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- PDB-8bpo: Structure of rabbit 80S ribosome translating beta-tubulin in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bpo
タイトルStructure of rabbit 80S ribosome translating beta-tubulin in complex with tetratricopeptide protein 5 (TTC5) and S-phase Cyclin A Associated Protein residing in the ER (SCAPER)
要素
  • (60S ribosomal protein ...) x 32
  • (Ribosomal protein ...) x 8
  • 28S ribosomal RNA
  • 5.8S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
  • 60S acidic ribosomal protein P0
  • Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha N-terminal region
  • Ribosomal_L18_c domain-containing protein
  • Ribosomal_L23eN domain-containing protein
  • S phase cyclin A-associated protein in the endoplasmic reticulum
  • Tetratricopeptide repeat protein 5
  • Tubulin beta chain
  • Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
キーワードRIBOSOME / tubulin auto-regulation mRNA decay translation SCAPER
機能・相同性
機能・相同性情報


ooplasm / odontoblast differentiation / positive regulation of mRNA catabolic process / sperm head / cytoskeleton-dependent intracellular transport / GTPase activating protein binding / regulation of G1 to G0 transition / exit from mitosis / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / regulation of translation involved in cellular response to UV ...ooplasm / odontoblast differentiation / positive regulation of mRNA catabolic process / sperm head / cytoskeleton-dependent intracellular transport / GTPase activating protein binding / regulation of G1 to G0 transition / exit from mitosis / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / regulation of translation involved in cellular response to UV / natural killer cell mediated cytotoxicity / protein-DNA complex disassembly / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / optic nerve development / antral ovarian follicle growth / retinal ganglion cell axon guidance / G1 to G0 transition / intercellular bridge / regulation of synapse organization / nuclear envelope lumen / seminiferous tubule development / MHC class I protein binding / microtubule-based process / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / ubiquitin ligase inhibitor activity / protein-RNA complex assembly / spindle assembly / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / cellular response to actinomycin D / rough endoplasmic reticulum / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / cellular response to starvation / AURKA Activation by TPX2 / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / positive regulation of translation / Regulation of TP53 Activity through Methylation / structural constituent of cytoskeleton / cellular response to gamma radiation / mitotic spindle / transcription coactivator binding / mRNA 5'-UTR binding / microtubule cytoskeleton organization / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / rRNA processing / microtubule cytoskeleton / azurophil granule lumen / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / ribosome biogenesis / ribosome binding / retina development in camera-type eye / regulation of translation / mitotic cell cycle / cell body / 5S rRNA binding / cytoplasmic vesicle / large ribosomal subunit rRNA binding / spermatogenesis / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / microtubule / cytosolic large ribosomal subunit / Potential therapeutics for SARS / nucleic acid binding / cytoplasmic translation / tRNA binding / postsynaptic density / cytoskeleton / protein stabilization / rRNA binding / ribosome / nuclear speck / structural constituent of ribosome / mitochondrial matrix / ribonucleoprotein complex / translation / membrane raft / protein domain specific binding / cell division / DNA repair / GTPase activity / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / synapse / DNA damage response / chromatin binding / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / protein-containing complex binding / nucleolus / GTP binding / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
S phase cyclin A-associated protein in the endoplasmic reticulum, N-terminal / S phase cyclin A-associated protein in the endoplasmic reticulum / Tetratricopeptide repeat protein 5, OB fold domain / TTC5, OB fold domain superfamily / Tetratricopeptide repeat protein 5 OB fold domain / Zinc-finger of C2H2 type / 60s Acidic ribosomal protein / Matrin/U1-C-like, C2H2-type zinc finger / U1-like zinc finger / 60S acidic ribosomal protein P0 ...S phase cyclin A-associated protein in the endoplasmic reticulum, N-terminal / S phase cyclin A-associated protein in the endoplasmic reticulum / Tetratricopeptide repeat protein 5, OB fold domain / TTC5, OB fold domain superfamily / Tetratricopeptide repeat protein 5 OB fold domain / Zinc-finger of C2H2 type / 60s Acidic ribosomal protein / Matrin/U1-C-like, C2H2-type zinc finger / U1-like zinc finger / 60S acidic ribosomal protein P0 / : / Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L28e / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / : / Ribosomal protein L23 / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / metallochaperone-like domain / TRASH domain / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / : / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein L30e signature 2. / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L34e / Ribosomal protein L35Ae, conserved site / Ribosomal protein L35Ae signature. / Ribosomal protein L30/YlxQ / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein L7A/L8 / Ribosomal protein L6e / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / TPR repeat region circular profile. / 60S ribosomal protein L6E / Beta tubulin, autoregulation binding site / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal L37ae protein family / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain / Ribosomal protein L31e, conserved site / Ribosomal protein L31e signature. / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L36e domain superfamily / Ribosomal protein L36e / Beta tubulin / Ribosomal protein L39e / Ribosomal protein L14e domain / Ribosomal protein L39e domain superfamily / Ribosomal L39 protein / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L35A / Ribosomal protein L5 eukaryotic/L18 archaeal / Ribosomal protein L35Ae / Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18 / Ribosomal protein L35A superfamily / Ribosomal protein L32e, conserved site / Ribosomal protein L32e signature. / Ribosomal protein L6, conserved site-2 / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L6 signature 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein eS32 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein eL24 ...: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein eS32 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL33 / Large ribosomal subunit protein eL29 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein eL6 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein eL43 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein eL14 / Large ribosomal subunit protein eL15 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein eL13 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein eL36 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein eL27 / Large ribosomal subunit protein eL38 / Large ribosomal subunit protein eL42 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein eL28 / Large ribosomal subunit protein eL34 / Tubulin beta chain / Tetratricopeptide repeat protein 5 / S phase cyclin A-associated protein in the endoplasmic reticulum / Large ribosomal subunit protein eL37
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Hopfler, M. / Absmeier, E. / Passmore, L.A. / Hegde, R.S.
資金援助 英国, European Union, ドイツ, スイス, 米国, 7件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_A022_1007 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_U105192715 英国
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF 116-2020European Union
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission101029853European Union
German Research Foundation (DFG)429892960 ドイツ
Swiss National Science FoundationPCEFP3_194312 スイス
Damon Runyon Cancer Research FoundationDRG:2279-16 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023
タイトル: Mechanism of ribosome-associated mRNA degradation during tubulin autoregulation.
著者: Markus Höpfler / Eva Absmeier / Sew-Yeu Peak-Chew / Evangelia Vartholomaiou / Lori A Passmore / Ivana Gasic / Ramanujan S Hegde /
要旨: Microtubules play crucial roles in cellular architecture, intracellular transport, and mitosis. The availability of free tubulin subunits affects polymerization dynamics and microtubule function. ...Microtubules play crucial roles in cellular architecture, intracellular transport, and mitosis. The availability of free tubulin subunits affects polymerization dynamics and microtubule function. When cells sense excess free tubulin, they trigger degradation of the encoding mRNAs, which requires recognition of the nascent polypeptide by the tubulin-specific ribosome-binding factor TTC5. How TTC5 initiates the decay of tubulin mRNAs is unknown. Here, our biochemical and structural analysis reveals that TTC5 recruits the poorly studied protein SCAPER to the ribosome. SCAPER, in turn, engages the CCR4-NOT deadenylase complex through its CNOT11 subunit to trigger tubulin mRNA decay. SCAPER mutants that cause intellectual disability and retinitis pigmentosa in humans are impaired in CCR4-NOT recruitment, tubulin mRNA degradation, and microtubule-dependent chromosome segregation. Our findings demonstrate how recognition of a nascent polypeptide on the ribosome is physically linked to mRNA decay factors via a relay of protein-protein interactions, providing a paradigm for specificity in cytoplasmic gene regulation.
履歴
登録2022年11月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A1: 28S ribosomal RNA
B1: 5S ribosomal RNA
C1: 5.8S ribosomal RNA
D1: Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha N-terminal region
A2: 60S ribosomal protein L8
B2: Ribosomal protein L3
C2: 60S ribosomal protein L4
D2: Ribosomal_L18_c domain-containing protein
E2: 60S ribosomal protein L6
F2: 60S ribosomal protein L7
G2: 60S ribosomal protein L7a
H2: 60S ribosomal protein L9
I2: Ribosomal protein L10
J2: 60S ribosomal protein L11
K2: 60S ribosomal protein L13
L2: 60S ribosomal protein L14
M2: Ribosomal protein L15
N2: 60S ribosomal protein L13a
O2: 60S ribosomal protein L17
P2: Ribosomal protein L18
Q2: 60S ribosomal protein L19
R2: 60S ribosomal protein L18a
S2: 60S ribosomal protein L21
T2: 60S ribosomal protein L22
U2: 60S ribosomal protein L23
V2: Ribosomal protein L24
W2: Ribosomal_L23eN domain-containing protein
X2: Ribosomal protein L26
Y2: 60S ribosomal protein L27
Z2: 60S ribosomal protein L27a
a2: 60S ribosomal protein L29
b2: 60S ribosomal protein L30
c2: 60S ribosomal protein L31
d2: Ribosomal protein L32
e2: 60S ribosomal protein L35a
f2: 60S ribosomal protein L34
g2: 60S ribosomal protein L35
h2: 60S ribosomal protein L36
i2: Ribosomal protein L37
j2: 60S ribosomal protein L38
k2: 60S ribosomal protein L39-like
l2: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
m2: 60S ribosomal protein L41
n2: 60S ribosomal protein L36a-like
o2: 60S ribosomal protein L37a
p2: 60S ribosomal protein L28
q2: 60S acidic ribosomal protein P0
r2: 60S ribosomal protein L12
s2: S phase cyclin A-associated protein in the endoplasmic reticulum
t2: Tetratricopeptide repeat protein 5
u2: Tubulin beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,627,752270
ポリマ－2,622,22451
非ポリマー5,528219
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 A1B1C1

#1: RNA鎖 28S ribosomal RNA


分子量: 1418701.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#2: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 38691.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: GenBank: 4CXE_4
#3: RNA鎖 5.8S ribosomal RNA


分子量: 50143.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: GenBank: 4CXE_3

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 D1

#4: タンパク質・ペプチド Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha N-terminal region


分子量: 2526.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

+
60S ribosomal protein ... , 32種, 32分子 A2C2E2F2G2H2J2K2L2N2O2Q2R2S2T2U2Y2Z2a2b2c2e2f2g2h2j2k2m2n2o2p2r2

#5: タンパク質 60S ribosomal protein L8


分子量: 28088.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#7: タンパク質 60S ribosomal protein L4 / uL4


分子量: 47727.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A5F9C3C5
#9: タンパク質 60S ribosomal protein L6


分子量: 33028.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SKF7
#10: タンパク質 60S ribosomal protein L7


分子量: 29201.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#11: タンパク質 60S ribosomal protein L7a / eL8


分子量: 36221.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1STW0
#12: タンパク質 60S ribosomal protein L9 / uL6


分子量: 21871.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SWI6
#14: タンパク質 60S ribosomal protein L11


分子量: 20288.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TUB8
#15: タンパク質 60S ribosomal protein L13 / eL13


分子量: 24331.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TKB3
#16: タンパク質 60S ribosomal protein L14


分子量: 23870.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SZ12
#18: タンパク質 60S ribosomal protein L13a


分子量: 23533.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#19: タンパク質 60S ribosomal protein L17


分子量: 21444.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#21: タンパク質 60S ribosomal protein L19


分子量: 23535.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#22: タンパク質 60S ribosomal protein L18a


分子量: 20827.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#23: タンパク質 60S ribosomal protein L21 / eL21


分子量: 18609.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SHQ2
#24: タンパク質 60S ribosomal protein L22


分子量: 14813.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#25: タンパク質 60S ribosomal protein L23


分子量: 14892.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T6D1
#29: タンパク質 60S ribosomal protein L27


分子量: 15835.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TXF6
#30: タンパク質 60S ribosomal protein L27a / uL15


分子量: 16620.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SNY0
#31: タンパク質 60S ribosomal protein L29 / eL29


分子量: 24931.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SGR6
#32: タンパク質 60S ribosomal protein L30 / eL30


分子量: 12807.065 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TDL2
#33: タンパク質 60S ribosomal protein L31 / eL31


分子量: 14494.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SHG0
#35: タンパク質 60S ribosomal protein L35a / eL33


分子量: 12580.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SF08
#36: タンパク質 60S ribosomal protein L34 / eL34


分子量: 13196.894 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U945
#37: タンパク質 60S ribosomal protein L35 / uL29


分子量: 14435.403 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SIT5
#38: タンパク質 60S ribosomal protein L36


分子量: 12263.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TTQ5
#40: タンパク質 60S ribosomal protein L38 / eL38


分子量: 8238.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U001
#41: タンパク質 60S ribosomal protein L39-like / eL39


分子量: 6455.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TTN1
#43: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L41 / eL41


分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A087WNH4
#44: タンパク質 60S ribosomal protein L36a-like / eL42


分子量: 12476.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U344
#45: タンパク質 60S ribosomal protein L37a / eL43


分子量: 10299.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SY53
#46: タンパク質 60S ribosomal protein L28 / eL28


分子量: 15783.614 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U7L1
#48: タンパク質 60S ribosomal protein L12


分子量: 17847.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SMR7

-
Ribosomal protein ... , 8種, 8分子 B2I2M2P2V2X2d2i2

#6: タンパク質 Ribosomal protein L3 / uL3


分子量: 46107.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TL06
#13: タンパク質 Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L10 (Predicted)


分子量: 24643.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: B7NZQ2
#17: タンパク質 Ribosomal protein L15


分子量: 24207.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T0C1
#20: タンパク質 Ribosomal protein L18


分子量: 21568.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#26: タンパク質 Ribosomal protein L24 / eL24


分子量: 17825.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SE28
#28: タンパク質 Ribosomal protein L26


分子量: 17303.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SQH0
#34: タンパク質 Ribosomal protein L32 / eL32


分子量: 15898.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U437
#39: タンパク質 Ribosomal protein L37


分子量: 11111.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: U3KPD5

-
タンパク質 , 7種, 7分子 D2W2l2q2s2t2u2

#8: タンパク質 Ribosomal_L18_c domain-containing protein / 60S ribosomal protein L5


分子量: 34481.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SYJ6
#27: タンパク質 Ribosomal_L23eN domain-containing protein / uL23


分子量: 17768.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SE76
#42: タンパク質 Ubiquitin-60S ribosomal protein L40


分子量: 11699.790 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#47: タンパク質 60S acidic ribosomal protein P0 / uL10


分子量: 34380.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SPK4
#49: タンパク質 S phase cyclin A-associated protein in the endoplasmic reticulum / S phase cyclin A-associated protein in the ER / Zinc finger protein 291 / SCAPER


分子量: 159795.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: First 11 N-terminal residues correspond to a FLAG-tag
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SCAPER, KIAA1454, ZNF291, MSTP063 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BY12
#50: タンパク質 Tetratricopeptide repeat protein 5 / TPR repeat protein 5 / Stress-responsive activator of p300 / Protein Strap / TTC5


分子量: 54176.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The first 49 N-terminal residues correspond to a 6x His and a twin strep tag.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTC5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8N0Z6
#51: タンパク質 Tubulin beta chain / Tubulin beta-5 chain


分子量: 7163.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TUBB, TUBB5, OK/SW-cl.56 / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P07437

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非ポリマー , 2種, 219分子

#52: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#53: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: rabbit 80S ribosome translating beta-tubulin in complex with tetratricopeptide protein 5 (TTC5) and S-phase Cyclin A Associated Protein residing in the ER (SCAPER)
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#51 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1.8 sec. / 電子線照射量: 44.7 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 20932

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refinedev_4620精密化
PHENIXdev_4620精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION4粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFINDCTF補正
10RELION4初期オイラー角割当
11RELION4最終オイラー角割当
12RELION4分類
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1227269
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 18949 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 37.79 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.004153880
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.819226179
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.70954278
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04428142
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00714420

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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