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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bja | ||||||
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タイトル | Structure of the human UBR5 Dimer. | ||||||
要素 | E3 ubiquitin-protein ligase UBR5 | ||||||
キーワード | LIGASE / UBR5 / E3 Ligase / nuclear / Degradation / Ubiquitin | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 heterochromatin boundary formation / cytoplasm protein quality control by the ubiquitin-proteasome system / protein K29-linked ubiquitination / protein branched polyubiquitination / nuclear protein quality control by the ubiquitin-proteasome system / HECT-type E3 ubiquitin transferase / cytoplasm protein quality control / protein K11-linked ubiquitination / DNA repair-dependent chromatin remodeling / ubiquitin-ubiquitin ligase activity ...heterochromatin boundary formation / cytoplasm protein quality control by the ubiquitin-proteasome system / protein K29-linked ubiquitination / protein branched polyubiquitination / nuclear protein quality control by the ubiquitin-proteasome system / HECT-type E3 ubiquitin transferase / cytoplasm protein quality control / protein K11-linked ubiquitination / DNA repair-dependent chromatin remodeling / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / protein K48-linked ubiquitination / progesterone receptor signaling pathway / negative regulation of smoothened signaling pathway / ubiquitin binding / positive regulation of protein import into nucleus / protein polyubiquitination / ubiquitin protein ligase activity / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / DNA repair / DNA damage response / positive regulation of gene expression / chromatin / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Hodakova, Z. / Grishkovskaya, I. / Haselbach, D. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2023 タイトル: Cryo-EM structure of the chain-elongating E3 ubiquitin ligase UBR5. 著者: Zuzana Hodáková / Irina Grishkovskaya / Hanna L Brunner / Derek L Bolhuis / Katarina Belačić / Alexander Schleiffer / Harald Kotisch / Nicholas G Brown / David Haselbach / 要旨: UBR5 is a nuclear E3 ligase that ubiquitinates a vast range of substrates for proteasomal degradation. This HECT domain-containing ubiquitin ligase has recently been identified as an important ...UBR5 is a nuclear E3 ligase that ubiquitinates a vast range of substrates for proteasomal degradation. This HECT domain-containing ubiquitin ligase has recently been identified as an important regulator of oncogenes, e.g., MYC, but little is known about its structure or mechanisms of substrate engagement and ubiquitination. Here, we present the cryo-EM structure of human UBR5, revealing an α-solenoid scaffold with numerous protein-protein interacting motifs, assembled into an antiparallel dimer that adopts further oligomeric states. Using cryo-EM processing tools, we observe the dynamic nature of the UBR5 catalytic domain, which we postulate is important for its enzymatic activity. We characterise the proteasomal nuclear import factor AKIRIN2 as an interacting protein and propose UBR5 as an efficient ubiquitin chain elongator. This preference for ubiquitinated substrates and several distinct domains for protein-protein interactions may explain how UBR5 is linked to several different signalling pathways and cancers. Together, our data expand on the limited knowledge of the structure and function of HECT E3 ligases. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8bja.cif.gz | 664 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8bja.ent.gz | 515.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8bja.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8bja_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8bja_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8bja_validation.xml.gz | 90.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8bja_validation.cif.gz | 136.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/8bja ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/8bja | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 16087MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 312810.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBR5, EDD, EDD1, HYD, KIAA0896 / Cell (発現宿主): HEK 293T / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95071, HECT-type E3 ubiquitin transferase #2: 化合物 | ChemComp-ZN / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: UBR5 / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / 詳細: Homodimer / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 310 kDa/nm / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK 293T |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: YES / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil |
EM embedding | 詳細: Sample vitrified using a final concentration of 4mM CHAPSO or 0.005% fluorinated octyl beta-maltoside Material: CHAPSO, fOG |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 288287 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 104 / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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