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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8c1c | ||||||||||||
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タイトル | Structure of IgE bound to the ectodomain of FceRIa | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / adaptive immune system / IgE / Fc receptor / allergy | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 high-affinity IgE receptor activity / adaptive immune memory response / primary adaptive immune response / IgE B cell receptor complex / type I hypersensitivity / B cell antigen processing and presentation / Fc receptor-mediated immune complex endocytosis / IgD immunoglobulin complex / eosinophil degranulation / IgM immunoglobulin complex ...high-affinity IgE receptor activity / adaptive immune memory response / primary adaptive immune response / IgE B cell receptor complex / type I hypersensitivity / B cell antigen processing and presentation / Fc receptor-mediated immune complex endocytosis / IgD immunoglobulin complex / eosinophil degranulation / IgM immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / macrophage activation / IgE binding / type 2 immune response / CD22 mediated BCR regulation / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / antibody-dependent cellular cytotoxicity / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / mast cell degranulation / B cell proliferation / macrophage differentiation / FCGR activation / immunoglobulin mediated immune response / Role of phospholipids in phagocytosis / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Scavenging of heme from plasma / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / complement activation, classical pathway / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of Complement cascade / antigen binding / Cell surface interactions at the vascular wall / FCERI mediated MAPK activation / FCGR3A-mediated phagocytosis / B cell receptor signaling pathway / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antibacterial humoral response / Potential therapeutics for SARS / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / adaptive immune response / blood microparticle / cell surface receptor signaling pathway / inflammatory response / immune response / external side of plasma membrane / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Andersen, G.R. / Jensen, R.K. | ||||||||||||
資金援助 | デンマーク, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of IgE bound to the ectodomain of FceRIa 著者: Andersen, G.R. / Jensen, R.K. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8c1c.cif.gz | 402.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8c1c.ent.gz | 338.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8c1c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8c1c_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8c1c_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8c1c_validation.xml.gz | 46.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8c1c_validation.cif.gz | 70.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c1/8c1c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c1/8c1c | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 16378MC 8c1bC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Immunoglobulin ... , 2種, 4分子 HXLY
#1: タンパク質 | 分子量: 46831.613 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHE / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01854 #2: タンパク質 | 分子量: 11763.983 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGKC / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01834 |
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-タンパク質 , 1種, 1分子 R
#3: タンパク質 | 分子量: 19880.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FCER1A, FCE1A / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P12319 |
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-糖 , 4種, 9分子
#4: 多糖 | #5: 多糖 | #6: 多糖 | #7: 糖 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: IgE-FceRIa complex / タイプ: COMPLEX 詳細: complex of IgE bound to the ectodomain of the FceRIa subunit Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.22 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 3.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 59.16 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 573328 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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