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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8aw5 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of heme A synthase trimer from Aquifex aeolicus | |||||||||
要素 | Heme O oxygenase | |||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Heme A synthase / Oligomerization / Function / Heme A | |||||||||
機能・相同性 | COX15/CtaA family / Cytochrome oxidase assembly protein / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, heme protein as acceptor / heme A biosynthetic process / membrane / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-POV / Heme O oxygenase 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Hui, Z. / Guoliang, Z. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of heme A synthase trimer from Aquifex aeolicus 著者: Hui, Z. / Guoliang, Z. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8aw5.cif.gz | 162.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8aw5.ent.gz | 130.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8aw5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8aw5_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8aw5_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8aw5_validation.xml.gz | 43.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8aw5_validation.cif.gz | 56.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/8aw5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/8aw5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 15691MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34984.523 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア) 株: VF5 / 遺伝子: ctaA, aq_153 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O66543 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-POV / ( 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: 3D ARRAY / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Heme A synthase with cofactor Heme B / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||
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由来(天然) | 生物種: Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア) | |||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: Top10 | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 3.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Homemade | |||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: OTHER / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 165000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1100 nm / Calibrated defocus min: 1200 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 70 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 462000 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 72435 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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