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万見
- PDB-8afw: Tube assembly of Atg18-WT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8afw
タイトルTube assembly of Atg18-WT
要素Autophagy-related protein 18
キーワードMEMBRANE PROTEIN / autophagy / membrane remodeling / PIP binding / PI3P / PI(3 / 5)P2 / lipid binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of phosphatidylinositol biosynthetic process / PAS complex / 1-phosphatidyl-1D-myo-inositol 3,5-bisphosphate metabolic process / phagophore / positive regulation of vacuole organization / vacuolar protein processing / Macroautophagy / glycophagy / autophagy of peroxisome / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway ...regulation of phosphatidylinositol biosynthetic process / PAS complex / 1-phosphatidyl-1D-myo-inositol 3,5-bisphosphate metabolic process / phagophore / positive regulation of vacuole organization / vacuolar protein processing / Macroautophagy / glycophagy / autophagy of peroxisome / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway / nucleophagy / pexophagy / protein localization to phagophore assembly site / phagophore assembly site membrane / late endosome to vacuole transport / piecemeal microautophagy of the nucleus / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / fungal-type vacuole membrane / phagophore assembly site / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / vacuolar membrane / extrinsic component of membrane / autophagy of mitochondrion / autophagosome assembly / ubiquitin binding / cell periphery / macroautophagy / endosome membrane / endosome / protein-containing complex / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / PROPPIN / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Autophagy-related protein 18
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Mann, D. / Fromm, S. / Martinez-Sanchez, A. / Gopaldass, N. / Mayer, A. / Sachse, C.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Helmholtz Association ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Atg18 oligomer organization in assembled tubes and on lipid membrane scaffolds.
著者: Daniel Mann / Simon A Fromm / Antonio Martinez-Sanchez / Navin Gopaldass / Ramona Choy / Andreas Mayer / Carsten Sachse /
要旨: Autophagy-related protein 18 (Atg18) participates in the elongation of early autophagosomal structures in concert with Atg2 and Atg9 complexes. How Atg18 contributes to the structural coordination of ...Autophagy-related protein 18 (Atg18) participates in the elongation of early autophagosomal structures in concert with Atg2 and Atg9 complexes. How Atg18 contributes to the structural coordination of Atg2 and Atg9 at the isolation membrane remains to be understood. Here, we determined the cryo-EM structures of Atg18 organized in helical tubes, Atg18 oligomers in solution as well as on lipid membrane scaffolds. The helical assembly is composed of Atg18 tetramers forming a lozenge cylindrical lattice with remarkable structural similarity to the COPII outer coat. When reconstituted with lipid membranes, using subtomogram averaging we determined tilted Atg18 dimer structures bridging two juxtaposed lipid membranes spaced apart by 80 Å. Moreover, lipid reconstitution experiments further delineate the contributions of Atg18's FRRG motif and the amphipathic helical extension in membrane interaction. The observed structural plasticity of Atg18's oligomeric organization and membrane binding properties provide a molecular framework for the positioning of downstream components of the autophagy machinery.
履歴
登録2022年7月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Autophagy-related protein 18
B: Autophagy-related protein 18
C: Autophagy-related protein 18
D: Autophagy-related protein 18


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,6324
ポリマ－220,6324
非ポリマー00
水00
1
A: Autophagy-related protein 18
B: Autophagy-related protein 18
C: Autophagy-related protein 18
D: Autophagy-related protein 18
x 20


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, Please include BioMT matrix as follows to reconstruct filament symmetry cells: REMARK 300 REMARK 300 BIOMOLECULE: 1 REMARK 300 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED ...根拠: 電子顕微鏡法, Please include BioMT matrix as follows to reconstruct filament symmetry cells: REMARK 300 REMARK 300 BIOMOLECULE: 1 REMARK 300 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND/OR PROGRAM REMARK 300 GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN REMARK 300 THIS ENTRY. THE REMARK MAY ALSO PROVIDE INFORMATION ON REMARK 300 BURIED SURFACE AREA. REMARK 350 REMARK 350 COORDINATES FOR A COMPLETE MULTIMER REPRESENTING THE KNOWN REMARK 350 BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE OF THE REMARK 350 MOLECULE CAN BE GENERATED BY APPLYING BIOMT TRANSFORMATIONS REMARK 350 GIVEN BELOW. BOTH NON-CRYSTALLOGRAPHIC AND REMARK 350 CRYSTALLOGRAPHIC OPERATIONS ARE GIVEN. REMARK 350 REMARK 350 BIOMOLECULE: 1 REMARK 350 SOFTWARE USED: UCSF CHIMERA 1.15_b42258. REMARK 350 APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: A, C, D, E REMARK 350 BIOMT1 1 1.000000 -0.000000 -0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT2 1 -0.000000 1.000000 -0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT3 1 -0.000000 -0.000000 1.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT1 2 -0.000000 1.000000 -0.000000 -0.00000 REMARK 350 BIOMT2 2 -1.000000 -0.000000 -0.000000 540.00000 REMARK 350 BIOMT3 2 -0.000000 -0.000000 1.000000 -174.60000 REMARK 350 BIOMT1 3 -0.939693 0.342020 -0.000000 431.37157 REMARK 350 BIOMT2 3 -0.342020 -0.939693 -0.000000 616.06245 REMARK 350 BIOMT3 3 -0.000000 -0.000000 1.000000 -155.20000 REMARK 350 BIOMT1 4 -0.642788 -0.766044 -0.000000 650.38465 REMARK 350 BIOMT2 4 0.766044 -0.642788 -0.000000 236.72065 REMARK 350 BIOMT3 4 -0.000000 -0.000000 1.000000 -135.80000 REMARK 350 BIOMT1 5 0.500000 -0.866025 -0.000000 368.82686 REMARK 350 BIOMT2 5 0.866025 0.500000 -0.000000 -98.82686 REMARK 350 BIOMT3 5 -0.000000 -0.000000 1.000000 -116.40000 REMARK 350 BIOMT1 6 0.984808 0.173648 -0.000000 -42.78310 REMARK 350 BIOMT2 6 -0.173648 0.984808 -0.000000 50.98691 REMARK 350 BIOMT3 6 -0.000000 -0.000000 1.000000 -97.00000 REMARK 350 BIOMT1 7 0.173648 0.984808 -0.000000 -42.78310 REMARK 350 BIOMT2 7 -0.984808 0.173648 -0.000000 489.01309 REMARK 350 BIOMT3 7 -0.000000 -0.000000 1.000000 -77.60000 REMARK 350 BIOMT1 8 -0.866025 0.500000 -0.000000 368.82686 REMARK 350 BIOMT2 8 -0.500000 -0.866025 -0.000000 638.82686 REMARK 350 BIOMT3 8 -0.000000 -0.000000 1.000000 -58.20000 REMARK 350 BIOMT1 9 -0.766044 -0.642788 -0.000000 650.38465 REMARK 350 BIOMT2 9 0.642788 -0.766044 -0.000000 303.27935 REMARK 350 BIOMT3 9 -0.000000 -0.000000 1.000000 -38.80000 REMARK 350 BIOMT1 10 0.342020 -0.939693 -0.000000 431.37157 REMARK 350 BIOMT2 10 0.939693 0.342020 -0.000000 -76.06245 REMARK 350 BIOMT3 10 -0.000000 -0.000000 1.000000 -19.40000 REMARK 350 BIOMT1 11 0.342020 0.939693 -0.000000 -76.06245 REMARK 350 BIOMT2 11 -0.939693 0.342020 -0.000000 431.37157 REMARK 350 BIOMT3 11 -0.000000 -0.000000 1.000000 19.40000 REMARK 350 BIOMT1 12 -0.766044 0.642788 -0.000000 303.27935 REMARK 350 BIOMT2 12 -0.642788 -0.766044 -0.000000 650.38465 REMARK 350 BIOMT3 12 -0.000000 -0.000000 1.000000 38.80000 REMARK 350 BIOMT1 13 -0.866025 -0.500000 -0.000000 638.82686 REMARK 350 BIOMT2 13 0.500000 -0.866025 -0.000000 368.82686 REMARK 350 BIOMT3 13 -0.000000 -0.000000 1.000000 58.20000 REMARK 350 BIOMT1 14 0.173648 -0.984808 -0.000000 489.01309 REMARK 350 BIOMT2 14 0.984808 0.173648 -0.000000 -42.78310 REMARK 350 BIOMT3 14 -0.000000 -0.000000 1.000000 77.60000 REMARK 350 BIOMT1 15 0.984808 -0.173648 -0.000000 50.98691 REMARK 350 BIOMT2 15 0.173648 0.984808 -0.000000 -42.78310 REMARK 350 BIOMT3 15 -0.000000 -0.000000 1.000000 97.00000 REMARK 350 BIOMT1 16 0.500000 0.866025 -0.000000 -98.82686 REMARK 350 BIOMT2 16 -0.866025 0.500000 -0.000000 368.82686 REMARK 350 BIOMT3 16 -0.000000 -0.000000 1.000000 116.40000 REMARK 350 BIOMT1 17 -0.642788 0.766044 -0.000000 236.72065 REMARK 350 BIOMT2 17 -0.766044 -0.642788 -0.000000 650.38465 REMARK 350 BIOMT3 17 -0.000000 -0.000000 1.000000 135.80000 REMARK 350 BIOMT1 18 -0.939693 -0.342020 -0.000000 616.06245 REMARK 350 BIOMT2 18 0.342020 -0.939693 -0.000000 431.37157 REMARK 350 BIOMT3 18 -0.000000 -0.000000 1.000000 155.20000 REMARK 350 BIOMT1 19 -0.000000 -1.000000 -0.000000 540.00000 REMARK 350 BIOMT2 19 1.000000 -0.000000 -0.000000 -0.00000 REMARK 350 BIOMT3 19 -0.000000 -0.000000 1.000000 174.60000 REMARK 350 BIOMT1 20 0.939693 -0.342020 -0.000000 108.62843 REMARK 350 BIOMT2 20 0.342020 0.939693 -0.000000 -76.06245 REMARK 350 BIOMT3 20 -0.000000 -0.000000 1.000000 194.00000
  • 4.41 MDa, 80 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,412,63480
ポリマ－4,412,63480
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation19

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要素

#1: タンパク質
Autophagy-related protein 18 / Cytoplasm to vacuole targeting protein 18 / Needed for premeiotic replication protein 1 / Swollen ...Cytoplasm to vacuole targeting protein 18 / Needed for premeiotic replication protein 1 / Swollen vacuole phenotype protein 1


分子量: 55157.930 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ATG18, AUT10, CVT18, NMR1, SVP1, YFR021W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43601

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Filament assembly of Atg18-WT / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.2
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 99 % / 凍結前の試料温度: 291 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 90 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 1812

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
4cryoSPARCCTF補正
7PyMOLモデルフィッティング
9cryoSPARC初期オイラー角割当
10cryoSPARC最終オイラー角割当
11cryoSPARC分類
12cryoSPARC３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 70 ° / 軸方向距離/サブユニット: 19.4 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 133981 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient
詳細: Initial PDB was derived from the Atg18-PR72AA filament structure, subunits were individually docked inside the density and the PR72AA loop was manually modified in Coot

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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