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- PDB-8bxd: Alvinella pompejana nicotinic acetylcholine receptor Alpo4 in apo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bxd
タイトルAlvinella pompejana nicotinic acetylcholine receptor Alpo4 in apo state (Alpo4_LMNG_Serotonin dataset 4)
要素Acetylcholine receptor
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Cys-loop receptor / pentameric ligand-gated ion channel / Alpo / nAChR
生物種Alvinella pompejana (無脊椎動物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.2 Å
データ登録者De Gieter, S. / Efremov, R.G. / Ulens, C.
資金援助 ベルギー, 6件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders (FWO)G0H5916N ベルギー
Research Foundation - Flanders (FWO)G054617N ベルギー
Research Foundation - Flanders (FWO)G0C1319N ベルギー
Research Foundation - Flanders (FWO)G087921N ベルギー
KU LeuvenC3/19/023 ベルギー
KU LeuvenC14/17/093 ベルギー
引用ジャーナル: Elife / 年: 2023
タイトル: Sterol derivative binding to the orthosteric site causes conformational changes in an invertebrate Cys-loop receptor.
著者: Steven De Gieter / Casey I Gallagher / Eveline Wijckmans / Diletta Pasini / Chris Ulens / Rouslan G Efremov /
要旨: Cys-loop receptors or pentameric ligand-gated ion channels are mediators of electrochemical signaling throughout the animal kingdom. Because of their critical function in neurotransmission and high ...Cys-loop receptors or pentameric ligand-gated ion channels are mediators of electrochemical signaling throughout the animal kingdom. Because of their critical function in neurotransmission and high potential as drug targets, Cys-loop receptors from humans and closely related organisms have been thoroughly investigated, whereas molecular mechanisms of neurotransmission in invertebrates are less understood. When compared with vertebrates, the invertebrate genomes underwent a drastic expansion in the number of the nACh-like genes associated with receptors of unknown function. Understanding this diversity contributes to better insight into the evolution and possible functional divergence of these receptors. In this work, we studied orphan receptor Alpo4 from an extreme thermophile worm . Sequence analysis points towards its remote relation to characterized nACh receptors. We solved the cryo-EM structure of the lophotrochozoan nACh-like receptor in which a CHAPS molecule is tightly bound to the orthosteric site. We show that the binding of CHAPS leads to extending of the loop C at the orthosteric site and a quaternary twist between extracellular and transmembrane domains. Both the ligand binding site and the channel pore reveal unique features. These include a conserved Trp residue in loop B of the ligand binding site which is flipped into an apparent self-liganded state in the apo structure. The ion pore of Alpo4 is tightly constricted by a ring of methionines near the extracellular entryway of the channel pore. Our data provide a structural basis for a functional understanding of Alpo4 and hints towards new strategies for designing specific channel modulators.
履歴
登録2022年12月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetylcholine receptor
B: Acetylcholine receptor
C: Acetylcholine receptor
D: Acetylcholine receptor
E: Acetylcholine receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)271,88110
ポリマ－270,7755
非ポリマー1,1065
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Acetylcholine receptor


分子量: 54154.934 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alvinella pompejana (無脊椎動物)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Pentameric complex of Alpo4 in apo state (Serotonin added)
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.270 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Alvinella pompejana (無脊椎動物)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: + Serotonin
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110 mMPhosphateNaPi1
2150 mMSodium ChlorateNaCl1
30.003 %LMNGLMNG1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER
撮影電子線照射量: 59 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 1595
電子光学装置エネルギーフィルター名称: In-column Omega Filter
エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV / 位相板: OTHER

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19_4092: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1crYOLO粒子像選択
4cryoSPARCCTF補正
9PHENIXモデル精密化
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
12cryoSPARC分類
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 6.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 79454 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00513065
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.0417892
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.5881800
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0552185
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0072157

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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