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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bda | |||||||||
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タイトル | IFTA complex in anterograde intraflagellar transport trains (Chlamydomonas reinhardtii) | |||||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN TRANSPORT / Cilia / IFT / Intraflagellar / transport | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 intraciliary transport particle A / intraciliary retrograde transport / non-motile cilium assembly / protein localization to cilium / non-motile cilium / ciliary plasm / motile cilium / axoneme / cilium assembly / RNA processing ...intraciliary transport particle A / intraciliary retrograde transport / non-motile cilium assembly / protein localization to cilium / non-motile cilium / ciliary plasm / motile cilium / axoneme / cilium assembly / RNA processing / ciliary basal body / cilium 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 20.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Lacey, S.E. / Foster, H.E. / Pigino, G. | |||||||||
資金援助 | European Union, イタリア, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023 タイトル: The molecular structure of IFT-A and IFT-B in anterograde intraflagellar transport trains. 著者: Samuel E Lacey / Helen E Foster / Gaia Pigino / 要旨: Anterograde intraflagellar transport (IFT) trains are essential for cilia assembly and maintenance. These trains are formed of 22 IFT-A and IFT-B proteins that link structural and signaling cargos to ...Anterograde intraflagellar transport (IFT) trains are essential for cilia assembly and maintenance. These trains are formed of 22 IFT-A and IFT-B proteins that link structural and signaling cargos to microtubule motors for import into cilia. It remains unknown how the IFT-A/-B proteins are arranged into complexes and how these complexes polymerize into functional trains. Here we use in situ cryo-electron tomography of Chlamydomonas reinhardtii cilia and AlphaFold2 protein structure predictions to generate a molecular model of the entire anterograde train. We show how the conformations of both IFT-A and IFT-B are dependent on lateral interactions with neighboring repeats, suggesting that polymerization is required to cooperatively stabilize the complexes. Following three-dimensional classification, we reveal how IFT-B extends two flexible tethers to maintain a connection with IFT-A that can withstand the mechanical stresses present in actively beating cilia. Overall, our findings provide a framework for understanding the fundamental processes that govern cilia assembly. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8bda.cif.gz | 1.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8bda.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8bda.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8bda_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8bda_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8bda_validation.xml.gz | 168 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8bda_validation.cif.gz | 257.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/8bda ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/8bda | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 15980MC 8bd7C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 136267.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: A8JFR3 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 152227.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: A9XPA6 |
#3: タンパク質 | 分子量: 157426.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: A0A2K3DGM1 |
#4: タンパク質 | 分子量: 150972.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: A9XPA7 |
#5: タンパク質 | 分子量: 139382.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 参照: UniProt: H9CTG6 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: HELICAL ARRAY / 3次元再構成法: サブトモグラム平均法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: One IFTA repeat from anterograde intraflagellar transport trains within native Chlamydomonas reinhardtii cilia タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) |
緩衝液 | pH: 7 / 詳細: TAP (Tris-Acetate-Phosphate) Media |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Chlamydomonas reinhardtii cells applied to quantifoil grids and plunge frozen; cilia project out from cell bodies and traverse holes in the carbon film. |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 5000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 2500 nm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 2.6 e/Å2 / Avg electron dose per subtomogram: 104 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 1.4/v9 / 分類: モデル構築 / URL: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ / Os: macOS / タイプ: package | ||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: Warp/Relion/M - CTF Refinement in M / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 20.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 3897 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||
EM volume selection | Num. of tomograms: 600 / Num. of volumes extracted: 3897 | ||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |