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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8b0f | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of C5b8-CD59 | |||||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / Complement / inhibitor / complex / pore-forming | |||||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of activation of membrane attack complex / Terminal pathway of complement / membrane attack complex / complement binding / regulation of complement-dependent cytotoxicity / regulation of complement activation / Activation of C3 and C5 / negative regulation of macrophage chemotaxis / Cargo concentration in the ER / complement activation, alternative pathway ...negative regulation of activation of membrane attack complex / Terminal pathway of complement / membrane attack complex / complement binding / regulation of complement-dependent cytotoxicity / regulation of complement activation / Activation of C3 and C5 / negative regulation of macrophage chemotaxis / Cargo concentration in the ER / complement activation, alternative pathway / complement activation / chemokine activity / COPII-mediated vesicle transport / retinol binding / endopeptidase inhibitor activity / tertiary granule membrane / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / COPI-mediated anterograde transport / specific granule membrane / positive regulation of chemokine production / transport vesicle / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / Peptide ligand-binding receptors / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / ER to Golgi transport vesicle membrane / chemotaxis / positive regulation of immune response / extracellular vesicle / blood coagulation / G alpha (i) signalling events / in utero embryonic development / vesicle / killing of cells of another organism / cell surface receptor signaling pathway / blood microparticle / inflammatory response / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / Golgi membrane / innate immune response / focal adhesion / signaling receptor binding / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum membrane / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | |||||||||
![]() | Bubeck, D. / Couves, E.C. / Gardner, S. | |||||||||
資金援助 | European Union, ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for membrane attack complex inhibition by CD59. 著者: Emma C Couves / Scott Gardner / Tomas B Voisin / Jasmine K Bickel / Phillip J Stansfeld / Edward W Tate / Doryen Bubeck / ![]() 要旨: CD59 is an abundant immuno-regulatory receptor that protects human cells from damage during complement activation. Here we show how the receptor binds complement proteins C8 and C9 at the membrane to ...CD59 is an abundant immuno-regulatory receptor that protects human cells from damage during complement activation. Here we show how the receptor binds complement proteins C8 and C9 at the membrane to prevent insertion and polymerization of membrane attack complex (MAC) pores. We present cryo-electron microscopy structures of two inhibited MAC precursors known as C5b8 and C5b9. We discover that in both complexes, CD59 binds the pore-forming β-hairpins of C8 to form an intermolecular β-sheet that prevents membrane perforation. While bound to C8, CD59 deflects the cascading C9 β-hairpins, rerouting their trajectory into the membrane. Preventing insertion of C9 restricts structural transitions of subsequent monomers and indirectly halts MAC polymerization. We combine our structural data with cellular assays and molecular dynamics simulations to explain how the membrane environment impacts the dual roles of CD59 in controlling pore formation of MAC, and as a target of bacterial virulence factors which hijack CD59 to lyse human cells. #1: ![]() 年: 2018 タイトル: Real-space refinement in PHENIX for cryo-EM and crystallography 著者: Afonine, P.V. / Poon, B.K. / Read, R.J. / Sobolev, O.V. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Adams, P.D. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 110.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 171.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 15779MC ![]() 8b0gC ![]() 8b0hC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AG
#1: タンパク質 | 分子量: 188512.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#7: タンパク質 | 分子量: 13355.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-Complement component ... , 5種, 5分子 BCDEF
#2: タンパク質 | 分子量: 104918.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#3: タンパク質 | 分子量: 93625.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 67136.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#5: タンパク質 | 分子量: 65239.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#6: タンパク質 | 分子量: 22302.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-糖 , 3種, 4分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#8: 多糖 | #9: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #11: 糖 | ChemComp-NAG / | |
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-非ポリマー , 1種, 2分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
#10: 化合物 |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 294 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 900 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 9.8 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 12805 |
画像スキャン | 横: 4096 / 縦: 4096 |
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解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1138825 詳細: CrYOLO neural network based particle picking, standard model, low threshold (0.01). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 206782 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 87 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL 詳細: Initial rigid body fits were performed using UCSF Chimera and UCSF ChimeraX. Carbohydrates were added using Coot. Models were refined iteratively using Isolde and Phenix Real Space Refine. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 86.95 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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