PDB-8b4o: Cryo-EM structure of cytochrome bd oxidase from C. glutamicum

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8b4o

タイトル

Cryo-EM structure of cytochrome bd oxidase from C. glutamicum

要素

Cytochrome BD ubiquinol oxidase subunit I
Cytochrome bd-type quinol oxidase subunit II

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Cytochrome bd oxidase / CydAB / Membrane protein

機能・相同性

機能・相同性情報

cytochrome complex / aerobic electron transport chain / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Corynebacterium glutamicum (バクテリア)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Grund, T.N. / Kusumoto, T. / Michel, H. / Sakamoto, J. / Safarian, S.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Cryo-EM structure of cytochrome bd oxidase from C. glutamicum
著者: Grund, T.N. / Michel, H. / Safarian, S.

履歴

登録	2022年9月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年12月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年7月24日	Group: Data collection カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_validate_chiral Item: _em_admin.last_update

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8b4o.cif.gz	148.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8b4o.ent.gz	113.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8b4o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8b4o_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8b4o_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	8b4o_validation.xml.gz	39.2 KB	表示
CIF形式データ	8b4o_validation.cif.gz	59.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/8b4o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/8b4o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	15851MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Cytochrome bd-type quinol oxidase subunit II

A: Cytochrome BD ubiquinol oxidase subunit I

ヘテロ分子

94.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

#1: タンパク質	Cytochrome bd-type quinol oxidase subunit II 分子量: 36261.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cydB 由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア) 遺伝子: cydB, CS176_1127 / 発現宿主: Corynebacterium glutamicum (バクテリア) / 株 (発現宿主): subsp. lactofermentum / 参照: UniProt: A0A1Q3DPF5
#2: タンパク質	Cytochrome BD ubiquinol oxidase subunit I / Cytochrome bd-type menaquinol oxidase subunit I 分子量: 56678.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CydA 由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア) 遺伝子: cydA, BBD29_06150 / 発現宿主: Corynebacterium glutamicum (バクテリア) / 株 (発現宿主): subsp. lactofermentum / 参照: UniProt: Q9KWL8
#3: 化合物	ChemComp-HDD / CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE / HEME 分子量: 632.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-HEB / HEME B/C / HYBRID BETWEEN B AND C TYPE HEMES (PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE) 分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₄FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: CydAB heterodimer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量	値: 0.093 MDa / 実験値: YES
由来(天然)	生物種: Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
由来(組換発現)	生物種: Corynebacterium glutamicum (バクテリア) / 株: subsp. lactofermentum
緩衝液	pH: 7
試料	濃度: 2.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持	グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結	凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2100 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1100 nm
撮影	電子線照射量: 107 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成	解像度: 2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 995398 / 対称性のタイプ: POINT

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-電子顕微鏡撮影

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)