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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8btk | |||||||||
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タイトル | Structure of the TRAP complex with the Sec translocon and a translating ribosome | |||||||||
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![]() | TRANSLOCASE / ER targeting / protein translocation / ER protein biogenesis | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / membrane docking / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / endoplasmic reticulum Sec complex / pronephric nephron development / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) ...Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / membrane docking / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / endoplasmic reticulum Sec complex / pronephric nephron development / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / cotranslational protein targeting to membrane / Ssh1 translocon complex / Sec61 translocon complex / protein targeting to ER / protein-transporting ATPase activity / protein insertion into ER membrane / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / signal sequence binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / post-translational protein targeting to membrane, translocation / negative regulation of RNA splicing / regulation of G1 to G0 transition / laminin receptor activity / exit from mitosis / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / regulation of translation involved in cellular response to UV / protein-DNA complex disassembly / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / optic nerve development / retinal ganglion cell axon guidance / mammalian oogenesis stage / G1 to G0 transition / activation-induced cell death of T cells / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / phagocytic cup / ubiquitin ligase inhibitor activity / protein transmembrane transporter activity / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / TOR signaling / T cell proliferation involved in immune response / protein-RNA complex assembly / erythrocyte development / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / translation regulator activity / cellular response to actinomycin D / ribosomal small subunit export from nucleus / cytosolic ribosome / laminin binding / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rough endoplasmic reticulum / gastrulation / MDM2/MDM4 family protein binding / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / 90S preribosome / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / rescue of stalled ribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / guanyl-nucleotide exchange factor activity / ribosomal large subunit biogenesis / positive regulation of apoptotic signaling pathway / cellular response to leukemia inhibitory factor / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / positive regulation of translation / protein kinase C binding / positive regulation of protein-containing complex assembly / placenta development / cellular response to gamma radiation / phospholipid binding / transcription coactivator binding / mRNA 5'-UTR binding / modification-dependent protein catabolic process / spindle / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / G1/S transition of mitotic cell cycle / rRNA processing / protein tag activity / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / rhythmic process / ribosome biogenesis / ribosome binding / retina development in camera-type eye / glucose homeostasis / regulation of translation / virus receptor activity / heparin binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cell body / T cell differentiation in thymus / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / perikaryon 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
![]() | Jaskolowski, M. / Jomaa, A. / Gamerdinger, M. / Shrestha, S. / Leibundgut, M. / Deuerling, E. / Ban, N. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Molecular basis of the TRAP complex function in ER protein biogenesis. 著者: Mateusz Jaskolowski / Ahmad Jomaa / Martin Gamerdinger / Sandeep Shrestha / Marc Leibundgut / Elke Deuerling / Nenad Ban / ![]() ![]() ![]() 要旨: The translocon-associated protein (TRAP) complex resides in the endoplasmic reticulum (ER) membrane and interacts with the Sec translocon and the ribosome to facilitate biogenesis of secretory and ...The translocon-associated protein (TRAP) complex resides in the endoplasmic reticulum (ER) membrane and interacts with the Sec translocon and the ribosome to facilitate biogenesis of secretory and membrane proteins. TRAP plays a key role in the secretion of many hormones, including insulin. Here we reveal the molecular architecture of the mammalian TRAP complex and how it engages the translating ribosome associated with Sec61 translocon on the ER membrane. The TRAP complex is anchored to the ribosome via a long tether and its position is further stabilized by a finger-like loop. This positions a cradle-like lumenal domain of TRAP below the translocon for interactions with translocated nascent chains. Our structure-guided TRAP mutations in Caenorhabditis elegans lead to growth deficits associated with increased ER stress and defects in protein hormone secretion. These findings elucidate the molecular basis of the TRAP complex in the biogenesis and translocation of proteins at the ER. | |||||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 16232MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-RNA鎖 , 6種, 6分子 B5B7B8A2AHAT
#1: RNA鎖 | 分子量: 1557519.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 38691.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#3: RNA鎖 | 分子量: 50809.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#52: RNA鎖 | 分子量: 603928.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#60: RNA鎖 | 分子量: 1200.778 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#61: RNA鎖 | 分子量: 24106.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-60S ribosomal protein ... , 19種, 19分子 BABCBEBGBHBOBRBSBTBUBZBaBbBfBgBhBiBrAz
#4: タンパク質 | 分子量: 28103.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#6: タンパク質 | 分子量: 46430.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#8: タンパク質 | 分子量: 33028.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#10: タンパク質 | 分子量: 30061.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#11: タンパク質 | 分子量: 21871.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#18: タンパク質 | 分子量: 23533.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#21: タンパク質 | 分子量: 23535.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#22: タンパク質 | 分子量: 20749.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#23: タンパク質 | 分子量: 18609.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#24: タンパク質 | 分子量: 14756.909 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#29: タンパク質 | 分子量: 15835.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#30: タンパク質 | 分子量: 16635.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#31: タンパク質 | 分子量: 26721.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#35: タンパク質 | 分子量: 12580.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#36: タンパク質 | 分子量: 13326.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#37: タンパク質 | 分子量: 14566.599 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#38: タンパク質 | 分子量: 12263.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#45: タンパク質 | 分子量: 15844.696 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#88: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-Ribosomal protein ... , 18種, 18分子 BBBIBJBMBNBVBWBYBdBjBtBvABACAeAiAjAv
#5: タンパク質 | 分子量: 46120.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#12: タンパク質 | 分子量: 24643.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#13: タンパク質 | 分子量: 20288.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#16: タンパク質 | 分子量: 23870.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#17: タンパク質 | 分子量: 24207.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#25: タンパク質 | 分子量: 14892.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#26: タンパク質 | 分子量: 17825.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#28: タンパク質 | 分子量: 17303.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#33: タンパク質 | 分子量: 14494.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#39: タンパク質 | 分子量: 11111.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#47: タンパク質 | 分子量: 17847.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#48: タンパク質 | 分子量: 24875.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#54: タンパク質 | 分子量: 7855.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#55: タンパク質 | 分子量: 18004.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#67: タンパク質 | 分子量: 22913.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#71: タンパク質 | 分子量: 22641.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#72: タンパク質 | 分子量: 18933.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#84: タンパク質 | 分子量: 14865.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
+タンパク質 , 21種, 21分子 BDBFBLBPBQBXBcBeBkBlBmBoBpBsAEAFAGAbAmApTC
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 BK
#14: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2486.056 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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-Protein transport protein Sec61 subunit ... , 3種, 3分子 SXSYSZ
#49: タンパク質 | 分子量: 52279.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#50: タンパク質 | 分子量: 7752.325 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#51: タンパク質 | 分子量: 9987.456 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
+40S ribosomal protein ... , 21種, 21分子 AAADAZAaAcAdAfAgAhAkAlAnAoAqArAsAtAuAwAxAy
-Translocon-associated protein subunit ... , 3種, 3分子 TATBTD
#89: タンパク質 | 分子量: 32002.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#90: タンパク質 | 分子量: 20120.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#92: タンパク質 | 分子量: 18959.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-非ポリマー , 6種, 793分子 ![](data/chem/img/SPD.gif)
![](data/chem/img/SPM.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GTP.gif)
![](data/chem/img/AAC.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/SPM.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GTP.gif)
![](data/chem/img/AAC.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
#93: 化合物 | ChemComp-SPD / #94: 化合物 | #95: 化合物 | ChemComp-MG / #96: 化合物 | ChemComp-GTP / | #97: 化合物 | ChemComp-AAC / | #98: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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分子量 |
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由来(天然) |
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緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: 15 mA for 15 seconds in Pelco EasyGlow system / グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K 詳細: 3.5 uL of sample was incubated on the grid for 60 seconds at 4*C and 100% humidity before being blotted and plunged into liquid ethane/propane mix cooled to liquid nitrogen temperature |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 22643 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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