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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8b0j | ||||||
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タイトル | CryoEM structure of bacterial RNaseE.RapZ.GlmZ complex central to the control of cell envelope biogenesis | ||||||
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![]() | RNA BINDING PROTEIN / endonuclease RNase E / adaptor protein RapZ / small regulatory RNA GlmZ | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of RNA helicase activity / rRNA 5'-end processing / ribonuclease E / ribonuclease E activity / bacterial degradosome / RNA destabilization / endoribonuclease complex / DEAD/H-box RNA helicase binding / carbohydrate derivative binding / 7S RNA binding ...regulation of RNA helicase activity / rRNA 5'-end processing / ribonuclease E / ribonuclease E activity / bacterial degradosome / RNA destabilization / endoribonuclease complex / DEAD/H-box RNA helicase binding / carbohydrate derivative binding / 7S RNA binding / RNA catabolic process / tRNA processing / mRNA catabolic process / RNA nuclease activity / RNA processing / RNA endonuclease activity / cytoplasmic side of plasma membrane / rRNA processing / protein complex oligomerization / protein homotetramerization / tRNA binding / molecular adaptor activity / rRNA binding / GTP binding / magnesium ion binding / protein-containing complex / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.99 Å | ||||||
![]() | Islam, M.S. / Hardwick, H.W. / Chirgadze, D.Y. / Luisi, B.F. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of a bacterial ribonucleoprotein complex central to the control of cell envelope biogenesis. 著者: Md Saiful Islam / Steven W Hardwick / Laura Quell / Svetlana Durica-Mitic / Dimitri Y Chirgadze / Boris Görke / Ben F Luisi / ![]() ![]() 要旨: Biogenesis of the essential precursor of the bacterial cell envelope, glucosamine-6-phosphate (GlcN6P), is controlled by intricate post-transcriptional networks mediated by GlmZ, a small regulatory ...Biogenesis of the essential precursor of the bacterial cell envelope, glucosamine-6-phosphate (GlcN6P), is controlled by intricate post-transcriptional networks mediated by GlmZ, a small regulatory RNA (sRNA). GlmZ stimulates translation of the mRNA encoding GlcN6P synthtase in Escherichia coli, but when bound by RapZ protein, the sRNA becomes inactivated through cleavage by the endoribonuclease RNase E. Here, we report the cryoEM structure of the RapZ:GlmZ complex, revealing a complementary match of the RapZ tetrameric quaternary structure to structural repeats in the sRNA. The nucleic acid is contacted by RapZ mostly through a highly conserved domain that shares an evolutionary relationship with phosphofructokinase and suggests links between metabolism and riboregulation. We also present the structure of a precleavage intermediate formed between the binary RapZ:GlmZ complex and RNase E that reveals how GlmZ is presented and recognised by the enzyme. The structures provide a framework for understanding how other encounter complexes might guide recognition and action of endoribonucleases on target transcripts, and how structured substrates in polycistronic precursors may be recognised for processing by RNase E. #1: ![]() タイトル: Structure of a bacterial ribonucleoprotein complex central to the control of cell envelope biogenesis 著者: Islam, M.S. / Hardwick, S.W. / Quell, L. / Chirgadze, D.Y. / Gorke, B. / Luisi, B.F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 626.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 504.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 64.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 100.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 15785MC ![]() 8b0iC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32538.320 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 64518.363 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: RNA鎖 | | 分子量: 66061.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: 3D ARRAY / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: RapZ tetramer, GlmZ stem loops I & II / タイプ: COMPLEX / 詳細: In vitro reconstituted RapZ and GlmZ complex / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 25 mM HEPES pH 7.5, 300 KCl, and 1 mM MgCl2 |
試料 | 濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス(公称値): 300 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 100 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 47.3 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 286172 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.99 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 33595 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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