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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bcv | ||||||||||||
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タイトル | Photosystem I assembly intermediate of Avena sativa | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | PHOTOSYNTHESIS / PSI structure / assembly intermediate / Monocotyledons / etiolation | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 photosynthesis, light harvesting / thylakoid membrane / chloroplast thylakoid / photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis ...photosynthesis, light harvesting / thylakoid membrane / chloroplast thylakoid / photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / electron transfer activity / magnesium ion binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Avena sativa (エンバク) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Naschberger, A. / Amunts, A. / Nelson, N. | ||||||||||||
資金援助 | スウェーデン, イスラエル, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Photosystem I assembly intermediate of Avena sativa 著者: Naschberger, A. / Amunts, A. / Nelson, N. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8bcv.cif.gz | 849.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8bcv.ent.gz | 739.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8bcv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8bcv_validation.pdf.gz | 10.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8bcv_full_validation.pdf.gz | 11 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8bcv_validation.xml.gz | 135.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8bcv_validation.cif.gz | 191.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bc/8bcv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bc/8bcv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 15969MC 8bcwC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 83263.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Avena sativa (エンバク) / 参照: UniProt: A0A3G1AUL2, photosystem I |
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#2: タンパク質 | 分子量: 82605.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Avena sativa (エンバク) / 参照: UniProt: A0A3G1AZK6, photosystem I |
-タンパク質 , 1種, 1分子 C
#3: タンパク質 | 分子量: 8909.345 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Avena sativa (エンバク) / 参照: UniProt: A0A3G1ATU7, photosystem I |
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-Photosystem I reaction center subunit ... , 9種, 9分子 DEHILFGJK
#4: タンパク質 | 分子量: 22081.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Avena sativa (エンバク) |
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#5: タンパク質 | 分子量: 15298.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Avena sativa (エンバク) |
#6: タンパク質 | 分子量: 10088.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Avena sativa (エンバク) |
#7: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3995.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Avena sativa (エンバク) / 参照: UniProt: A0A3G1AZM6 |
#8: タンパク質 | 分子量: 22575.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Avena sativa (エンバク) |
#9: タンパク質 | 分子量: 19346.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Avena sativa (エンバク) |
#10: タンパク質 | 分子量: 15113.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Avena sativa (エンバク) |
#11: タンパク質 | 分子量: 5849.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Avena sativa (エンバク) |
#12: タンパク質 | 分子量: 13583.741 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Avena sativa (エンバク) |
-Chlorophyll a-b binding protein ... , 4種, 4分子 1234
#13: タンパク質 | 分子量: 26137.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Avena sativa (エンバク) / 参照: UniProt: A0A482JYH1 |
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#14: タンパク質 | 分子量: 22706.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Avena sativa (エンバク) |
#15: タンパク質 | 分子量: 29344.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Avena sativa (エンバク) |
#16: タンパク質 | 分子量: 27786.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Avena sativa (エンバク) |
-糖 , 2種, 21分子
#24: 糖 | ChemComp-LMU / #25: 糖 | |
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-非ポリマー , 13種, 906分子
#17: 化合物 | #18: 化合物 | ChemComp-CLA / #19: 化合物 | #20: 化合物 | ChemComp-LHG / #21: 化合物 | ChemComp-BCR / #22: 化合物 | #23: 化合物 | ChemComp-LMG / #26: 化合物 | ChemComp-LUT / ( #27: 化合物 | ChemComp-CHL / #28: 化合物 | #29: 化合物 | ChemComp-C7Z / ( | #30: 化合物 | ChemComp-QDL / | #31: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Assembly Intermediate of PSI from Avena sativa / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#8 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Avena sativa (エンバク) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2100 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 300 nm |
撮影 | 電子線照射量: 51.346 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 96997 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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