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- PDB-8b3f: Pol II-CSB-CSA-DDB1-ELOF1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b3f
タイトルPol II-CSB-CSA-DDB1-ELOF1
要素
  • (DNA excision repair protein ERCC- ...) x 2
  • (DNA-directed RNA polymerase ...) x 7
  • (DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ...) x 2
  • (RNA polymerase II subunit ...) x 2
  • DNA damage-binding protein 1
  • NTS
  • RNA
  • RNA_pol_L_2 domain-containing protein
  • TS
  • Transcription elongation factor 1 homolog
キーワードTRANSCRIPTION / DNA repair / ubiquitin / cryo-EM
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of transcription-coupled nucleotide-excision repair / negative regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / nucleotide-excision repair complex / response to auditory stimulus / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / B-WICH complex / DNA protection / single strand break repair / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / response to superoxide ...regulation of transcription-coupled nucleotide-excision repair / negative regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / nucleotide-excision repair complex / response to auditory stimulus / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / B-WICH complex / DNA protection / single strand break repair / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / response to superoxide / chromatin-protein adaptor activity / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / mRNA Splicing - Major Pathway / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / photoreceptor cell maintenance / ATP-dependent chromatin remodeler activity / spindle assembly involved in female meiosis / nuclear lumen / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / UV-damage excision repair / RNA polymerase binding / response to UV-B / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / biological process involved in interaction with symbiont / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / regulation of mitotic cell cycle phase transition / WD40-repeat domain binding / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / ATP-dependent DNA damage sensor activity / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / cullin family protein binding / protein tyrosine kinase activator activity / viral release from host cell / site of DNA damage / RNA Polymerase I Transcription Initiation / pyrimidine dimer repair / response to X-ray / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / ectopic germ cell programmed cell death / ATP-dependent activity, acting on DNA / translation elongation factor activity / RNA polymerase I complex / positive regulation of viral genome replication / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / response to UV / proteasomal protein catabolic process / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / protein autoubiquitination / transcription by RNA polymerase I / translation initiation factor binding / JNK cascade / neurogenesis / transcription-coupled nucleotide-excision repair / positive regulation of gluconeogenesis / DNA-directed RNA polymerase complex / positive regulation of DNA repair / DNA damage checkpoint signaling / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription elongation factor complex / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / response to gamma radiation / nucleotide-excision repair / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / helicase activity / base-excision repair / DNA Damage Recognition in GG-NER / regulation of circadian rhythm / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / Dual Incision in GG-NER / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER)
類似検索 - 分子機能
DNA excision repair protein Rad28/ERCC8/Ckn1/ATCSA-1 / : / Transcription elongation factor 1 / Transcription elongation factor 1 superfamily / Transcription elongation factor Elf1 like / RSE1/DDB1/CPSF1 second beta-propeller / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / : / CPSF A subunit region ...DNA excision repair protein Rad28/ERCC8/Ckn1/ATCSA-1 / : / Transcription elongation factor 1 / Transcription elongation factor 1 superfamily / Transcription elongation factor Elf1 like / RSE1/DDB1/CPSF1 second beta-propeller / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / : / CPSF A subunit region / RSE1/DDB1/CPSF1 first beta-propeller / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / Rpb4/RPC9 superfamily / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / Zinc finger TFIIS-type signature. / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / : / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / Helicase conserved C-terminal domain / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / Transcription elongation factor 1 homolog / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 ...DNA / DNA (> 10) / RNA / Transcription elongation factor 1 homolog / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / DNA excision repair protein ERCC-6 / DNA excision repair protein ERCC-8 / DNA damage-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Sus scrofa domesticus (ブタ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Kokic, G. / Cramer, P.
資金援助 ドイツ, European Union, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)EXC 2067/1-390729940 ドイツ
European Research Council (ERC)Advanced Investigator Grant CHROMATRANS (grant agreement No. 882357)European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Pol II-CSB-CSA-DDB1-ELOF1 structure.
著者: Kokic, G. / Cramer, P.
履歴
登録2022年9月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年9月27日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年9月27日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年9月27日Data content type: Additional map / Part number: 2 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年9月27日Data content type: Additional map / Part number: 3 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年9月27日Data content type: Additional map / Part number: 4 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年9月27日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年9月27日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年9月27日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年9月27日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年9月27日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月2日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details
Item: _em_admin.last_update / _em_software.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit
B: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
C: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3
D: RNA polymerase II subunit D
E: DNA-directed RNA polymerase II subunit E
F: DNA-directed RNA polymerase II subunit F
G: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7
H: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
I: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
J: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
K: RNA_pol_L_2 domain-containing protein
L: RNA polymerase II subunit K
M: Transcription elongation factor 1 homolog
N: NTS
P: RNA
T: TS
a: DNA excision repair protein ERCC-8
b: DNA excision repair protein ERCC-6
d: DNA damage-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)901,90029
ポリマ－901,28719
非ポリマー61310
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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DNA-directed RNA polymerase ... , 7種, 7分子 ABCEFGI

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit


分子量: 217450.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: A0A7M4DUC2, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta


分子量: 133201.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: A0A0B8RVL1, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3


分子量: 31439.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: A0A481DF93
#5: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit E / RPB5 homolog


分子量: 24644.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: I3LSI7
#6: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit F / DNA-directed RNA polymerases I / II / and III subunit RPABC2 / RPB6 homolog


分子量: 14477.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: F1SKN8
#7: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7


分子量: 19314.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ)
#9: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / RNA polymerase II subunit B9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit I / RNA polymerase II 14.5 ...RNA polymerase II subunit B9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit I / RNA polymerase II 14.5 kDa subunit / RPB14.5


分子量: 14541.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: P60899

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RNA polymerase II subunit ... , 2種, 2分子 DL

#4: タンパク質 RNA polymerase II subunit D


分子量: 16331.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287ADR4
#12: タンパク質 RNA polymerase II subunit K


分子量: 7018.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: I3LN51

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DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 2種, 2分子 HJ

#8: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3


分子量: 17162.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1ULF2
#10: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5


分子量: 7655.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: A0A7K6NXI9

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タンパク質 , 3種, 3分子 KMd

#11: タンパク質 RNA_pol_L_2 domain-containing protein


分子量: 13310.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1UK25
#13: タンパク質 Transcription elongation factor 1 homolog


分子量: 9475.881 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOF1, hCG_29982 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A024R7E8
#19: タンパク質 DNA damage-binding protein 1 / DDB p127 subunit / DNA damage-binding protein a / DDBa / Damage-specific DNA-binding protein 1 / ...DDB p127 subunit / DNA damage-binding protein a / DDBa / Damage-specific DNA-binding protein 1 / HBV X-associated protein 1 / XAP-1 / UV-damaged DNA-binding factor / UV-damaged DNA-binding protein 1 / UV-DDB 1 / XPE-binding factor / XPE-BF / Xeroderma pigmentosum group E-complementing protein / XPCe


分子量: 127097.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDB1, XAP1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q16531

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DNA鎖 , 2種, 2分子 NT

#14: DNA鎖 NTS


分子量: 16027.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#16: DNA鎖 TS


分子量: 15824.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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RNA鎖 , 1種, 1分子 P

#15: RNA鎖 RNA


分子量: 3264.036 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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DNA excision repair protein ERCC- ... , 2種, 2分子 ab

#17: タンパク質 DNA excision repair protein ERCC-8 / Cockayne syndrome WD repeat protein CSA


分子量: 44107.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERCC8, CKN1, CSA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q13216
#18: タンパク質 DNA excision repair protein ERCC-6 / ATP-dependent helicase ERCC6 / Cockayne syndrome protein CSB


分子量: 168945.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERCC6, CSB / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: Q03468, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与

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非ポリマー , 2種, 10分子

#20: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#21: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Pol II-CSB-CSA-DDB1-ELOF1 complex. / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#19 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 140 nm
撮影電子線照射量: 42 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 220655 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0150139
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.64568140
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d19.4797454
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.1027592
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0088470

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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