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- PDB-8am5: RCII/PSI complex, class 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8am5
タイトルRCII/PSI complex, class 3
要素
  • (Cytochrome b559 subunit ...) x 2
  • (Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ...光化学系I) x 2
  • (Photosystem I reaction center subunit ...光化学系I) x 8
  • (Photosystem II ...光化学系II) x 4
  • Photosystem I iron-sulfur center光化学系I
キーワードPHOTOSYNTHESIS (光合成) / photosystem / assembly factor / membrane protein (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane-derived thylakoid photosystem II / plasma membrane-derived photosystem I / チラコイド / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / 光化学系II / photosystem II reaction center / photosystem I reaction center / 光化学系I / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor ...plasma membrane-derived thylakoid photosystem II / plasma membrane-derived photosystem I / チラコイド / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / 光化学系II / photosystem II reaction center / photosystem I reaction center / 光化学系I / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / 光化学系I / response to herbicide / 光化学系II / photosynthetic electron transport in photosystem I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / 光合成 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / magnesium ion binding / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosynthesis system II assembly factor Ycf48/Hcf136 / Photosynthesis system II assembly factor Ycf48/Hcf136-like domain / Photosynthesis system II assembly factor YCF48 / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. ...Photosynthesis system II assembly factor Ycf48/Hcf136 / Photosynthesis system II assembly factor Ycf48/Hcf136-like domain / Photosynthesis system II assembly factor YCF48 / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem II PsbI / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaD / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
beta,beta-carotene-4,4'-dione / Β-カロテン / CHLOROPHYLL A ISOMER / クロロフィルa / beta,beta-caroten-4-one / (3'R)-3'-hydroxy-beta,beta-caroten-4-one / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE ...beta,beta-carotene-4,4'-dione / Β-カロテン / CHLOROPHYLL A ISOMER / クロロフィルa / beta,beta-caroten-4-one / (3'R)-3'-hydroxy-beta,beta-caroten-4-one / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / フェオフィチン / フィロキノン / 鉄・硫黄クラスター / Chem-ZEX / Cytochrome b559 subunit alpha / Cytochrome b559 subunit beta / Photosystem II D2 protein / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem II protein D1 2 / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit XI / Photosystem I reaction center subunit PsaK 1 / Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem II assembly lipoprotein Ycf48 / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit VIII
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Zhao, Z. / Vercellino, I. / Knoppova, J. / Sobotka, R. / Murray, J.W. / Nixon, P.J. / Sazanov, L.A. / Komenda, J.
資金援助 英国, European Union, チェコ, 5件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/L003260/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/P00931X/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/P00931X/1 英国
European Research Council (ERC)854126European Union
Czech Science Foundation19-29225X チェコ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: The Ycf48 accessory factor occupies the site of the oxygen-evolving manganese cluster during photosystem II biogenesis.
著者: Ziyu Zhao / Irene Vercellino / Jana Knoppová / Roman Sobotka / James W Murray / Peter J Nixon / Leonid A Sazanov / Josef Komenda /
要旨: Robust oxygenic photosynthesis requires a suite of accessory factors to ensure efficient assembly and repair of the oxygen-evolving photosystem two (PSII) complex. The highly conserved Ycf48 assembly ...Robust oxygenic photosynthesis requires a suite of accessory factors to ensure efficient assembly and repair of the oxygen-evolving photosystem two (PSII) complex. The highly conserved Ycf48 assembly factor binds to the newly synthesized D1 reaction center polypeptide and promotes the initial steps of PSII assembly, but its binding site is unclear. Here we use cryo-electron microscopy to determine the structure of a cyanobacterial PSII D1/D2 reaction center assembly complex with Ycf48 attached. Ycf48, a 7-bladed beta propeller, binds to the amino-acid residues of D1 that ultimately ligate the water-oxidising MnCaO cluster, thereby preventing the premature binding of Mn and Ca ions and protecting the site from damage. Interactions with D2 help explain how Ycf48 promotes assembly of the D1/D2 complex. Overall, our work provides valuable insights into the early stages of PSII assembly and the structural changes that create the binding site for the MnCaO cluster.
履歴
登録2022年8月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photosystem II protein D1 2
D: Photosystem II D2 protein
E: Cytochrome b559 subunit alpha
F: Cytochrome b559 subunit beta
I: Photosystem II reaction center protein I
S: Photosystem II assembly lipoprotein Ycf48
a: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
b: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
c: Photosystem I iron-sulfur center
d: Photosystem I reaction center subunit II
e: Photosystem I reaction center subunit IV
f: Photosystem I reaction center subunit III
i: Photosystem I reaction center subunit VIII
j: Photosystem I reaction center subunit IX
k: Photosystem I reaction center subunit PsaK 1
l: Photosystem I reaction center subunit XI
m: Photosystem I reaction center subunit XII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)501,413163
ポリマ－385,06017
非ポリマー116,353146
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area244690 Å2
ΔGint-1874 kcal/mol
Surface area100990 Å2
手法PISA

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要素

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Photosystem II ... , 4種, 4分子 ADIS

#1: タンパク質 Photosystem II protein D1 2 / 光化学系II / PSII D1 protein 2 / Photosystem II Q(B) protein 2


分子量: 38280.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PsbA2
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: psbA2, psbA-2, slr1311, psbA3, psbA-3, sll1867 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株 (発現宿主): His-D2/DeltaCP47 / 参照: UniProt: P16033, 光化学系II
#2: タンパク質 Photosystem II D2 protein / 光化学系II / PSII D2 protein / Photosystem Q(A) protein


分子量: 37816.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PsbD
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: psbD, sll0849 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株 (発現宿主): His-D2/DeltaCP47 / 参照: UniProt: P09192, 光化学系II
#5: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein I / 光化学系II / PSII-I / PSII 4.4 kDa protein


分子量: 4310.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: psbI, sml0001 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株 (発現宿主): His-D2/DeltaCP47 / 参照: UniProt: Q54697
#6: タンパク質 Photosystem II assembly lipoprotein Ycf48 / 光化学系II


分子量: 37321.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: ycf48, slr2034 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株 (発現宿主): His-D2/DeltaCP47 / 参照: UniProt: P73069

-
Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 2分子 EF

#3: タンパク質 Cytochrome b559 subunit alpha / / PSII reaction center subunit V


分子量: 9454.577 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: psbE, ssr3451 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株 (発現宿主): His-D2/DeltaCP47 / 参照: UniProt: P09190
#4: タンパク質・ペプチド Cytochrome b559 subunit beta / / PSII reaction center subunit VI


分子量: 4935.784 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: psbF, smr0006 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株 (発現宿主): His-D2/DeltaCP47 / 参照: UniProt: P09191

-
Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 2分子 ab

#7: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / 光化学系I / PsaA


分子量: 83036.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: psaA, slr1834 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株 (発現宿主): His-D2/DeltaCP47 / 参照: UniProt: P29254, 光化学系I
#8: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / 光化学系I / PsaB


分子量: 81369.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: psaB, slr1835 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株 (発現宿主): His-D2/DeltaCP47 / 参照: UniProt: P29255, 光化学系I

-
Photosystem I reaction center subunit ... , 8種, 8分子 defijklm

#10: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit II / 光化学系I / Photosystem I 16 kDa polypeptide / PSI-D


分子量: 15663.749 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: psaD, slr0737 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株 (発現宿主): His-D2/DeltaCP47 / 参照: UniProt: P19569
#11: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit IV / 光化学系I / Photosystem I 8.1 kDa protein / p30 protein


分子量: 8154.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: psaE, ssr2831 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株 (発現宿主): His-D2/DeltaCP47 / 参照: UniProt: P12975
#12: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit III / 光化学系I / PSI-F


分子量: 18267.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: psaF, sll0819 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株 (発現宿主): His-D2/DeltaCP47 / 参照: UniProt: P29256
#13: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit VIII / 光化学系I


分子量: 4414.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: psaI, smr0004 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株 (発現宿主): His-D2/DeltaCP47 / 参照: UniProt: Q55330
#14: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit IX / 光化学系I


分子量: 4535.415 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: psaJ, sml0008 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株 (発現宿主): His-D2/DeltaCP47 / 参照: UniProt: Q55329
#15: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit PsaK 1 / 光化学系I / Photosystem I subunit X 1


分子量: 8649.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: psaK1, psaK, ssr0390 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株 (発現宿主): His-D2/DeltaCP47 / 参照: UniProt: P72712
#16: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit XI / 光化学系I / PSI subunit V / PSI-L


分子量: 16631.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PsaL
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: psaL, slr1655 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株 (発現宿主): His-D2/DeltaCP47 / 参照: UniProt: P37277
#17: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit XII / 光化学系I / PSI-M


分子量: 3382.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: psaM, smr0005 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株 (発現宿主): His-D2/DeltaCP47 / 参照: UniProt: P72986

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 c

#32: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#9: タンパク質 Photosystem I iron-sulfur center / 光化学系I / 9 kDa polypeptide / PSI-C / Photosystem I subunit VII / PsaC


分子量: 8837.261 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: psaC, ssl0563 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株 (発現宿主): His-D2/DeltaCP47 / 参照: UniProt: P32422, 光化学系I

-
非ポリマー , 14種, 145分子

#18: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#19: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A / クロロフィルa


分子量: 893.489 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#20: 化合物 ChemComp-PHO / PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略) / フェオフィチン


分子量: 871.200 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74N4O5
#21: 化合物
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン / Β-カロテン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#22: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#23: 化合物 ChemComp-CL0 / CHLOROPHYLL A ISOMER / クロロフィルa


分子量: 893.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#24: 化合物 ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン / フィロキノン


分子量: 450.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2
#25: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#26: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / Phosphatidylglycerol


分子量: 722.970 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#27: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#28: 化合物 ChemComp-45D / beta,beta-carotene-4,4'-dione / Isomer of Canthaxanthin / カンタキサンチン / カンタキサンチン


分子量: 564.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H52O2
#29: 化合物 ChemComp-ECH / beta,beta-caroten-4-one / echinenone / (9′Z)-β-エキネノン / Echinenone


分子量: 550.856 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H54O
#30: 化合物 ChemComp-EQ3 / (3'R)-3'-hydroxy-beta,beta-caroten-4-one / 3'-Hydroxyechinenone / 3'-OH-Echinenone / 3′-ヒドロキシエキネノン / 3'-Hydroxyechinenone


分子量: 566.856 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H54O2
#31: 化合物 ChemComp-ZEX / (1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl]-3,7,12,16-tetramethyloctadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaen-1-yl}-2,5,5-trimethylcyclohex-3-en-1-ol


分子量: 568.871 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O2

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: RCII/PSI complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #3, #5-#15, #17 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株: His-D2/DeltaCP47
由来(組換発現)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株: His-D2/DeltaCP47
緩衝液pH: 6.5
試料濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 120000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Calibrated defocus min: 1000 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 90.9 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2853

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
2EPU画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7PHENIX1.19モデルフィッティングphenix.dock_in_map
9RELION3初期オイラー角割当
10RELION3最終オイラー角割当
11RELION3分類
12RELION3３次元再構成
13PHENIX1.19モデル精密化phenix.real_space_refine
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1250000
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 178513 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 3 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDPDB chain-IDAccession codeChain-ID
16WJ6

6wj6

A6WJ6A
26WJ6

6wj6

D6WJ6D
36WJ6

6wj6

E6WJ6E
46WJ6

6wj6

F6WJ6F
56WJ6

6wj6

I6WJ6I
65OY0

5oy0

a5OY0a
75OY0

5oy0

b5OY0b
85OY0

5oy0

c5OY0c
95OY0

5oy0

d5OY0d
105OY0

5oy0

e5OY0e
115OY0

5oy0

f5OY0f
125OY0

5oy0

j5OY0j
135OY0

5oy0

k5OY0k
145OY0

5oy0

l5OY0l
155OY0

5oy0

l5OY0l
162XBG

2xbg

S2XBGS
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00334395
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.56348293
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d16.7235798
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.044326
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0046078

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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