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- PDB-8bvj: Hfq-Crc-estA translation repression complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bvj
タイトルHfq-Crc-estA translation repression complex
要素
  • Catabolite repression control protein
  • RNA-binding protein Hfq
  • estA mRNA
キーワードRNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / co-transcriptional RNA folding / Crc / metabolic regulation / ribonucleoprotein assembly (核タンパク質) / RNA chaperone Hfq / translational regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / エキソデオキシリボヌクレアーゼIII / DNA修復 / regulation of DNA-templated transcription / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Exodeoxyribonuclease III-like / RNA-binding protein Hfq / Hfq protein / AP endonuclease 1 / AP endonucleases family 1 profile. / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / : / Sm domain profile. / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / LSM domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA-binding protein Hfq / Catabolite repression control protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Dendooven, T. / Luisi, B.F.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2023
タイトル: Translational regulation by Hfq-Crc assemblies emerges from polymorphic ribonucleoprotein folding.
著者: Tom Dendooven / Elisabeth Sonnleitner / Udo Bläsi / Ben F Luisi /
要旨: The widely occurring bacterial RNA chaperone Hfq is a key factor in the post-transcriptional control of hundreds of genes in Pseudomonas aeruginosa. How this broadly acting protein can contribute to ...The widely occurring bacterial RNA chaperone Hfq is a key factor in the post-transcriptional control of hundreds of genes in Pseudomonas aeruginosa. How this broadly acting protein can contribute to the regulatory requirements of many different genes remains puzzling. Here, we describe cryo-EM structures of higher order assemblies formed by Hfq and its partner protein Crc on control regions of different P. aeruginosa target mRNAs. Our results show that these assemblies have mRNA-specific quaternary architectures resulting from the combination of multivalent protein-protein interfaces and recognition of patterns in the RNA sequence. The structural polymorphism of these ribonucleoprotein assemblies enables selective translational repression of many different target mRNAs. This system elucidates how highly complex regulatory pathways can evolve with a minimal economy of proteinogenic components in combination with RNA sequence and fold.
履歴
登録2022年12月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: RNA-binding protein Hfq
T: RNA-binding protein Hfq
J: RNA-binding protein Hfq
L: RNA-binding protein Hfq
N: RNA-binding protein Hfq
P: RNA-binding protein Hfq
X: RNA-binding protein Hfq
Y: RNA-binding protein Hfq
S: RNA-binding protein Hfq
U: RNA-binding protein Hfq
V: RNA-binding protein Hfq
W: RNA-binding protein Hfq
K: RNA-binding protein Hfq
M: RNA-binding protein Hfq
D: RNA-binding protein Hfq
E: RNA-binding protein Hfq
F: RNA-binding protein Hfq
I: RNA-binding protein Hfq
Q: Catabolite repression control protein
B: estA mRNA
G: Catabolite repression control protein
C: Catabolite repression control protein
A: Catabolite repression control protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)322,46623
ポリマ－322,46623
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area47190 Å2
ΔGint-250 kcal/mol
Surface area101040 Å2

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要素

#1: タンパク質
RNA-binding protein Hfq


分子量: 9114.487 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: hfq, PSPA7_5673 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A6VD57
#2: タンパク質
Catabolite repression control protein / Exodeoxyribonuclease III


分子量: 30101.869 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: crc, exoA, ALP65_01013, CAZ10_32350, CGU42_22755, DT376_09125, E4V10_18585, E5D53_27785, E5Z62_16095, E5Z63_23405, ECC04_031800, GNQ48_25180, GUL26_21635, IPC111_12165, IPC112_13745, ...遺伝子: crc, exoA, ALP65_01013, CAZ10_32350, CGU42_22755, DT376_09125, E4V10_18585, E5D53_27785, E5Z62_16095, E5Z63_23405, ECC04_031800, GNQ48_25180, GUL26_21635, IPC111_12165, IPC112_13745, IPC113_22800, IPC114_17225, IPC115_20105, IPC116_23795, IPC117_25625, IPC118_26680, IPC119_29495, IPC120_26430, IPC121_21355, IPC122_22810, IPC123_28525, IPC124_13695, IPC125_17530, IPC126_13890, IPC127_14855, IPC128_10355, IPC1295_10410, IPC129_12605, IPC1306_08360, IPC1307_28280, IPC1308_08250, IPC1309_21675, IPC130_13760, IPC1310_18070, IPC1311_27715, IPC1312_27760, IPC1313_12995, IPC1314_23305, IPC1315_13925, IPC1316_03820, IPC1317_21325, IPC1319_28440, IPC131_02850, IPC1320_21925, IPC1321_13670, IPC1322_08030, IPC1323_08650, IPC1324_08655, IPC1325_28715, IPC1326_03390, IPC1327_03390, IPC1329_17010, IPC132_06970, IPC1330_11465, IPC1331_28200, IPC1332_29425, IPC1333_11845, IPC1334_25345, IPC1335_28860, IPC1336_09225, IPC1337_29545, IPC1339_28790, IPC133_03360, IPC1340_28180, IPC1341_12600, IPC1342_25815, IPC1343_28125, IPC1345_26635, IPC1346_12480, IPC1347_06540, IPC1349_02495, IPC134_02845, IPC135_03360, IPC137_05170, IPC139_09290, IPC140_06730, IPC141_03365, IPC142_07260, IPC143_27785, IPC144_27850, IPC145_26565, IPC146_07875, IPC1474_29365, IPC1476_04745, IPC1477_00205, IPC1478_21530, IPC1479_05830, IPC147_27530, IPC1480_09320, IPC1481_08100, IPC1482_03390, IPC1485_09070, IPC1486_00200, IPC1487_09730, IPC1488_23420, IPC1489_30180, IPC148_13460, IPC1490_30060, IPC1491_03590, IPC1492_29195, IPC1494_10055, IPC1496_07955, IPC1498_13815, IPC1499_04620, IPC149_07870, IPC1500_13950, IPC1501_16685, IPC1502_17430, IPC1503_12005, IPC1504_12415, IPC1505_29825, IPC1506_17410, IPC1507_24155, IPC1508_30170, IPC1509_28695, IPC150_28080, IPC1510_28915, IPC1511_30420, IPC1512_29660, IPC1515_25380, IPC1516_25030, IPC1517_08725, IPC1518_07355, IPC1519_08150, IPC151_23655, IPC1521_08375, IPC1522_08210, IPC1523_29925, IPC152_28760, IPC153_23345, IPC154_17265, IPC155_18160, IPC156_17280, IPC157_20765, IPC1583_04500, IPC1584_21700, IPC1585_03355, IPC1586_12135, IPC1587_07630, IPC1588_00205, IPC1589_12850, IPC158_22475, IPC1590_04505, IPC1591_26650, IPC1592_03360, IPC1593_28620, IPC1594_08340, IPC1595_28610, IPC1596_08050, IPC1597_07705, IPC1598_07535, IPC1599_12520, IPC159_19675, IPC1600_03625, IPC1601_25405, IPC1602_28860, IPC1603_04480, IPC1604_17280, IPC1605_06980, IPC1606_28085, IPC161_21475, IPC168_27215, IPC172_03365, IPC173_03365, IPC174_04115, IPC175_27990, IPC176_00200, IPC177_23820, IPC178_12645, IPC179_03225, IPC180_03440, IPC181_03440, IPC182_27410, IPC183_07620, IPC184_23205, IPC26_03230, IPC27_25570, IPC29_25820, IPC30_25775, IPC31_26330, IPC32_23895, IPC33_16805, IPC34_07650, IPC35_07645, IPC36_11985, IPC37_11015, IPC38_07925, IPC40_27470, IPC41_03360, IPC42_03360, IPC43_23085, IPC44_22815, IPC45_21905, IPC46_07155, IPC47_03385, IPC48_27355, IPC49_03360, IPC50_30570, IPC51_28835, IPC54_18710, IPC55_30750, IPC56_25845, IPC574_05650, IPC575_13820, IPC576_07870, IPC577_30530, IPC578_05650, IPC579_06085, IPC57_11625, IPC580_13610, IPC582_05645, IPC584_14310, IPC586_05655, IPC589_14875, IPC58_27585, IPC596_07850, IPC597_03535, IPC598_09625, IPC599_08585, IPC59_11860, IPC600_09330, IPC601_08240, IPC602_08660, IPC603_03370, IPC604_03350, IPC605_03350, IPC606_24980, IPC607_31450, IPC608_28595, IPC609_14300, IPC60_11070, IPC610_25045, IPC611_03630, IPC612_03625, IPC613_03625, IPC614_10255, IPC615_03650, IPC616_03650, IPC618_03645, IPC61_27990, IPC620_03665, IPC621_02265, IPC622_09600, IPC623_28715, IPC624_03390, IPC625_10215, IPC627_06380, IPC629_12080, IPC630_04660, IPC632_00200, IPC633_27305, IPC634_00200, IPC64_27165, IPC65_28585, IPC66_27855, IPC67_03650, IPC68_03420, IPC70_17275, IPC71_27005, IPC737_07685, IPC73_27875, IPC74_28395, IPC75_18330, IPC76_17335, IPC77_23945, IPC78_12120, NCTC13621_05232, PA52Ts2_6132, PAMH19_3299
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q51380, エキソデオキシリボヌクレアーゼIII
#3: RNA鎖 estA mRNA


分子量: 37997.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Complex of the RNA chaperone Hfq with helper protein Crc assembled on a fragment of estA mRNACOMPLEX#1, #3, #20RECOMBINANT
2RNA-binding protein Hfq and Catabolite repression control proteinCOMPLEX#1-#21RECOMBINANT
3estA mRNACOMPLEX#31RECOMBINANT
分子量値: 0.26 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)287
33Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)287
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Escherichia coli (大腸菌)562
33synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18rc5_3822: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
7UCSF Chimera1.13.1モデルフィッティング
9cryoSPARC2.15初期オイラー角割当
10cryoSPARC2.15最終オイラー角割当
13REFMACモデル精密化
14PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 46800 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
精密化最高解像度: 4.5 Å
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00219853
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.39627183
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.9843137
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0413068
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0023284

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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