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- PDB-8ber: Hepatitis B virus core antigen (HBc) with the insertion of four e... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ber
タイトルHepatitis B virus core antigen (HBc) with the insertion of four external domains of the influenza A M2 protein (HBc/4M2e) with T=3 topology
要素Core protein,Matrix protein 2,External core antigen
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / HBc / M2e / VLP
機能・相同性
機能・相同性情報


suppression by virus of host autophagy / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=4 icosahedral viral capsid / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / proton transmembrane transporter activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / viral penetration into host nucleus / host cell / host cell cytoplasm ...suppression by virus of host autophagy / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=4 icosahedral viral capsid / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / proton transmembrane transporter activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / viral penetration into host nucleus / host cell / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / DNA binding / RNA binding / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Hepatitis B virus, capsid N-terminal / Hepatitis core protein, putative zinc finger / Influenza virus matrix protein 2 / Influenza Matrix protein (M2) / Hepatitis core antigen / Viral capsid core domain supefamily, Hepatitis B virus / Hepatitis core antigen
類似検索 - ドメイン・相同性
Matrix protein 2 / External core antigen / Core protein
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å
データ登録者Egorov, V.V. / Shvetsov, A.V. / Pichkur, E.B. / Shaldzhyan, A.A. / Zabrodskaya, Y.A. / Vinogradova, D.S. / Nekrasov, P.A. / Gorshkov, A.N. / Garmay, Y.P. / Kovaleva, A.A. ...Egorov, V.V. / Shvetsov, A.V. / Pichkur, E.B. / Shaldzhyan, A.A. / Zabrodskaya, Y.A. / Vinogradova, D.S. / Nekrasov, P.A. / Gorshkov, A.N. / Garmay, Y.P. / Kovaleva, A.A. / Stepanova, L.A. / Tsybalova, L.M. / Shtam, T.A. / Myasnikov, A.G. / Konevega, A.L.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Russian Science Foundation19-74-20146 ロシア
引用ジャーナル: Biophys Chem / 年: 2023
タイトル: Inside and outside of virus-like particles HBc and HBc/4M2e: A comprehensive study of the structure.
著者: V V Egorov / A V Shvetsov / E B Pichkur / A A Shaldzhyan / Ya A Zabrodskaya / D S Vinogradova / P A Nekrasov / A N Gorshkov / Yu P Garmay / A A Kovaleva / L A Stepanova / L M Tsybalova / T A ...著者: V V Egorov / A V Shvetsov / E B Pichkur / A A Shaldzhyan / Ya A Zabrodskaya / D S Vinogradova / P A Nekrasov / A N Gorshkov / Yu P Garmay / A A Kovaleva / L A Stepanova / L M Tsybalova / T A Shtam / A G Myasnikov / A L Konevega /
要旨: Hepatitis B virus core antigen (HBc) with the insertion of four external domains of the influenza A M2 protein (HBc/4M2e) form virus-like particles whose structure was studied using a combination of ...Hepatitis B virus core antigen (HBc) with the insertion of four external domains of the influenza A M2 protein (HBc/4M2e) form virus-like particles whose structure was studied using a combination of molecular modeling and cryo-electron microscopy (cryo-EM). It was also shown that self-assembling of the particles occurs inside bacterial cells, but despite the big inner volume of the core shell particle, purified HBc/4M2e contain an insignificant amount of bacterial proteins. It was shown that a fragment of the M2e corresponding to 4M2e insertion is prone to formation of amyloid-like fibrils. However, as the part of the immunodominant loop, M2e insertion does not show a tendency to intermolecular interaction. A full-atomic HBc-4M2e model with the resolution of about 3 Å (3.13 Å for particles of Т = 4 symmetry, 3.7 Å for particles of Т = 3 symmetry) was obtained by molecular modeling methods based on cryo-EM data.
履歴
登録2022年10月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Core protein,Matrix protein 2,External core antigen
B: Core protein,Matrix protein 2,External core antigen
C: Core protein,Matrix protein 2,External core antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,8793
ポリマ－92,8793
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Core protein,Matrix protein 2,External core antigen / Proton channel protein M2 / HBeAg / Precore protein / p25


分子量: 30959.662 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス), (組換発現) Influenza A virus (strain A/Malaysia:Malaya/302/1954 H1N1) (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: prec/C, M, M2 / 株: isolate France/Tiollais/1979 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9E0P3, UniProt: A4K144, UniProt: P0C573
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Hepatitis B virus core antigen (HBc) with the insertion of four external domains of the influenza A M2 protein (T=3)
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 30.84 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Cs: 0.05 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Warp粒子像選択
2EPU1.9画像取得
4WarpCTF補正
10RELION初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 4757 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 257.74 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00283411
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.59334662
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.041525
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0044585
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.4845447

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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