天然) Picea abies (ドイツトウヒ) / 参照: UniProt: R4ZGV2 #12: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3952.636 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PsbM / 由来: (天然) Picea abies (ドイツトウヒ) / 参照: UniProt: A2CHR7 #16: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3962.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PsbTc / 由来: (天然) Picea abies (ドイツトウヒ) / 参照: UniProt: R4ZGU2 #17: タンパク質 | 分子量: 14189.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PsbTn / 由来: (天然) Picea abies (ドイツトウヒ) / 参照: UniProt: A9NJW3 #18: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3490.290 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Psb30 / 由来: (天然) Picea abies (ドイツトウヒ) / 参照: UniProt: R4ZGY5 #20: タンパク質 | 分子量: 12956.940 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PsbX / 由来: (天然) Picea abies (ドイツトウヒ) / 参照: UniProt: A9NTS2 #21: タンパク質 | 分子量: 6412.558 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PsbZ / 由来: (天然) Picea abies (ドイツトウヒ) / 参照: UniProt: R4ZGT1 |
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-Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 4分子 EeFf
#5: タンパク質 | 分子量: 9478.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PsbE / 由来: (天然) Picea abies (ドイツトウヒ) / 参照: UniProt: R4ZGW6 #6: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4476.271 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PsbF / 由来: (天然) Picea abies (ドイツトウヒ) / 参照: UniProt: R4ZGT7 |
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-Chlorophyll a-b binding protein, ... , 3種, 10分子 GNYgnyRrSs
#7: タンパク質 | 分子量: 29112.004 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Lhcb1 / 由来: (天然) Picea abies (ドイツトウヒ) / 参照: UniProt: Q40771 #14: タンパク質 | 分子量: 32767.854 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Lhcb4.3 / 由来: (天然) Picea abies (ドイツトウヒ) / 参照: UniProt: A9NKX0 #15: タンパク質 | 分子量: 32287.926 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CP26 / 由来: (天然) Picea abies (ドイツトウヒ) / 参照: UniProt: A9NKM0 |
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-タンパク質 , 2種, 4分子 OoWw
#13: タンパク質 | 分子量: 36089.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PsbO / 由来: (天然) Picea abies (ドイツトウヒ) / 参照: UniProt: A9NRV4 #19: タンパク質 | 分子量: 15266.507 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PsbW / 由来: (天然) Picea abies (ドイツトウヒ) / 参照: UniProt: A9NLC2 |
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-糖 , 1種, 4分子
#33: 糖 | ChemComp-DGD / |
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