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万見
- PDB-8b8r: Complex of Echovirus 11 with its attaching receptor decay-acceler... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b8r
タイトルComplex of Echovirus 11 with its attaching receptor decay-accelerating factor (CD55)
要素
  • DECAY ACCELERATING FACTOR (CD55)
  • VP1
  • VP2
  • VP3
  • VP4
キーワードVIRUS / Echovirus / receptor / DAF / CD55
機能・相同性SPHINGOSINE
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
Echovirus E11 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Stuart, D.I. / Ren, J. / Zhou, D. / Qin, L.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)B5R00670-B500.01 英国
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2022
タイトル: Switching of Receptor Binding Poses between Closely Related Enteroviruses.
著者: Daming Zhou / Ling Qin / Helen M E Duyvesteyn / Yuguang Zhao / Tzou-Yien Lin / Elizabeth E Fry / Jingshan Ren / Kuan-Ying A Huang / David I Stuart /
要旨: Echoviruses, for which there are currently no approved vaccines or drugs, are responsible for a range of human diseases, for example echovirus 11 (E11) is a major cause of serious neonatal morbidity ...Echoviruses, for which there are currently no approved vaccines or drugs, are responsible for a range of human diseases, for example echovirus 11 (E11) is a major cause of serious neonatal morbidity and mortality. Decay-accelerating factor (DAF, also known as CD55) is an attachment receptor for E11. Here, we report the structure of the complex of E11 and the full-length ectodomain of DAF (short consensus repeats, SCRs, 1-4) at 3.1 Å determined by cryo-electron microscopy (cryo-EM). SCRs 3 and 4 of DAF interact with E11 at the southern rim of the canyon via the VP2 EF and VP3 BC loops. We also observe an unexpected interaction between the N-linked glycan (residue 95 of DAF) and the VP2 BC loop of E11. DAF is a receptor for at least 20 enteroviruses and we classify its binding patterns from reported DAF/virus complexes into two distinct positions and orientations, named as E6 and E11 poses. Whilst 60 DAF molecules can attach to the virion in the E6 pose, no more than 30 can attach to E11 due to steric restrictions. Analysis of the distinct modes of interaction and structure and sequence-based phylogenies suggests that the two modes evolved independently, with the E6 mode likely found earlier.
履歴
登録2022年10月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VP1
B: VP2
C: VP3
D: VP4
E: DECAY ACCELERATING FACTOR (CD55)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,3246
ポリマ－125,0245
非ポリマー2991
水00
1
A: VP1
B: VP2
C: VP3
D: VP4
E: DECAY ACCELERATING FACTOR (CD55)
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,519,425360
ポリマ－7,501,456300
非ポリマー17,97060
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59

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要素

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タンパク質 , 5種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質 VP1


分子量: 32838.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Echovirus E11 (ウイルス)
#2: タンパク質 VP2


分子量: 28886.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Echovirus E11 (ウイルス)
#3: タンパク質 VP3


分子量: 26029.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Echovirus E11 (ウイルス)
#4: タンパク質 VP4


分子量: 7498.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Echovirus E11 (ウイルス)
#5: タンパク質 DECAY ACCELERATING FACTOR (CD55)


分子量: 29771.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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非ポリマー , 1種, 1分子

#6: 化合物 ChemComp-SPH / SPHINGOSINE


分子量: 299.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H37NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex of Echovirus 11 with its attaching receptor DECAY ACCELERATING FACTOR (CD55)
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Echovirus E11 (ウイルス)
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3000 nm
撮影電子線照射量: 41 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 6394 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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