+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bpo | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of rabbit 80S ribosome translating beta-tubulin in complex with tetratricopeptide protein 5 (TTC5) and S-phase Cyclin A Associated Protein residing in the ER (SCAPER) | ||||||||||||||||||||||||
![]() |
| ||||||||||||||||||||||||
![]() | RIBOSOME / tubulin auto-regulation mRNA decay translation SCAPER | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() ooplasm / odontoblast differentiation / positive regulation of mRNA catabolic process / sperm head / cytoskeleton-dependent intracellular transport / GTPase activating protein binding / regulation of G1 to G0 transition / exit from mitosis / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / regulation of translation involved in cellular response to UV ...ooplasm / odontoblast differentiation / positive regulation of mRNA catabolic process / sperm head / cytoskeleton-dependent intracellular transport / GTPase activating protein binding / regulation of G1 to G0 transition / exit from mitosis / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / regulation of translation involved in cellular response to UV / natural killer cell mediated cytotoxicity / protein-DNA complex disassembly / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / optic nerve development / antral ovarian follicle growth / retinal ganglion cell axon guidance / G1 to G0 transition / intercellular bridge / regulation of synapse organization / nuclear envelope lumen / seminiferous tubule development / MHC class I protein binding / microtubule-based process / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / ubiquitin ligase inhibitor activity / protein-RNA complex assembly / spindle assembly / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / cellular response to actinomycin D / rough endoplasmic reticulum / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / cellular response to starvation / AURKA Activation by TPX2 / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / positive regulation of translation / Regulation of TP53 Activity through Methylation / structural constituent of cytoskeleton / cellular response to gamma radiation / mitotic spindle / transcription coactivator binding / mRNA 5'-UTR binding / microtubule cytoskeleton organization / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / rRNA processing / microtubule cytoskeleton / azurophil granule lumen / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / ribosome biogenesis / ribosome binding / retina development in camera-type eye / regulation of translation / mitotic cell cycle / cell body / 5S rRNA binding / cytoplasmic vesicle / large ribosomal subunit rRNA binding / spermatogenesis / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / microtubule / cytosolic large ribosomal subunit / Potential therapeutics for SARS / nucleic acid binding / cytoplasmic translation / tRNA binding / postsynaptic density / cytoskeleton / protein stabilization / rRNA binding / ribosome / nuclear speck / structural constituent of ribosome / mitochondrial matrix / ribonucleoprotein complex / translation / membrane raft / protein domain specific binding / cell division / DNA repair / GTPase activity / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / synapse / DNA damage response / chromatin binding / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / protein-containing complex binding / nucleolus / GTP binding / structural molecule activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | ||||||||||||||||||||||||
![]() | Hopfler, M. / Absmeier, E. / Passmore, L.A. / Hegde, R.S. | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]() ![]() ![]()
| ||||||||||||||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Mechanism of ribosome-associated mRNA degradation during tubulin autoregulation. 著者: Markus Höpfler / Eva Absmeier / Sew-Yeu Peak-Chew / Evangelia Vartholomaiou / Lori A Passmore / Ivana Gasic / Ramanujan S Hegde / ![]() ![]() 要旨: Microtubules play crucial roles in cellular architecture, intracellular transport, and mitosis. The availability of free tubulin subunits affects polymerization dynamics and microtubule function. ...Microtubules play crucial roles in cellular architecture, intracellular transport, and mitosis. The availability of free tubulin subunits affects polymerization dynamics and microtubule function. When cells sense excess free tubulin, they trigger degradation of the encoding mRNAs, which requires recognition of the nascent polypeptide by the tubulin-specific ribosome-binding factor TTC5. How TTC5 initiates the decay of tubulin mRNAs is unknown. Here, our biochemical and structural analysis reveals that TTC5 recruits the poorly studied protein SCAPER to the ribosome. SCAPER, in turn, engages the CCR4-NOT deadenylase complex through its CNOT11 subunit to trigger tubulin mRNA decay. SCAPER mutants that cause intellectual disability and retinitis pigmentosa in humans are impaired in CCR4-NOT recruitment, tubulin mRNA degradation, and microtubule-dependent chromosome segregation. Our findings demonstrate how recognition of a nascent polypeptide on the ribosome is physically linked to mRNA decay factors via a relay of protein-protein interactions, providing a paradigm for specificity in cytoplasmic gene regulation. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 3.5 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 16155MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
-RNA鎖 , 3種, 3分子 A1B1C1
#1: RNA鎖 | 分子量: 1418701.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
---|---|
#2: RNA鎖 | 分子量: 38691.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#3: RNA鎖 | 分子量: 50143.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 D1
#4: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2526.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
---|
+60S ribosomal protein ... , 32種, 32分子 A2C2E2F2G2H2J2K2L2N2O2Q2R2S2T2U2Y2Z2a2b2c2e2f2g2h2j2k2m2n2o2p2r2
-Ribosomal protein ... , 8種, 8分子 B2I2M2P2V2X2d2i2
#6: タンパク質 | 分子量: 46107.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
---|---|
#13: タンパク質 | 分子量: 24643.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#17: タンパク質 | 分子量: 24207.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#20: タンパク質 | 分子量: 21568.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#26: タンパク質 | 分子量: 17825.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#28: タンパク質 | 分子量: 17303.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#34: タンパク質 | 分子量: 15898.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#39: タンパク質 | 分子量: 11111.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-タンパク質 , 7種, 7分子 D2W2l2q2s2t2u2
#8: タンパク質 | 分子量: 34481.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
---|---|
#27: タンパク質 | 分子量: 17768.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#42: タンパク質 | 分子量: 11699.790 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#47: タンパク質 | 分子量: 34380.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#49: タンパク質 | 分子量: 159795.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: First 11 N-terminal residues correspond to a FLAG-tag 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#50: タンパク質 | 分子量: 54176.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The first 49 N-terminal residues correspond to a 6x His and a twin strep tag. 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
#51: タンパク質 | 分子量: 7163.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
-非ポリマー , 2種, 219分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
#52: 化合物 | ChemComp-MG / #53: 化合物 | ChemComp-ZN / |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-
試料調製
構成要素 | 名称: rabbit 80S ribosome translating beta-tubulin in complex with tetratricopeptide protein 5 (TTC5) and S-phase Cyclin A Associated Protein residing in the ER (SCAPER) タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#51 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
---|---|
分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2700 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1.8 sec. / 電子線照射量: 44.7 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 20932 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1227269 | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 18949 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.79 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|