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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8b4o | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of cytochrome bd oxidase from C. glutamicum | ||||||
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![]() | OXIDOREDUCTASE / Cytochrome bd oxidase / CydAB / Membrane protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() cytochrome complex / aerobic electron transport chain / electron transfer activity / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2 Å | ||||||
![]() | Grund, T.N. / Kusumoto, T. / Michel, H. / Sakamoto, J. / Safarian, S. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of cytochrome bd oxidase from C. glutamicum 著者: Grund, T.N. / Michel, H. / Safarian, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 142.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 113.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 38.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 58.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 15851MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36261.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cydB 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: cydB, CS176_1127 / 発現宿主: ![]() | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 56678.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CydA 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: cydA, BBD29_06150 / 発現宿主: ![]() | ||
#3: 化合物 | ChemComp-HDD / | ||
#4: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: CydAB heterodimer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.093 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 濃度: 2.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2100 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1100 nm |
撮影 | 電子線照射量: 107 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 995398 / 対称性のタイプ: POINT |