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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8brm | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Giardia ribosome in POST-T state, no E-site tRNA (A6) | ||||||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / Translation / Giardia / Eukaryote / Eukaryotic / Macromolecule / tRNA | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / modification-dependent protein catabolic process / rRNA processing ...endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / modification-dependent protein catabolic process / rRNA processing / protein tag activity / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.33 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Majumdar, S. / Emmerich, A.G. / Sanyal, S. | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | スウェーデン, 米国, 7件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023 タイトル: Insights into translocation mechanism and ribosome evolution from cryo-EM structures of translocation intermediates of Giardia intestinalis. 著者: Soneya Majumdar / Andrew Emmerich / Sascha Krakovka / Chandra Sekhar Mandava / Staffan G Svärd / Suparna Sanyal / 要旨: Giardia intestinalis is a protozoan parasite that causes diarrhea in humans. Using single-particle cryo-electron microscopy, we have determined high-resolution structures of six naturally populated ...Giardia intestinalis is a protozoan parasite that causes diarrhea in humans. Using single-particle cryo-electron microscopy, we have determined high-resolution structures of six naturally populated translocation intermediates, from ribosomes isolated directly from actively growing Giardia cells. The highly compact and uniquely GC-rich Giardia ribosomes possess eukaryotic rRNAs and ribosomal proteins, but retain some bacterial features. The translocation intermediates, with naturally bound tRNAs and eukaryotic elongation factor 2 (eEF2), display characteristic ribosomal intersubunit rotation and small subunit's head swiveling-universal for translocation. In addition, we observe the eukaryote-specific 'subunit rolling' dynamics, albeit with limited features. Finally, the eEF2·GDP state features a uniquely positioned 'leaving phosphate (Pi)' that proposes hitherto unknown molecular events of Pi and eEF2 release from the ribosome at the final stage of translocation. In summary, our study elucidates the mechanism of translocation in the protists and illustrates evolution of the translation machinery from bacteria to eukaryotes from both the structural and mechanistic perspectives. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8brm.cif.gz | 3.8 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8brm.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8brm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8brm_validation.pdf.gz | 2.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8brm_full_validation.pdf.gz | 2.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8brm_validation.xml.gz | 288.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8brm_validation.cif.gz | 501 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/8brm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/8brm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 16222MC 8br8C 8bsiC 8bsjC 8btdC 8btrC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
+Ribosomal protein ... , 70種, 70分子 LALBLCLFLGLHLILJLKLLLMLNLOLPLQLRLSLTLULVLWLXLYLZLaLbLcLdLeLf...
-RNA鎖 , 4種, 4分子 LDLELtSt
#4: RNA鎖 | 分子量: 46196.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし) |
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#5: RNA鎖 | 分子量: 38993.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし) |
#44: RNA鎖 | 分子量: 874762.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし) |
#75: RNA鎖 | 分子量: 471227.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし) |
-タンパク質 , 1種, 1分子 Ls
#43: タンパク質 | 分子量: 14343.675 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし) 参照: UniProt: A8BXE1 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Giardia ribosome in POST-T state, no E-site tRNA (A6) タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 1900 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 700 nm |
撮影 | 電子線照射量: 30 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 383193 |
3次元再構成 | 解像度: 3.33 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 17963 / 対称性のタイプ: POINT |