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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8c1v | |||||||||
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タイトル | SARS-CoV-2 S-trimer (3 RBDs up) bound to TriSb92, fitted into cryo-EM map | |||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 spike / sherpabody / coronavirus | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Huiskonen, J.T. / Rissanen, I. / Hannula, L. | |||||||||
資金援助 | フィンランド, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Intranasal trimeric sherpabody inhibits SARS-CoV-2 including recent immunoevasive Omicron subvariants. 著者: Anna R Mäkelä / Hasan Uğurlu / Liina Hannula / Ravi Kant / Petja Salminen / Riku Fagerlund / Sanna Mäki / Anu Haveri / Tomas Strandin / Lauri Kareinen / Jussi Hepojoki / Suvi Kuivanen / ...著者: Anna R Mäkelä / Hasan Uğurlu / Liina Hannula / Ravi Kant / Petja Salminen / Riku Fagerlund / Sanna Mäki / Anu Haveri / Tomas Strandin / Lauri Kareinen / Jussi Hepojoki / Suvi Kuivanen / Lev Levanov / Arja Pasternack / Rauno A Naves / Olli Ritvos / Pamela Österlund / Tarja Sironen / Olli Vapalahti / Anja Kipar / Juha T Huiskonen / Ilona Rissanen / Kalle Saksela / 要旨: The emergence of increasingly immunoevasive SARS-CoV-2 variants emphasizes the need for prophylactic strategies to complement vaccination in fighting the COVID-19 pandemic. Intranasal administration ...The emergence of increasingly immunoevasive SARS-CoV-2 variants emphasizes the need for prophylactic strategies to complement vaccination in fighting the COVID-19 pandemic. Intranasal administration of neutralizing antibodies has shown encouraging protective potential but there remains a need for SARS-CoV-2 blocking agents that are less vulnerable to mutational viral variation and more economical to produce in large scale. Here we describe TriSb92, a highly manufacturable and stable trimeric antibody-mimetic sherpabody targeted against a conserved region of the viral spike glycoprotein. TriSb92 potently neutralizes SARS-CoV-2, including the latest Omicron variants like BF.7, XBB, and BQ.1.1. In female Balb/c mice intranasal administration of just 5 or 50 micrograms of TriSb92 as early as 8 h before but also 4 h after SARS-CoV-2 challenge can protect from infection. Cryo-EM and biochemical studies reveal triggering of a conformational shift in the spike trimer as the inhibitory mechanism of TriSb92. The potency and robust biochemical properties of TriSb92 together with its resistance against viral sequence evolution suggest that TriSb92 could be useful as a nasal spray for protecting susceptible individuals from SARS-CoV-2 infection. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8c1v.cif.gz | 571.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8c1v.ent.gz | 466.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8c1v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8c1v_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8c1v_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8c1v_validation.xml.gz | 105.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8c1v_validation.cif.gz | 154.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c1/8c1v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c1/8c1v | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 16383MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 124497.945 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2 #2: タンパク質 | 分子量: 6644.364 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #4: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: SARS-CoV-2 Spike in open conformation with bound sherpabody タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 10 mM Tris pH 8 + 150 mM NaCl |
試料 | 濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 1.375 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 実像数: 5996 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 150665 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT 詳細: Initial fitting of non-RBD regions of the S-trimer, RBDs and Sb92s was done in ChimeraX, and then Coot was used to adjust the linker regions between RBDs and S. |