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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bf9 | |||||||||
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タイトル | Molecular view of ER membrane remodeling by the Sec61/TRAP translocon. | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN / Membrane protein / protein translocation / protein biogenesis. | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Ssh1 translocon complex / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / post-translational protein targeting to membrane, translocation / protein transmembrane transporter activity / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / ribosomal large subunit assembly / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / rRNA binding ...Ssh1 translocon complex / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / post-translational protein targeting to membrane, translocation / protein transmembrane transporter activity / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / ribosomal large subunit assembly / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / endoplasmic reticulum membrane / RNA binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Ovis aries (ヒツジ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.69 Å | |||||||||
データ登録者 | Karki, S. / Javanainen, M. / Tranter, D. / Rehan, S. / Huiskonen, J. / Happonen, L. / Paavilainen, V. | |||||||||
資金援助 | フィンランド, 2件
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引用 | ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2023 タイトル: Molecular view of ER membrane remodeling by the Sec61/TRAP translocon. 著者: Sudeep Karki / Matti Javanainen / Shahid Rehan / Dale Tranter / Juho Kellosalo / Juha T Huiskonen / Lotta Happonen / Ville Paavilainen / 要旨: Protein translocation across the endoplasmic reticulum (ER) membrane is an essential step during protein entry into the secretory pathway. The conserved Sec61 protein-conducting channel facilitates ...Protein translocation across the endoplasmic reticulum (ER) membrane is an essential step during protein entry into the secretory pathway. The conserved Sec61 protein-conducting channel facilitates polypeptide translocation and coordinates cotranslational polypeptide-processing events. In cells, the majority of Sec61 is stably associated with a heterotetrameric membrane protein complex, the translocon-associated protein complex (TRAP), yet the mechanism by which TRAP assists in polypeptide translocation remains unknown. Here, we present the structure of the core Sec61/TRAP complex bound to a mammalian ribosome by cryogenic electron microscopy (cryo-EM). Ribosome interactions anchor the Sec61/TRAP complex in a conformation that renders the ER membrane locally thinner by significantly curving its lumenal leaflet. We propose that TRAP stabilizes the ribosome exit tunnel to assist nascent polypeptide insertion through Sec61 and provides a ratcheting mechanism into the ER lumen mediated by direct polypeptide interactions. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8bf9.cif.gz | 1.4 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8bf9.ent.gz | 1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8bf9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8bf9_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8bf9_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8bf9_validation.xml.gz | 97.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8bf9_validation.cif.gz | 165.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bf/8bf9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bf/8bf9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 16017MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 2種, 2分子 58
#1: RNA鎖 | 分子量: 1186579.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 50143.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) |
-Translocon-associated protein subunit ... , 4種, 4分子 ABDG
#3: タンパク質 | 分子量: 39381.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) |
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#4: タンパク質 | 分子量: 20478.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5P572 |
#5: タンパク質 | 分子量: 18901.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5P940 |
#6: タンパク質 | 分子量: 21100.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5NYA9 |
-Large ribosomal subunit protein ... , 4種, 4分子 Pdhk
#7: タンパク質 | 分子量: 21414.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5Q9T9 |
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#14: タンパク質 | 分子量: 14494.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5PUU0 |
#16: タンパク質 | 分子量: 14591.649 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: A0A6P3TAC5 |
#18: タンパク質 | 分子量: 8238.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) |
-Ribosomal protein ... , 3種, 3分子 RXj
#8: タンパク質 | 分子量: 23535.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5PLN0 |
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#10: タンパク質 | 分子量: 17740.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: A0A6P3CX48 |
#17: タンパク質 | 分子量: 11111.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5P472 |
-タンパク質 , 5種, 5分子 UYCgl
#9: タンパク質 | 分子量: 14784.962 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: A0A6P7EJM7 |
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#11: タンパク質 | 分子量: 15891.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: A0A7K9BN74 |
#12: タンパク質 | 分子量: 52034.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) |
#15: タンパク質 | 分子量: 9352.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: A0A836CVU8 |
#19: タンパク質 | 分子量: 6426.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) |
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 b
#13: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2486.056 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Mammlian Ribosome Sec61 TRAP complex / タイプ: RIBOSOME / 詳細: Mammlian ribosome-Sec61 TRAP complex / Entity ID: #3-#6, #1-#2, #7-#11, #13-#19 / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 3.2 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Ovis aries (ヒツジ) | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Purified Ribosome Sec61/TRAP complex | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: LEICA PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 298 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 1200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 600 nm |
撮影 | 電子線照射量: 47 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 30294 |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1098031 |
3次元再構成 | 解像度: 2.69 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 61177 / 対称性のタイプ: POINT |
原子モデル構築 | プロトコル: BACKBONE TRACE |