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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bu8 | ||||||
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タイトル | Double-motif Single-stranded Paranemic Crossover RNA Triangle (2PXT) | ||||||
要素 | RNA (354-MER) | ||||||
キーワード | RNA / RNA origami / Nanostructure / self-assembly | ||||||
機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.56 Å | ||||||
データ登録者 | Sampedro, N. / Andersen, E.S. / McRae, E.K.S. | ||||||
資金援助 | デンマーク, 1件
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引用 | ジャーナル: Small / 年: 2023 タイトル: An RNA Paranemic Crossover Triangle as A 3D Module for Cotranscriptional Nanoassembly. 著者: Néstor Sampedro Vallina / Ewan K S McRae / Cody Geary / Ebbe Sloth Andersen / 要旨: RNA nanotechnology takes advantage of structural modularity to build self-assembling nano-architectures with applications in medicine and synthetic biology. The use of paranemic motifs, that form ...RNA nanotechnology takes advantage of structural modularity to build self-assembling nano-architectures with applications in medicine and synthetic biology. The use of paranemic motifs, that form without unfolding existing secondary structure, allows for the creation of RNA nanostructures that are compatible with cotranscriptional folding in vitro and in vivo. In previous work, kissing-loop (KL) motifs have been widely used to design RNA nanostructures that fold cotranscriptionally. However, the paranemic crossover (PX) motif has not yet been explored for cotranscriptional RNA origami architectures and information about the structural geometry of the motif is unknown. Here, a six base pair-wide paranemic RNA interaction that arranges double helices in a perpendicular manner is introduced, allowing for the generation of a new and versatile building block: the paranemic-crossover triangle (PXT). The PXT is self-assembled by cotranscriptional folding and characterized by cryogenic electron microscopy, revealing for the first time an RNA PX interaction in high structural detail. The PXT is used as a building block for the construction of multimers that form filaments and rings and a duplicated PXT motif is used as a building block to self-assemble cubic structures, demonstrating the PXT as a rigid self-folding domain for the development of wireframe RNA origami architectures. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8bu8.cif.gz | 174 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8bu8.ent.gz | 125.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8bu8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8bu8_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8bu8_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8bu8_validation.xml.gz | 20.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8bu8_validation.cif.gz | 28.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/8bu8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/8bu8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 16245MC 8btzC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 113647.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: In vitro transcribed RNA / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Double-motif Single-stranded Paranemic Crossover RNA Triangle (2PXT) タイプ: COMPLEX / 詳細: In vitro transcribed RNA purified by SEC. / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 113.63 kDa/nm / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: synthetic construct (人工物) | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.8 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Sample was purified by size exclusion chromatography and concentrated in an Amicon spin concentrator. | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 99 % / 凍結前の試料温度: 294 K 詳細: 3 microliter droplet, 4 second delay before blotting, 6 second blot, 0 second delay before plunging. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 750 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1.5 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: Patch CTF estimation (multi) from cryoSPARC. / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 6.56 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 128507 / 対称性のタイプ: POINT |