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- PDB-8asp: RCII/PSI complex, focused refinement of PSI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8asp
タイトルRCII/PSI complex, focused refinement of PSI
要素
  • (Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ...) x 2
  • (Photosystem I reaction center subunit ...) x 8
  • Photosystem I iron-sulfur center
キーワードPHOTOSYNTHESIS / photosystem / assembly factor / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane-derived photosystem I / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity ...plasma membrane-derived photosystem I / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / electron transfer activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / : / Photosystem I psaG / psaK ...Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / : / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
beta,beta-carotene-4,4'-dione / BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A ISOMER / CHLOROPHYLL A / beta,beta-caroten-4-one / (3'R)-3'-hydroxy-beta,beta-caroten-4-one / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER ...beta,beta-carotene-4,4'-dione / BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A ISOMER / CHLOROPHYLL A / beta,beta-caroten-4-one / (3'R)-3'-hydroxy-beta,beta-caroten-4-one / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Chem-ZEX / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit XI / Photosystem I reaction center subunit PsaK 1 / Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit VIII
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Zhao, Z. / Vercellino, I. / Knoppova, J. / Sobotka, R. / Murray, J.W. / Nixon, P.J. / Sazanov, L.A. / Komenda, J.
資金援助 英国, European Union, チェコ, 5件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/L003260/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/P00931X/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/P00931X/1 英国
European Research Council (ERC)854126European Union
Czech Science Foundation19-29225X チェコ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: The Ycf48 accessory factor occupies the site of the oxygen-evolving manganese cluster during photosystem II biogenesis.
著者: Ziyu Zhao / Irene Vercellino / Jana Knoppová / Roman Sobotka / James W Murray / Peter J Nixon / Leonid A Sazanov / Josef Komenda /
要旨: Robust oxygenic photosynthesis requires a suite of accessory factors to ensure efficient assembly and repair of the oxygen-evolving photosystem two (PSII) complex. The highly conserved Ycf48 assembly ...Robust oxygenic photosynthesis requires a suite of accessory factors to ensure efficient assembly and repair of the oxygen-evolving photosystem two (PSII) complex. The highly conserved Ycf48 assembly factor binds to the newly synthesized D1 reaction center polypeptide and promotes the initial steps of PSII assembly, but its binding site is unclear. Here we use cryo-electron microscopy to determine the structure of a cyanobacterial PSII D1/D2 reaction center assembly complex with Ycf48 attached. Ycf48, a 7-bladed beta propeller, binds to the amino-acid residues of D1 that ultimately ligate the water-oxidising MnCaO cluster, thereby preventing the premature binding of Mn and Ca ions and protecting the site from damage. Interactions with D2 help explain how Ycf48 promotes assembly of the D1/D2 complex. Overall, our work provides valuable insights into the early stages of PSII assembly and the structural changes that create the binding site for the MnCaO cluster.
履歴
登録2022年8月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
a: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
b: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
c: Photosystem I iron-sulfur center
d: Photosystem I reaction center subunit II
e: Photosystem I reaction center subunit IV
f: Photosystem I reaction center subunit III
i: Photosystem I reaction center subunit VIII
j: Photosystem I reaction center subunit IX
k: Photosystem I reaction center subunit PsaK 1
l: Photosystem I reaction center subunit XI
m: Photosystem I reaction center subunit XII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)360,600145
ポリマ－253,09711
非ポリマー107,503134
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area210850 Å2
ΔGint-1564 kcal/mol
Surface area63320 Å2
手法PISA

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要素

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Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 2分子 ab

#1: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / PsaA


分子量: 83036.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: psaA, slr1834 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株 (発現宿主): His-D2/DeltaCP47 / 参照: UniProt: P29254, photosystem I
#2: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / PsaB


分子量: 81369.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: psaB, slr1835 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株 (発現宿主): His-D2/DeltaCP47 / 参照: UniProt: P29255, photosystem I

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Photosystem I reaction center subunit ... , 8種, 8分子 defijklm

#4: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I 16 kDa polypeptide / PSI-D


分子量: 15663.749 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: psaD, slr0737 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株 (発現宿主): His-D2/DeltaCP47 / 参照: UniProt: P19569
#5: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I 8.1 kDa protein / p30 protein


分子量: 8154.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: psaE, ssr2831 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株 (発現宿主): His-D2/DeltaCP47 / 参照: UniProt: P12975
#6: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit III / PSI-F


分子量: 18267.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: psaF, sll0819 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株 (発現宿主): His-D2/DeltaCP47 / 参照: UniProt: P29256
#7: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit VIII


分子量: 4414.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: psaI, smr0004 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株 (発現宿主): His-D2/DeltaCP47 / 参照: UniProt: Q55330
#8: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit IX


分子量: 4535.415 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: psaJ, sml0008 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株 (発現宿主): His-D2/DeltaCP47 / 参照: UniProt: Q55329
#9: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit PsaK 1 / Photosystem I subunit X 1


分子量: 8805.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: psaK1, psaK, ssr0390 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株 (発現宿主): His-D2/DeltaCP47 / 参照: UniProt: P72712
#10: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit XI / PSI subunit V / PSI-L


分子量: 16631.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: psaL, slr1655 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株 (発現宿主): His-D2/DeltaCP47 / 参照: UniProt: P37277
#11: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit XII / PSI-M


分子量: 3382.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: psaM, smr0005 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株 (発現宿主): His-D2/DeltaCP47 / 参照: UniProt: P72986

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 c

#23: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#3: タンパク質 Photosystem I iron-sulfur center / 9 kDa polypeptide / PSI-C / Photosystem I subunit VII / PsaC


分子量: 8837.261 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: psaC, ssl0563 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株 (発現宿主): His-D2/DeltaCP47 / 参照: UniProt: P32422, photosystem I

-
非ポリマー , 11種, 133分子

#12: 化合物 ChemComp-CL0 / CHLOROPHYLL A ISOMER


分子量: 893.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#13: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#14: 化合物 ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン


分子量: 450.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2
#15: 化合物
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#16: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#17: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#18: 化合物 ChemComp-45D / beta,beta-carotene-4,4'-dione / Isomer of Canthaxanthin / カンタキサンチン


分子量: 564.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H52O2
#19: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#20: 化合物 ChemComp-ECH / beta,beta-caroten-4-one / echinenone / (9′Z)-β-エキネノン


分子量: 550.856 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H54O
#21: 化合物 ChemComp-EQ3 / (3'R)-3'-hydroxy-beta,beta-caroten-4-one / 3'-Hydroxyechinenone / 3'-OH-Echinenone / 3′-ヒドロキシエキネノン


分子量: 566.856 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H54O2
#22: 化合物 ChemComp-ZEX / (1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl]-3,7,12,16-tetramethyloctadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaen-1-yl}-2,5,5-trimethylcyclohex-3-en-1-ol


分子量: 568.871 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O2

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: RCII/PSI complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#8, #11 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株: His-D2/DeltaCP47
由来(組換発現)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株: His-D2/DeltaCP47
緩衝液pH: 6.5
試料濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 120000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Calibrated defocus min: 1000 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 90.9 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2853

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
2EPU画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7PHENIX1.19モデルフィッティングphenix.dock_in_map
9PHENIX1.19モデル精密化phenix.real_space_refine
10RELION3初期オイラー角割当
11RELION3最終オイラー角割当
12RELION3分類
13RELION3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1250000
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 178513 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 3 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient
原子モデル構築
IDPDB-IDPDB chain-ID 3D fitting-ID
16WJ6

6wj6

A1
26WJ6

6wj6

D1
36WJ6

6wj6

E1
46WJ6

6wj6

F1
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6wj6

I1
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5oy0

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155OY0

5oy0

l1
162XBG

2xbg

S1
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00325941
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.59936658
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d18.1174602
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.043139
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0054616

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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