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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8b3d | |||||||||
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タイトル | Structure of the Pol II-TCR-ELOF1 complex. | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION / DNA repair / ubiquitin / cryo-EM | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 double-strand break repair via synthesis-dependent strand annealing / regulation of transcription-coupled nucleotide-excision repair / negative regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / nucleotide-excision repair complex / B-WICH complex / single strand break repair / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / DNA translocase activity / DNA protection / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell ...double-strand break repair via synthesis-dependent strand annealing / regulation of transcription-coupled nucleotide-excision repair / negative regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / nucleotide-excision repair complex / B-WICH complex / single strand break repair / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / DNA translocase activity / DNA protection / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA Polymerase I Transcription Termination / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Major Pathway / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / spindle assembly involved in female meiosis / response to superoxide / photoreceptor cell maintenance / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / UV-damage excision repair / reciprocal meiotic recombination / response to UV-B / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / RNA polymerase binding / ATP-dependent chromatin remodeler activity / biological process involved in interaction with symbiont / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / WD40-repeat domain binding / regulation of mitotic cell cycle phase transition / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / protein tyrosine kinase activator activity / : / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / RNA polymerase II complex binding / site of DNA damage / RNA Polymerase I Transcription Initiation / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / organelle membrane / cullin family protein binding / viral release from host cell / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / response to X-ray / pyrimidine dimer repair / transcription elongation by RNA polymerase I / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / ectopic germ cell programmed cell death / proteasomal protein catabolic process / positive regulation of viral genome replication / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / ATP-dependent activity, acting on DNA / protein autoubiquitination / transcription-coupled nucleotide-excision repair / RNA polymerase III activity / RNA polymerase II, core complex / translation elongation factor activity / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / RNA polymerase II activity / response to UV / JNK cascade / positive regulation of gluconeogenesis / translation initiation factor binding / positive regulation of DNA repair / helicase activity / neurogenesis / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / DNA damage checkpoint signaling / transcription elongation by RNA polymerase II 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Sus scrofa domesticus (ブタ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Kokic, G. / Cramer, P. | |||||||||
資金援助 | ドイツ, European Union, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of the Pol II-TCR-ELOF1 complex. 著者: Kokic, G. / Cramer, P. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8b3d.cif.gz | 2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8b3d.ent.gz | 1.6 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8b3d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8b3d_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8b3d_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8b3d_validation.xml.gz | 155.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8b3d_validation.cif.gz | 247.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b3/8b3d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b3/8b3d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 15825MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA-directed RNA polymerase ... , 6種, 6分子 ABCEFI
#1: タンパク質 | 分子量: 217450.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: A0A7M4DUC2, DNA-directed RNA polymerase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 133201.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: A0A0B8RVL1, DNA-directed RNA polymerase |
#3: タンパク質 | 分子量: 31439.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: A0A481DF93 |
#5: タンパク質 | 分子量: 24644.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: I3LSI7 |
#6: タンパク質 | 分子量: 14477.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: F1SKN8 |
#9: タンパク質 | 分子量: 14541.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: P60899 |
-RNA polymerase II subunit ... , 2種, 2分子 DL
#4: タンパク質 | 分子量: 16331.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287ADR4 |
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#12: タンパク質 | 分子量: 7018.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: I3LN51 |
-タンパク質 , 5種, 5分子 GKMcd
#7: タンパク質 | 分子量: 28095.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) |
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#11: タンパク質 | 分子量: 13310.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1UK25 |
#13: タンパク質 | 分子量: 9475.881 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOF1, hCG_29982 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A024R7E8 |
#19: タンパク質 | 分子量: 80721.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UVSSA, KIAA1530 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q2YD98 |
#20: タンパク質 | 分子量: 127097.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDB1, XAP1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q16531 |
-DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 2種, 2分子 HJ
#8: タンパク質 | 分子量: 17162.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1ULF2 |
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#10: タンパク質 | 分子量: 7655.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: A0A7K6NXI9 |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 NT
#14: DNA鎖 | 分子量: 16027.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) |
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#16: DNA鎖 | 分子量: 15824.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) |
-RNA鎖 , 1種, 1分子 P
#15: RNA鎖 | 分子量: 3264.036 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) |
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-DNA excision repair protein ERCC- ... , 2種, 2分子 ab
#17: タンパク質 | 分子量: 44107.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERCC8, CKN1, CSA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q13216 |
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#18: タンパク質 | 分子量: 168673.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERCC6, CSB / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) 参照: UniProt: Q03468, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 |
-非ポリマー , 4種, 14分子
#21: 化合物 | ChemComp-ZN / #22: 化合物 | #23: 化合物 | ChemComp-ADP / | #24: 化合物 | ChemComp-BEF / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Pol II-TCR-ELOF1 complex. / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#20 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 144 nm |
撮影 | 電子線照射量: 42 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 544306 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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