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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8age | |||||||||
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タイトル | Structure of yeast oligosaccharylransferase complex with acceptor peptide bound | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE / N-glycosylation OST complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oligosaccharyltransferase I complex / oligosaccharyltransferase complex / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase activity / protein N-linked glycosylation via asparagine / protein N-linked glycosylation / post-translational protein modification / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Ramirez, A.S. / de Capitani, M. / Pesciullesi, G. / Kowal, J. / Bloch, J.S. / Irobalieva, R.N. / Aebi, M. / Reymond, J.L. / Locher, K.P. | |||||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Molecular basis for glycan recognition and reaction priming of eukaryotic oligosaccharyltransferase. 著者: Ana S Ramírez / Mario de Capitani / Giorgio Pesciullesi / Julia Kowal / Joël S Bloch / Rossitza N Irobalieva / Jean-Louis Reymond / Markus Aebi / Kaspar P Locher / 要旨: Oligosaccharyltransferase (OST) is the central enzyme of N-linked protein glycosylation. It catalyzes the transfer of a pre-assembled glycan, GlcNAcManGlc, from a dolichyl-pyrophosphate donor to ...Oligosaccharyltransferase (OST) is the central enzyme of N-linked protein glycosylation. It catalyzes the transfer of a pre-assembled glycan, GlcNAcManGlc, from a dolichyl-pyrophosphate donor to acceptor sites in secretory proteins in the lumen of the endoplasmic reticulum. Precise recognition of the fully assembled glycan by OST is essential for the subsequent quality control steps of glycoprotein biosynthesis. However, the molecular basis of the OST-donor glycan interaction is unknown. Here we present cryo-EM structures of S. cerevisiae OST in distinct functional states. Our findings reveal that the terminal glucoses (Glc) of a chemo-enzymatically generated donor glycan analog bind to a pocket formed by the non-catalytic subunits WBP1 and OST2. We further find that binding either donor or acceptor substrate leads to distinct primed states of OST, where subsequent binding of the other substrate triggers conformational changes required for catalysis. This alternate priming allows OST to efficiently process closely spaced N-glycosylation sites. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8age.cif.gz | 411.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8age.ent.gz | 325.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8age.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8age_validation.pdf.gz | 2.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8age_full_validation.pdf.gz | 2.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8age_validation.xml.gz | 74.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8age_validation.cif.gz | 105.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/8age ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/8age | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 15421MC 4161C 6eznC 8agbC 8agcC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit ... , 6種, 6分子 ACDEFG
#1: タンパク質 | 分子量: 81604.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: STT3, YGL022W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 参照: UniProt: P39007, dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase |
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#3: タンパク質 | 分子量: 9525.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: OST5, YGL226C-A, YGL226BC / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q92316 |
#4: タンパク質 | 分子量: 14712.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: OST2, GI527_G0005476 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A8H4BUV6 |
#5: タンパク質 | 分子量: 54116.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: OST1, GI527_G0003255 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PXA1 |
#6: タンパク質 | 分子量: 31340.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: SWP1, GI527_G0004591 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6V8S2Y6 |
#7: タンパク質 | 分子量: 49444.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: WBP1, GI527_G0001785 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A8H8ULL1 |
-タンパク質 , 2種, 2分子 BH
#2: タンパク質 | 分子量: 6871.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: OST4, GI527_G0000704 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A8H8UM72 |
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#8: タンパク質 | 分子量: 39518.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: OST3, GI527_G0005459 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q3S9 |
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 P
#9: タンパク質・ペプチド | 分子量: 696.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
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-糖 , 3種, 5分子
#10: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||
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#11: 多糖 | #16: 糖 | |
-非ポリマー , 6種, 24分子
#12: 化合物 | ChemComp-MN / | ||||||||
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#13: 化合物 | ChemComp-CPL / #14: 化合物 | ChemComp-PTY / | #15: 化合物 | ChemComp-KZB / ( #17: 化合物 | ChemComp-323 / | #18: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Yeast OST complex with acceptor peptide bound / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #2-#5, #7-#8 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 0.284 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 600 nm |
撮影 | 電子線照射量: 48.4 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 72993 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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