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- PDB-8bd3: Cryo-EM structure of the Photosystem II - LHCII supercomplex from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bd3
タイトルCryo-EM structure of the Photosystem II - LHCII supercomplex from Chlorella ohadi
要素
  • (Chlorophyll a ...) x 2
  • (Chlorophyll a-b binding of ...) x 2
  • (Chlorophyll a-b binding protein, ...) x 2
  • (Chloroplast oxygen-evolving enhancer protein ...) x 2
  • (Cytochrome b559 subunit ...) x 2
  • (Photosystem II ...) x 16
  • Chloroplast PsbY
  • Chloroplast photosystem II 10 kDa protein
  • Multifunctional fusion protein
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Green alga / PSII / C.ohadi / membrane protein / Cryo-EM
機能・相同性
機能・相同性情報


diacylglycerol kinase (ATP) / ATP-dependent diacylglycerol kinase activity / photosynthesis, light harvesting / photosystem II assembly / photosystem II oxygen evolving complex / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / protein kinase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway ...diacylglycerol kinase (ATP) / ATP-dependent diacylglycerol kinase activity / photosynthesis, light harvesting / photosystem II assembly / photosystem II oxygen evolving complex / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / protein kinase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosystem I / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / plastid / extrinsic component of membrane / chlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis / chloroplast / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / calcium ion binding / heme binding / RNA binding / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem II PsbR / Photosystem II PsbY, plant / Photosystem II 10 kDa polypeptide PsbR / Diacylglycerol kinase, accessory domain / Diacylglycerol kinase accessory domain / Diacylglycerol kinase accessory domain (presumed) / Serine incorporator/TMS membrane protein / Serine incorporator (Serinc) / Diacylglycerol kinase, catalytic domain / Diacylglycerol kinase catalytic domain ...Photosystem II PsbR / Photosystem II PsbY, plant / Photosystem II 10 kDa polypeptide PsbR / Diacylglycerol kinase, accessory domain / Diacylglycerol kinase accessory domain / Diacylglycerol kinase accessory domain (presumed) / Serine incorporator/TMS membrane protein / Serine incorporator (Serinc) / Diacylglycerol kinase, catalytic domain / Diacylglycerol kinase catalytic domain / DAG-kinase catalytic (DAGKc) domain profile. / Diacylglycerol kinase catalytic domain (presumed) / Oxygen-evolving enhancer protein 3 / Oxygen evolving enhancer protein 3 / PsbQ-like domain superfamily / Inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase, N-terminal / NAD kinase/diacylglycerol kinase-like domain superfamily / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbJ superfamily / PsbJ / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Photosystem II reaction centre protein Ycf12 / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II complex subunit Ycf12 / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II PsbK / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / KH domain / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / K Homology domain, type 1 / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-CAROTENE / BICARBONATE ION / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT ...BETA-CAROTENE / BICARBONATE ION / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT / Chem-NEX / CA-MN4-O5 CLUSTER / PHEOPHYTIN A / Chem-PL9 / (3R)-beta,beta-caroten-3-ol / Chem-SQD / Chem-XAT / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein Ycf12 / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Serine incorporator / Multifunctional fusion protein / Chloroplast photosystem II 10 kDa protein / Photosystem II reaction center protein M / Chloroplast oxygen-evolving enhancer protein 3 / Photosystem II reaction center protein I / Chloroplast PsbY / Chloroplast oxygen-evolving enhancer protein 1 / Cytochrome b559 subunit beta / Photosystem II reaction center protein T / Photosystem II reaction center protein L / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II protein D1 / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II reaction center protein Z / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II D2 protein / Photosystem II reaction center protein J / Photosystem II CP47 reaction center protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chlorella ohadii (植物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.73 Å
データ登録者Fadeeva, M. / Klaiman, D. / Caspy, I. / Nelson, N.
資金援助 イスラエル, 1件
組織認可番号
Israel Science Foundation199/21 イスラエル
引用ジャーナル: Cells / : 2023
タイトル: Structure of Photosystem II Reveals Protective Mechanisms against Environmental Stress.
著者: Maria Fadeeva / Daniel Klaiman / Ido Caspy / Nathan Nelson /
要旨: Green alga is known for its ability to carry out photosynthesis under harsh conditions. Using cryogenic electron microscopy (cryoEM), we obtained a high-resolution structure of PSII at 2.72 Å. This ...Green alga is known for its ability to carry out photosynthesis under harsh conditions. Using cryogenic electron microscopy (cryoEM), we obtained a high-resolution structure of PSII at 2.72 Å. This structure revealed 64 subunits, which encompassed 386 chlorophylls, 86 carotenoids, four plastoquinones, and several structural lipids. At the luminal side of PSII, a unique subunit arrangement was observed to protect the oxygen-evolving complex. This arrangement involved PsbO (OEE1), PsbP (OEE2), PsbB, and PsbU (a homolog of plant OEE3). PsbU interacted with PsbO, PsbC, and PsbP, thereby stabilizing the shield of the oxygen-evolving complex. Significant changes were also observed at the stromal electron acceptor side. PsbY, identified as a transmembrane helix, was situated alongside PsbF and PsbE, which enclosed cytochrome . Supported by the adjacent C-terminal helix of Psb10, these four transmembrane helices formed a bundle that shielded cytochrome from the surrounding solvent. Moreover, the bulk of Psb10 formed a protective cap, which safeguarded the quinone site and likely contributed to the stacking of PSII complexes. Based on our findings, we propose a protective mechanism that prevents Q (plastoquinone B) from becoming fully reduced. This mechanism offers insights into the regulation of electron transfer within PSII.
履歴
登録2022年10月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
2: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
3: Chlorophyll a-b binding of LHCII
4: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
5: Chlorophyll a-b binding of LHCII
6: Chlorophyll a-b binding of LHCII
A: Photosystem II protein D1
B: Photosystem II CP47 reaction center protein
C: Photosystem II CP43 reaction center protein
D: Photosystem II D2 protein
E: Cytochrome b559 subunit alpha
F: Cytochrome b559 subunit beta
G: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
H: Photosystem II reaction center protein H
I: Photosystem II reaction center protein I
J: Photosystem II reaction center protein J
K: Photosystem II reaction center protein K
L: Photosystem II reaction center protein L
M: Photosystem II reaction center protein M
N: Chlorophyll a-b binding of LHCII
O: Chloroplast oxygen-evolving enhancer protein 1
R: Chlorophyll a b binding CP29
S: Chlorophyll a b-binding CP26
T: Photosystem II reaction center protein T
V: Photosystem II reaction center protein Ycf12
W: Photosystem II reaction center W protein
X: Photosystem II reaction center protein X
Y: Multifunctional fusion protein
Z: Photosystem II reaction center protein Z
U: Chloroplast oxygen-evolving enhancer protein 3
0: Chlorophyll a-b binding of LHCII
7: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
8: Chlorophyll a-b binding of LHCII
9: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
p: Chlorophyll a-b binding of LHCII
q: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
a: Photosystem II protein D1
b: Photosystem II CP47 reaction center protein
c: Photosystem II CP43 reaction center protein
d: Photosystem II D2 protein
e: Cytochrome b559 subunit alpha
f: Cytochrome b559 subunit beta
g: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
h: Photosystem II reaction center protein H
i: Photosystem II reaction center protein I
j: Photosystem II reaction center protein J
k: Photosystem II reaction center protein K
l: Photosystem II reaction center protein L
m: Photosystem II reaction center protein M
n: Chlorophyll a-b binding of LHCII
o: Chloroplast oxygen-evolving enhancer protein 1
r: Chlorophyll a b binding CP29
s: Chlorophyll a b-binding CP26
t: Photosystem II reaction center protein T
v: Photosystem II reaction center protein Ycf12
w: Photosystem II reaction center W protein
x: Photosystem II reaction center protein X
y: Multifunctional fusion protein
z: Photosystem II reaction center protein Z
u: Chloroplast oxygen-evolving enhancer protein 3
Q1: Chloroplast PsbY
P1: Chloroplast photosystem II 10 kDa protein
q1: Chloroplast PsbY
p1: Chloroplast photosystem II 10 kDa protein
F1: Photosystem II oxygen evolving enhancer 2
f1: Photosystem II oxygen evolving enhancer 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,723,568738
ポリマ-1,180,98466
非ポリマー542,583672
4,035224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作
identity operation1_5551

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要素

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Chlorophyll a-b binding protein, ... , 2種, 8分子 1724G9qg

#1: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 23060.059 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: A0A2P6TPU9
#2: タンパク質
Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 23850.742 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: A0A2P6TDA6

+
Chlorophyll a-b binding of ... , 2種, 8分子 35N8pn60

#3: タンパク質
Chlorophyll a-b binding of LHCII


分子量: 23847.945 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物)
#4: タンパク質 Chlorophyll a-b binding of LHCII


分子量: 23455.490 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物)

+
Photosystem II ... , 16種, 32分子 AaBbCcDdHhIiJjKkLlMmTtVvWwXxZzF1f1

#5: タンパク質 Photosystem II protein D1


分子量: 37230.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / : 1 / 参照: UniProt: W8SIR2
#6: タンパク質 Photosystem II CP47 reaction center protein


分子量: 55754.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: W8TIK4
#7: タンパク質 Photosystem II CP43 reaction center protein / PSII 43 kDa protein / Protein CP-43


分子量: 49161.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: A0A076EAP1
#8: タンパク質 Photosystem II D2 protein


分子量: 38459.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: W8SYD4
#11: タンパク質 Photosystem II reaction center protein H


分子量: 7223.423 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: W8SIT0
#12: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein I / PSII-I / PSII 4.8 kDa protein


分子量: 3871.545 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: A0A5P4ND48
#13: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein J


分子量: 3813.468 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: W8TIH6
#14: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein K / PSII-K


分子量: 4139.958 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: P56348
#15: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein L / PSII-L


分子量: 4259.966 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: P56339
#16: タンパク質 Photosystem II reaction center protein M


分子量: 5621.872 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: A0A5P4NAV9
#20: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein T / PSII-T


分子量: 3476.220 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: P56327
#21: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein Ycf12


分子量: 3319.010 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: A0A076EAR3
#22: タンパク質 Photosystem II reaction center W protein


分子量: 6623.350 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物)
#23: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein X


分子量: 3526.028 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物)
#25: タンパク質 Photosystem II reaction center protein Z


分子量: 6727.147 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: W8SKL0
#29: タンパク質 Photosystem II oxygen evolving enhancer 2


分子量: 20416.791 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物)

+
Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 4分子 EeFf

#9: タンパク質 Cytochrome b559 subunit alpha / PSII reaction center subunit V


分子量: 9204.327 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: W8SU91
#10: タンパク質・ペプチド Cytochrome b559 subunit beta / PSII reaction center subunit VI


分子量: 4262.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: P56310

+
Chloroplast oxygen-evolving enhancer protein ... , 2種, 4分子 OoUu

#17: タンパク質 Chloroplast oxygen-evolving enhancer protein 1


分子量: 25449.529 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: A0A5P4NF37
#26: タンパク質 Chloroplast oxygen-evolving enhancer protein 3


分子量: 15948.137 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: A0A5P4NB29

+
Chlorophyll a ... , 2種, 4分子 RrSs

#18: タンパク質 Chlorophyll a b binding CP29


分子量: 25803.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物)
#19: タンパク質 Chlorophyll a b-binding CP26


分子量: 27369.807 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物)

+
タンパク質 , 2種, 4分子 YyP1p1

#24: タンパク質 Multifunctional fusion protein


分子量: 23863.996 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: A0A2P6U5M3, diacylglycerol kinase (ATP)
#28: タンパク質 Chloroplast photosystem II 10 kDa protein


分子量: 11657.287 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: A0A5P4NAS4

+
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 Q1q1

#27: タンパク質・ペプチド Chloroplast PsbY


分子量: 3697.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: A0A5P4NEE0

+
, 2種, 12分子

#45: 糖
ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : C51H96O15
#48: 糖
ChemComp-LMU / DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

+
非ポリマー , 18種, 884分子

#30: 化合物...
ChemComp-CHL / CHLOROPHYLL B


分子量: 907.472 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 合成 / : C55H70MgN4O6
#31: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 合成 / : C55H72MgN4O5
#32: 化合物...
ChemComp-LUT / (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / (3R,3'R)-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / LUTEIN


分子量: 568.871 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 合成 / : C40H56O2
#33: 化合物...
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 合成 / : C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#34: 化合物...
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 合成 / : C45H86O10
#35: 化合物
ChemComp-RRX / (3R)-beta,beta-caroten-3-ol / beta-Cryptoxanthin / β-クリプトキサンチン


分子量: 552.872 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : C40H56O
#36: 化合物...
ChemComp-NEX / (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL / (3S,5R,6R,3'S,5'R,6'S)-5',6'-EPOXY-6,7-DIDEHYDRO- 5,6,5',6'-TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,5,3'-TRIOL / 9'-CIS-NEOXANTHIN


分子量: 600.870 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / : C40H56O4
#37: 化合物
ChemComp-XAT / (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / VIOLAXANTHIN / 13-cis-ビオラキサンチン


分子量: 600.870 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : C40H56O4
#38: 化合物...
ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / : C41H78O12S
#39: 化合物 ChemComp-OEX / CA-MN4-O5 CLUSTER


分子量: 339.827 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : CaMn4O5
#40: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Fe
#41: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#42: 化合物
ChemComp-PHO / PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略)


分子量: 871.200 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C55H74N4O5
#43: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / : C40H56
#44: 化合物
ChemComp-PL9 / 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE / PLASTOQUINONE 9


分子量: 749.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C53H80O2
#46: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン


分子量: 61.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#47: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C34H32FeN4O4
#49: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

+
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Chlorella ohadii Photosystem II / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#29 / 由来: NATURAL
分子量: 1.7 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物) / 細胞内の位置: Thylakoid membrane / Organelle: Chloroplast
緩衝液pH: 6 / 詳細: 20 mM MES NaOH pH 6 0.1% alfaDM
試料濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 293 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 21341

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 734768
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.73 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 94893 / クラス平均像の数: 8 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 87.93 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.007121946
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.615169171
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d20.01649524
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05615426
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00724693

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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