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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8apl | ||||||||||||||||||
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タイトル | Vaccinia virus DNA helicase D5 residues 323-785 hexamer with bound DNA processed in C6 | ||||||||||||||||||
要素 | Primase D5 | ||||||||||||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / DNA helicase / D5_N domain / DUF5906 domain / Pox_D5 domain / SF3 helicase | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / host cell cytoplasm / hydrolase activity / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Vaccinia virus Copenhagen (ウイルス) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Burmeister, W.P. / Hutin, S. / Ling, W.L. / Grimm, C. / Schoehn, G. | ||||||||||||||||||
資金援助 | フランス, 5件
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引用 | ジャーナル: Viruses / 年: 2022 タイトル: The Vaccinia Virus DNA Helicase Structure from Combined Single-Particle Cryo-Electron Microscopy and AlphaFold2 Prediction. 著者: Stephanie Hutin / Wai Li Ling / Nicolas Tarbouriech / Guy Schoehn / Clemens Grimm / Utz Fischer / Wim P Burmeister / 要旨: Poxviruses are large DNA viruses with a linear double-stranded DNA genome circularized at the extremities. The helicase-primase D5, composed of six identical 90 kDa subunits, is required for DNA ...Poxviruses are large DNA viruses with a linear double-stranded DNA genome circularized at the extremities. The helicase-primase D5, composed of six identical 90 kDa subunits, is required for DNA replication. D5 consists of a primase fragment flexibly attached to the hexameric C-terminal polypeptide (res. 323-785) with confirmed nucleotide hydrolase and DNA-binding activity but an elusive helicase activity. We determined its structure by single-particle cryo-electron microscopy. It displays an AAA+ helicase core flanked by N- and C-terminal domains. Model building was greatly helped by the predicted structure of D5 using AlphaFold2. The 3.9 Å structure of the N-terminal domain forms a well-defined tight ring while the resolution decreases towards the C-terminus, still allowing the fit of the predicted structure. The N-terminal domain is partially present in papillomavirus E1 and polyomavirus LTA helicases, as well as in a bacteriophage NrS-1 helicase domain, which is also closely related to the AAA+ helicase domain of D5. Using the Pfam domain database, a D5_N domain followed by DUF5906 and Pox_D5 domains could be assigned to the cryo-EM structure, providing the first 3D structures for D5_N and Pox_D5 domains. The same domain organization has been identified in a family of putative helicases from large DNA viruses, bacteriophages, and selfish DNA elements. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8apl.cif.gz | 563.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8apl.ent.gz | 392 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8apl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8apl_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8apl_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8apl_validation.xml.gz | 81.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8apl_validation.cif.gz | 121.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/8apl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/8apl | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 15574MC 8apmC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53495.285 Da / 分子数: 6 / 変異: L221A, D222M / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Vaccinia virus Copenhagen (ウイルス) 株: Copenhagen / 遺伝子: D5R / 細胞株 (発現宿主): Sf21 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P21010, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: D5 C-terminal fragment res. 323 - res. 785 / タイプ: COMPLEX / 詳細: construct / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.321 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Vaccinia virus Copenhagen (ウイルス) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株: SF21 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.24 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: The sample contained also a dsDNA oligomer in a close to stoechiometric concentration not visible in this structure. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI POLARA 300 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Calibrated defocus min: 1500 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 3000 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 1 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 830 |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 1.21 µm / 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40 |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 202659 / 詳細: Using 2D templates | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C6 (6回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 28425 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 152 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 206.73 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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