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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8atg | |||||||||
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タイトル | Pentameric ligand-gated ion channel GLIC with bound lipids | |||||||||
要素 | Proton-gated ion channel | |||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / GLIC / ion channel / pentameric channel / proton-gated channel | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sodium channel activity / potassium channel activity / transmembrane transporter complex / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Gloeobacter violaceus (バクテリア) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Bergh, C. / Rovsnik, U. / Howard, R.J. / Lindahl, E. | |||||||||
資金援助 | スウェーデン, 2件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2024 タイトル: Discovery of lipid binding sites in a ligand-gated ion channel by integrating simulations and cryo-EM. 著者: Cathrine Bergh / Urška Rovšnik / Rebecca Howard / Erik Lindahl / 要旨: Ligand-gated ion channels transduce electrochemical signals in neurons and other excitable cells. Aside from canonical ligands, phospholipids are thought to bind specifically to the transmembrane ...Ligand-gated ion channels transduce electrochemical signals in neurons and other excitable cells. Aside from canonical ligands, phospholipids are thought to bind specifically to the transmembrane domain of several ion channels. However, structural details of such lipid contacts remain elusive, partly due to limited resolution of these regions in experimental structures. Here, we discovered multiple lipid interactions in the channel GLIC by integrating cryo-electron microscopy and large-scale molecular simulations. We identified 25 bound lipids in the GLIC closed state, a conformation where none, to our knowledge, were previously known. Three lipids were associated with each subunit in the inner leaflet, including a buried interaction disrupted in mutant simulations. In the outer leaflet, two intrasubunit sites were evident in both closed and open states, while a putative intersubunit site was preferred in open-state simulations. This work offers molecular details of GLIC-lipid contacts particularly in the ill-characterized closed state, testable hypotheses for state-dependent binding, and a multidisciplinary strategy for modeling protein-lipid interactions. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8atg.cif.gz | 293.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8atg.ent.gz | 240.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8atg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8atg_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8atg_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8atg_validation.xml.gz | 64.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8atg_validation.cif.gz | 83.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/8atg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/8atg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 15649MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36291.750 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Gloeobacter violaceus (バクテリア) 株: ATCC 29082 / PCC 7421 / 遺伝子: glvI, glr4197 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7NDN8 #2: 化合物 | ChemComp-POV / ( 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Pentameric ligand-gated ion channel / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Gloeobacter violaceus (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 25 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 2200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C5 (5回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 16000 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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